Applications logicielles activement prises en charge[edit]
La biologie des systèmes s’appuie fortement sur la construction de modèles mathématiques pour aider à comprendre et à faire des prédictions sur les processus biologiques. Des logiciels spécialisés d’aide à la construction de maquettes ont été développés depuis l’arrivée des premiers ordinateurs[1]. La liste suivante donne les applications logicielles actuellement prises en charge disponibles pour les chercheurs.
| Nom | Description/Notabilité | SE | Licence | Placer | Prise en charge de SBML |
|---|---|---|---|---|---|
| iBioSim | iBioSim[2][3] est un outil de conception assistée par ordinateur (CAO) pour la modélisation, l’analyse et la conception de circuits génétiques. | multiplateforme (Java/C++) | apache | [1] | Oui |
| COPASI | outil graphique[4][5] pour analyser et simuler des modèles SBML. | multiplateforme (C++) | perle | [2] | Oui |
| libroadrunner | Bibliothèque logicielle performante pour la simulation et l’analyse de modèles SBML[6][7] | multiplateforme (C/C++) | Licence Apache | [3] | Oui |
| massePy | Outil de simulation [8][9] qui peut fonctionner avec COBRApy[10] | multiplateforme (Python) | AVEC | [4] | Oui |
| PySCeS | Outil Python pour modéliser et analyser des modèles SBML[11][12][13] | multiplateforme (Python) | BSD-3 | [5] | Oui |
| pySB | Basé sur Python[14] plate-forme spécialisée dans les modèles à base de règles. | multiplateforme (Python) | BSD-2 | [6] | Inconnue |
| SBSCL | bibliothèque Java[15][16] avec un support efficace et exhaustif pour SBML | multiplateforme (Java) | LGPL | [7] | Oui |
| SBW | Un atelier distribué[17][18] qui comprend de nombreux outils de modélisation | multiplateforme (C/C++) | BSD-2 | [8] | Oui |
| Tellure | Environnement de simulation facile à utiliser[19][20]utilise libroadrunner comme backend | multiplateforme (Python) | Licence Apache | [9] | Oui |
| VCell | Plateforme logicielle[21][22] pour la modélisation et la simulation d’organismes vivants, principalement des cellules. | multiplateforme (Java) | AVEC | [10] | Oui |
Applications logicielles héritées[edit]
- DBsolve[23] (C/C++)
- E-cellule[24] (C/C++)
- Gepasi[25] (C/C++)
- Jarnac[26] (Pascal Objet)
- Oui[27] (Java)
- Métamodèle[28] (TruboPascal 5.0)
- BRUME[29] (Pascal Borland 7.0)
- POLISSON[30] (C)
Références[edit]
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