Une étude évalue huit outils logiciels d’assemblage du génome de novo sur des données de séquençage viral de nouvelle génération

Une nouvelle étude compare et évalue huit encore des outils logiciels d’assemblage du génome sur des données réelles de séquençage viral de nouvelle génération. L’étude, qui comprend l’ensemble des données de séquence du génome du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19, est publiée dans la revue à comité de lecture OMICS : un journal de biologie intégrative.

L’assemblage du génome est l’une des étapes cruciales de l’analyse des données de séquençage du génome entier et de la compréhension de la génomique virale. Une variété de différents outils logiciels d’assemblage du génome ont été développés. Dans la présente étude, les coauteurs Amit Kumar Gupta et Manoj Kumar, de l’Institut de technologie microbienne, du Conseil de la recherche scientifique et industrielle et de l’Académie de la recherche scientifique et innovante, en Inde, ont effectué une évaluation comparative et une analyse comparative de huit assembleurs sur virus données de séquençage de nouvelle génération.

Les enquêteurs ont conclu que “dans l’ensemble, trois assembleurs, c’est-à-dire SPAdes, IDBA et ABySS, ont toujours bien fonctionné, y compris pour l’assemblage du génome du SRAS-CoV-2”. Ils suggèrent également que l’utilisation de deux approches d’assemblage ou plus devrait être envisagée dans les études de séquençage viral de nouvelle génération, en particulier en milieu clinique.

L’assemblage du génome est essentiel à l’épidémiologie moléculaire et à la gestion clinique du COVID-19 et d’autres épidémies infectieuses. L’évaluation comparative des outils d’assemblage du génome a fait défaut sur les données d’origine virale. La nouvelle étude comble ce manque de connaissances, en s’appuyant sur les données de séquençage du SRAS-CoV-2, du virus de la dengue 3, du virus de l’immunodéficience humaine 1, du virus de l’hépatite B, du virus du Nil occidental, entre autres. Ce benchmarking est un bel exemple d’applications génomiques en santé planétaire et ouvre de nouvelles possibilités pour accélérer l’innovation dans les diagnostics cliniques, le développement de médicaments et de vaccins. J’accueille les nouveaux manuscrits traitant de la recherche à grande échelle en biologie et en écologie multi-omique pour un examen par les pairs dans la revue.“

Vural Ozdemir, MD, PhD, DABCP, Rédacteur en chef de OMIC