Les études génétiques des maladies cartographient les segments du génome à l’origine des maladies. Mais pour comprendre comment ces changements contribuent à la progression de la maladie, il est important de comprendre comment ils peuvent modifier la régulation génique des gènes de la maladie dans les populations cellulaires supposées être à l’origine de la maladie. Les « cartes de gènes activateurs » relient les régions régulatrices génomiques aux gènes et sont essentielles à la compréhension des maladies. Mais leur construction pose des défis en raison des limites des méthodes expérimentales actuelles, qui rendent difficile l’application de la technique à des populations de cellules rares et à des gènes qui régulent uniquement des types de cellules spécifiques.
Des chercheurs du Brigham and Women’s Hospital, membre fondateur du système de santé Mass General Brigham, ont développé une méthode statistique appelée SCENT (cartographie des gènes cibles d’amplificateurs unicellulaires). Cette méthode utilise des données monocellulaires multimodales pour établir des liens entre les éléments régulateurs et les gènes, leur permettant ainsi d’identifier les locus probables des gènes responsables de maladies courantes et rares. Ces informations pourraient aider au développement de traitements pour diverses conditions.
L’équipe de recherche a appliqué SCENT à neuf ensembles de données multimodaux unicellulaires représentant divers tissus humains, notamment des cellules immunitaires, neuronales et hypophysaires, dans le but de comprendre les subtilités de la régulation de l’ADN dans chaque type de cellule spécifique. Avec ces données, ils ont développé 23 cartes distinctes d’amplificateurs de gènes, pour étudier les variantes génétiques et les modèles d’expression associés à 1 143 maladies et traits. Ils ont notamment découvert que, pour les maladies immunitaires, des informations cruciales émergeaient non seulement des cellules immunitaires, mais également des cellules des tissus affectés eux-mêmes.
Pour la plupart des maladies auto-immunes, les gens supposent que nous avons besoin d’une cartographie générale des cellules immunitaires. Mais nous constatons que les cartes des gènes amplificateurs des cellules immunitaires sont différentes dans les tissus atteints par la maladie. Nous démontrons comment une telle carte peut être utilisée pour interpréter les données génétiques de la polyarthrite rhumatoïde et d’autres maladies auto-immunes.
Soumya Raychaudhuri, MD, PhD, de la Division Brigham de rhumatologie, immunologie et inflammation
Source:
Référence du journal :
Sakaue, S., et coll. (2024). Les cartes de gènes activateurs spécifiques aux tissus à partir de données multimodales unicellulaires identifient les allèles causals de la maladie. Génétique naturelle. est ce que je.org/10.1038/s41588-024-01682-1.
2024-04-10 19:23:00
1712767267
#cartographie #des #gènes #activateurs #avec #méthode #SCENT #offre #aperçu #des #mécanismes #maladie
