Dans une étude récente publiée dans Maladies infectieuses émergentesdes chercheurs ont rendu compte des caractéristiques cliniques et moléculaires des infections par le virus monkeypox (MPX) (MPXV) en Finlande.
Fond
Depuis 2022, une épidémie de MPXV sans précédent a été observée à travers le monde, le MPXV étant détecté chez des personnes sans antécédents de voyage dans des pays endémiques au MPXV, en particulier chez les hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH). Le MPXV a été introduit en Finlande entre mai et juin 2022. Une meilleure compréhension des caractéristiques évolutives du MPXV et des profils cliniques du MPX est essentielle pour développer des vaccins et des traitements plus efficaces contre le MPXV.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont décrit les profils cliniques et génétiques des patients MPX en Finlande.
Quatre patients MPX, âgés de 20 à 40 ans, ont fait l’objet d’une enquête, qui avaient tous des antécédents de voyages récents en Europe du Sud, étaient des HSH autodéclarés et ont déclaré avoir eu des rapports sexuels non protégés ces derniers temps avec des inconnus. Deux des quatre patients étaient séropositifs pour le virus de l’immunodéficience humaine (VIH). Le patient 1 présentait de la fièvre, une lymphadénopathie inguinale et des lésions MPX synchrones sur le pénis. Des échantillons ont été prélevés dans la région correspondante cinq jours après l’apparition des symptômes.
Le patient 2 présentait de la fièvre, des céphalées, de l’épuisement et une lymphadénopathie inguinale, avec des lésions asynchrones sur le visage, le cou, le tronc et le pénis. Des échantillons ont été prélevés sur le visage et le tronc le 31 mai, dix jours après le début des symptômes du MPX. Le patient 3 présentait de la fièvre, des myalgies, des adénopathies, des nausées et des lésions asynchrones sur le tronc, les mains, l’anus et les pieds. Des échantillons ont été prélevés sur la main quatre jours après l’apparition des symptômes.
Des génomes MPXV complets ont été obtenus chez trois patients : le premier patient [penile lesion, Cq (quantitative cycle) 20], le deuxième patient (lésion faciale, Cq 26) et le quatrième patient (lésion périanale, Cq 23). Seul un fragment du génome du MPXV a été obtenu à partir des lésions de la main du troisième patient (Cq 33). Les génomes de tous les spécimens ont été soumis à une analyse de séquençage.
Une analyse par réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel a été effectuée pour détecter la présence d’orthopoxvirus, à confirmer comme MPXV par séquençage du gène de l’hémagglutinine. En outre, l’analyse phylogénétique des séquences MPXV a été réalisée à l’aide de l’arbre phylogénétique déduit de la technique du maximum de vraisemblance.
L’ensemble de données était limité aux génomes MPXV avec moins de 5 000,0 sites génomiques ambigus. De plus, les régions avec des valeurs d’amorçage inférieures à 70 et regroupées sans aucune lignée désignée ou représentant finlandais ont été exclues de l’analyse. La PCR en temps réel a détecté la présence d’orthopoxvirus dans tous les échantillons, puis a confirmé qu’il s’agissait de MPXV à l’aide du séquençage du gène de l’hémagglutinine.
Résultats
Des variations génomiques intra-hôte du MPXV ont été observées dans l’échantillon du premier patient, comprenant une souche majeure avec trois substitutions de nucléotides (nt) (mutations non synonymes G55133A et C64426T et mutation non synonyme G190660A) spécifiques à B.1.3, et une souche mineure comprenant B .1 nucléotides. Les trois mutations étaient basées sur les données du NCBI (centre national d’information sur la biotechnologie). Les analyses phylogénétiques ont montré un regroupement des séquences MPXV (du premier patient) avec les génomes de la souche B.1.3.
Les trois mutations dans la séquence du premier patient comprenaient des variations minoritaires avec une fréquence de 10,0 % (G55133A, profondeur 2231, 233 nucléotides de guanosine et 1 997 nucléotides d’adénine), une fréquence de 12,0 % (C64426T, profondeur de 2 685, 308 nucléotides de cytosine et 2 364 nucléotides de thymine) et Fréquence de 13,0 % (G190660A, profondeur 2 685, 280 nucléotides guanine et 1 872 nucléotides adénine).
La séquence MPXV du deuxième patient était similaire à celles initialement identifiées au Portugal, suivies par plusieurs nations. La séquence MPXV du quatrième patient avait quatre substitutions de nucléotides, à savoir G94798A, C89906T, C188491T et C150831T, dont les séquences G94798A et C89906T ont été observées dans des génomes MPXV détectés au Portugal, au Royaume-Uni, en Allemagne et en Espagne.
La SNV caractéristique (variation d’un seul nucléotide) dans le génome du premier patient était en accord avec l’impact de l’enzyme APOBEC3 (apolipoprotéine B messager ribonucléique éditant le polypeptide catalytique de type 3) présente chez l’homme, indiquée comme étant le moteur de la cytosine-thymine > transformations thymine-thymine et guanosine-adénine > adénine-adénine dans MPXV.
Des SNV mineurs fixes dans les lésions ont également été observés dans cinq spécimens portugais qui ont subi un séquençage en mai 2022 et ont été signalés dans un ensemble de données d’accès public, indiquant que le modèle de SNV pourrait être une composante évolutive habituelle du MPXV. Cependant, contrairement aux observations précédentes, les génotypes majeurs du SNV et les génotypes mineurs de variation d’un seul nucléotide chez le premier patient auraient été fixés dans les enregistrements précédents des séquences du génome du MPXV.
Conclusion
Pour conclure, sur la base des résultats de l’étude, l’épidémiologie du monkeypox pourrait indiquer une co-infection ou une évolution en cours médiée par APOBEC3.
