Repérer les coronavirus à potentiel pathogène

Newswise – Les chercheurs qui ont trouvé de nouveaux coronavirus chez les chauves-souris britanniques affirment que des enquêtes génétiques sur les virus devraient être régulièrement menées, même si aucun de ces virus ne peut encore infecter les humains.

En collaboration avec un réseau de défenseurs de l’environnement des chauves-souris, une équipe de recherche dirigée par des chercheurs de l’Imperial College de Londres et de l’University College de Londres a examiné des échantillons fécaux de chauves-souris britanniques pour les coronavirus.

Leurs résultats, publiés aujourd’hui dans Communication Nature, signalent la circulation de quatre espèces de coronavirus, dont deux nouvelles, parmi les 16 espèces de chauves-souris britanniques échantillonnées. Bien que certains de ces coronavirus soient liés à ceux qui causent le COVID-19 et le MERS, aucun n’est actuellement capable d’infecter les humains.

La surveillance régulière des virus dans la faune et plus largement est un enjeu de santé publique. Les chauves-souris sont des espèces protégées au Royaume-Uni, donc travailler avec des organisations de conservation est crucial pour cet effort, disent les chercheurs.

Le chercheur principal, le professeur Vincent Savolainen, du Georgina Mace Center for the Living Planet de l’Imperial College de Londres, a déclaré: «Travailler avec un réseau de défenseurs de l’environnement et de réhabilitateurs de chauves-souris a été très fructueux pour documenter la diversité des coronavirus présents chez les chauves-souris britanniques, et qui avait jusqu’alors été ignorée. Ce travail collaboratif constitue la base des futurs efforts de surveillance zoonotique et de conservation étant donné l’importance que les chauves-souris jouent dans nos écosystèmes.

Le co-auteur, le professeur François Balloux, directeur de l’Institut de génétique de l’UCL, a déclaré : « Dans de nombreuses régions du monde, nous avons une surveillance décente des agents pathogènes circulant chez l’homme et les animaux domestiques, mais pas tellement chez la faune. Une surveillance accrue devrait améliorer la préparation de la santé publique et la sécurité alimentaire, et également être bénéfique pour la conservation de la biodiversité.

Potentiel pathogène

Les maladies qui apparaissent chez les animaux et se transmettent aux humains sont appelées « zoonotiques ». L’infection humaine nécessite que le virus soit capable d’infecter les cellules humaines, et pour provoquer une épidémie, il doit alors pouvoir se propager entre les humains.

De nombreuses maladies zoonotiques peuvent être transmises à de petits groupes de personnes en contact direct avec l’animal hôte et ne progressent pas davantage. Pour savoir quels virus ont le potentiel de se propager plus largement, les investigations génétiques sont cruciales.

Les chauves-souris sont un grand groupe de mammifères et leur diversité signifie qu’elles peuvent héberger une gamme de virus potentiellement pathogènes. Alors que des enquêtes sur les virus des chauves-souris ont été menées en Asie, en Afrique, au Moyen-Orient et en Europe, au Royaume-Uni, les virus des chauves-souris ont été négligés pour des études génétiques détaillées, au-delà des lyssavirus des chauves-souris européennes qui causent la rage.

L’équipe a identifié deux espèces d’alphacoronavirus, un coronavirus lié au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et un sarbecovirus. Le virus SARS-CoV-2, qui cause le COVID-19, est également un sarbecovirus.

Les chercheurs ont ensuite étudié la possibilité que ces virus « se répandent » et infectent les humains. Pour ce faire, ils ont créé des «pseudovirus», qui portent la protéine que le virus utilise pour se lier aux cellules hôtes, mais ne peuvent pas se répliquer.

Aucun n’était actuellement capable d’infecter les cellules humaines, mais l’un des sarbecovirus trouvés dans un échantillon de la petite chauve-souris en fer à cheval était capable de se lier à l’ACE2, le récepteur que le virus SARS-CoV-2 utilise pour pénétrer dans les cellules humaines. Ce sarbecovirus ne pouvait pénétrer dans les cellules humaines dans un laboratoire que lorsqu’il y avait une surabondance d’ACE2, ce qui suggère qu’il aurait besoin de nouvelles adaptations s’il devait infecter les humains.

Bon pour les chauves-souris, bon pour nous

Les virus sont plus susceptibles de se propager à partir d’animaux sauvages lorsqu’ils sont mis en contact plus étroit avec les humains. Les pertes d’habitat et les changements d’utilisation des terres à travers le monde sont liés à une probabilité accrue de croisement zoonotique.

Le maintien des efforts de conservation des chauves-souris et la minimisation de la destruction de l’habitat pourraient donc aider à prévenir les retombées zoonotiques, parallèlement à un programme de surveillance qui dépiste régulièrement les agents pathogènes potentiels.

Lisa Worledge, responsable des services de conservation au Bat Conservation Trust, a déclaré : « De nouvelles techniques telles que celle utilisée dans cet article améliorent notre compréhension et soulignent l’importance de la protection de la nature. Ce travail fournit un excellent exemple de chercheurs et de défenseurs de l’environnement travaillant ensemble pour le bien de tous.

“Au-delà de la réduction des risques de zoonose, nous savons que la protection de la faune apporte de nombreux autres avantages. De la fourniture de services écosystémiques tels que le contrôle des insectes qui endommagent les cultures à la simple joie d’observer les chauves-souris une nuit d’été, les chauves-souris sont une partie vitale de notre patrimoine naturel.