Une étude de Singapour tire la sonnette d’alarme pour les espèces menacées

La transmission interhumaine de la variante delta du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère a été détectée dans un zoo de Singapour en 2021.

Un rapport détaillé sur cette transmission virale anthropique est publié dans Maladies infectieuses émergentesune revue publiée par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis.

Lettre de recherche : Transmission anthropique du SRAS-CoV-2 des humains aux lions, Singapour, 2021. Crédit image : Créé avec l’aide de DALL·E 3

Arrière-plan

Des scientifiques du Conseil des parcs nationaux de Singapour ont étudié l’incidence de l’infection par le SRAS-CoV-2 chez des lions africains et asiatiques en captivité dans un zoo de Singapour lors de la vague dominée par la variante delta en 2021. Afin de contrôler la transmission virale interspécifique et de protéger les espèces en voie de disparition. espèces, ils ont cherché à comprendre la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 chez différents hôtes.

Détection du SRAS-CoV-2

Les scientifiques ont testé un total de neuf lions asiatiques et cinq lions africains gardés dans des enclos séparés au zoo de Singapour. En novembre 2021, ils ont observé des symptômes respiratoires chez un lion asiatique mâle. Le lendemain, des symptômes similaires ont été observés chez trois lions asiatiques femelles gardées dans le même enclos. Le 8 novembre, un lion d’Afrique mâle provenant d’un enclos séparé a développé des symptômes similaires.

Parmi les 18 gardiens de zoo en contact étroit avec ces lions, six ont été testés positifs au SRAS-CoV-2 le 1er novembre et quatre ont développé de légers symptômes respiratoires à partir du 2 novembre.

Pour la détection virale, des échantillons respiratoires ont été collectés sur deux lions infectés et testés par réaction en chaîne par polymérase de transcription inverse en temps réel (RT-PCR). Les résultats des tests ont confirmé la présence du SRAS-CoV-2. Des échantillons fécaux ont été collectés sur les autres lions infectés pour une surveillance non invasive des infections pendant trois semaines.

Dans les cinq jours suivant la détection virale initiale (le cas index), dix lions ont contracté l’infection par le SRAS-CoV-2. Cependant, tous les lions étaient complètement rétablis au 3 décembre 2021.

Séquençage du génome viral

L’ARN collecté à partir de deux échantillons nasaux et d’un échantillon fécal a été séquencé à l’aide de la technologie Oxford Nanopore. Deux génomes complets du SRAS-CoV-2 provenant des échantillons nasaux ont été assemblés et soumis à une analyse phylogénomique ainsi que 37 séquences génomiques de GISAID qui comprenaient la séquence génomique obtenue auprès d’un gardien de zoo. GISAID (l’Initiative mondiale pour le partage de toutes les données sur la grippe) est une initiative mondiale créée en 2008 pour le partage rapide des données génomiques liées au virus de la grippe.

Les résultats phylogénomiques ont révélé une similitude génétique virale élevée entre les lions et le gardien du zoo, indiquant une voie anthropique (humaine à animale) de transmission du SRAS-CoV-2. Le sous-clade viral a été identifié comme étant la lignée delta AY.23.1, la souche SARS-CoV-2 circulant principalement au cours de la période d’étude.

Les génomes viraux isolés des lions présentaient dix mutations clés de la protéine Spike et deux délétions d’acides aminés du cadre de lecture ouvert 8 (ORF8) aux positions D119- et F120-, également trouvées dans les séquences du génome viral isolées de cas infectés à Singapour. Notamment, en novembre 2021, la couverture vaccinale contre le SRAS-CoV-2 était de 94 % à Singapour ; cependant, les lions n’étaient pas vaccinés contre le virus.

Importance de l’étude

L’étude met en évidence le risque de transmission du SRAS-CoV-2 à des animaux captifs ou en voie de disparition par des humains infectés qui sont en contact étroit avec ces animaux en tant que soignants. Compte tenu du risque de transmission anthropique, les autorités concernées devraient mettre en œuvre des mesures strictes de contrôle des infections dans les animaleries en captivité.

L’implication d’une infection virale chez les animaux captifs peut avoir de graves conséquences sur la conservation des animaux protégés. Des études antérieures sur les visons et les hamsters ont souligné le risque potentiel de transmission animal-humain du SRAS-CoV-2. Ces études ont fait état du lancement d’opérations d’abattage massif comme mesure de contrôle visant à briser les multiples chaînes de transmission. Il convient toutefois de noter que, contrairement aux petits animaux, l’abattage massif des animaux de grande taille ou en voie de disparition constitue une approche peu pratique pour lutter contre les infections.

Les populations de lions sont déjà vulnérables en raison de la perte d’habitat, du changement climatique, du braconnage et des maladies. L’infection par un nouveau virus semblable au SRAS-CoV-2 pourrait avoir des conséquences pénibles supplémentaires sur leurs populations. Ainsi, les scientifiques suggèrent que les centres de conservation de la faune sauvage devraient mettre en œuvre des mesures de biosécurité strictes et promouvoir la vaccination des animaux sensibles. Ces étapes sont essentielles pour contrôler la transmission virale et protéger les populations animales vulnérables.