Suivi du variant XBB1.16 du SARS-CoV-2 Omicron

L’Organisation mondiale de la santé a récemment nommé la variante XBB1.16 du SRAS-CoV-2 Omicron une variante d’intérêt pour encourager le suivi de cette variante génétique du coronavirus pandémique.

La variante a été initialement détectée en janvier 2023 en Inde. L’augmentation des cas de COVID-19 dans ce pays à cette époque a fait soupçonner aux bureaux de santé qu’il pourrait s’agir d’une forme plus infectieuse des souches Omicron XBB.

D’après la surveillance génétique nationale, XBB1.16 est désormais à l’origine d’environ 12 % des cas de COVID-19 aux États-Unis. Si en effet cette souche est plus transmissible, cette proportion augmenterait avec le temps, a déclaré le Dr Pavitra Roychoudhury, instructeur par intérim, Division de virologie, Département de médecine de laboratoire et de pathologie à la faculté de médecine de l’Université de Washington à Seattle.

Dans la région de l’État de Washington, XBB1.16 est à l’origine d’environ 10 % des cas actuels de COVID-19. Il a été détecté pour la première fois dans la région de Seattle en février grâce au programme de surveillance des aéroports des Centers for Disease Control and Prevention.

Le laboratoire de virologie de l’UW Medicine a eu sa première détection de la souche XBB1.16 dans un échantillon qu’il a reçu début mars 2023.

Avec la fermeture de plusieurs sites de test COVID pendant la fin de l’urgence de santé publique COVID-19 et le recours de nombreuses personnes symptomatiques aux tests à domicile, il y a eu une baisse des tests PCR en laboratoire pour le virus COVID. Cela affecte la surveillance à un niveau élevé, en raison de la réduction des échantillons de test PCR.

Bien que l’urgence nationale de santé publique pandémique devrait expirer le 11 mai 2023, le virus SRAS-CoV-2 restera une priorité de santé publique alors que le pays sort de la phase d’urgence.

“Tant que les échantillons continueront d’arriver, nous, au laboratoire de virologie UW Medicine, continuerons à effectuer le séquençage génomique pour la surveillance virale aussi longtemps que nous le pourrons,», a déclaré Roychoudhury, qui travaille sur le suivi génétique du virus COVID.

Elle a ajouté qu’à ce stade, il est trop tôt pour dire si la souche XBB.1.16 est plus efficace pour échapper à l’immunité d’infections ou de vaccinations antérieures. L’hypothèse est que cette souche pourrait avoir une combinaison de mutations qui la rendent plus transmissible, mais Roychoudhury a déclaré que les scientifiques n’ont pas encore les détails pour le confirmer. On ne sait pas non plus à l’heure actuelle si cette souche remplacera d’autres souches qui circulent actuellement, ou si une variante différente peut décoller comme cela s’est produit avec certaines vagues précédentes de variantes.

Les symptômes du COVID-19 du XBB1.16 sont comme les autres souches actuelles – toux, fièvre, malaise général. Certains rapports indiens suggèrent que l’œil rose est plus souvent observé avec cette variante du virus. L’œil rose est une inflammation qui provoque des rougeurs, des démangeaisons et des larmoiements ou un écoulement croustillant.

Une nouvelle prometteuse est la baisse globale des cas de COVID-19 aux États-Unis à l’approche de la fin du printemps et du début de l’été. La surveillance des eaux usées indique une réduction de la présence du coronavirus SARS-CoV-2 dans les quatre régions américaines contribuant aux données nationales.

Cependant, a ajouté Roychoudhury, les traqueurs de coronavirus ne peuvent pas prévoir ce qui pourrait se passer à l’automne lorsque les conditions, telles que davantage de personnes se rassemblant à l’intérieur, favorisent à nouveau la transmission du coronavirus. “Heureusement, nous avons mis en place l’infrastructure et la capacité nécessaires pour répondre rapidement à toute surtension future.”