Une équipe de scientifiques a mis au point une nouvelle technique génomique pour retracer les origines de E. coli infections. Ils ont estimé que 480 000 à 640 000 infections des voies urinaires aux États-Unis chaque année peuvent résulter d’une intoxication alimentaire E. coli souches. Bien qu’il soit connu qu’E. coli d’origine alimentaire peut causer la diarrhée, l’idée qu’il cause des infections des voies urinaires est relativement nouvelle. L’étude fournit des preuves solides que nocifs E. coli les souches sont transmises des animaux destinés à l’alimentation aux humains par l’approvisionnement alimentaire, causant des maladies graves.
Une nouvelle étude suggère que E. coli des produits à base de viande peut être responsable de centaines de milliers d’infections des voies urinaires aux États-Unis chaque année.
Une équipe de scientifiques, dirigée par Lance Price et Cindy Liu de la George Washington University Milken Institute School of Public Health, a développé une nouvelle approche génomique pour suivre les origines de E. coli infections. En utilisant cette méthode, l’équipe a estimé qu’entre 480 000 et 640 000 infections des voies urinaires aux États-Unis chaque année pourraient être causées par des maladies d’origine alimentaire. E. coli souches.
« Nous sommes habitués à l’idée que E. coli peut provoquer des épidémies de diarrhée, mais le concept de E. coli causer des infections des voies urinaires semble étrange, c’est-à-dire jusqu’à ce que vous reconnaissiez que la viande crue est souvent criblée de E. coli souches qui causent ces infections », a déclaré Price, professeur de santé environnementale et professionnelle et directeur du GW Antibiotic Resistance Action Center, qui était auparavant chercheur à la Northern Arizona University. “Notre étude fournit des preuves irréfutables que des E. coli les souches se propagent des animaux destinés à l’alimentation aux humains par le biais de l’approvisionnement alimentaire et rendent les gens malades, parfois très malades.
E. coli est de loin la cause la plus fréquente d’infections des voies urinaires, causant plus de 85 % des cas chaque année. Les femmes courent un plus grand risque de développer des infections urinaires, qui peuvent aller de simples infections de la vessie à des infections du sang potentiellement mortelles.
Une micrographie électronique à balayage de Escherichia coli. Crédit : Institut national des allergies et des maladies infectieuses, National Institutes of Health
E. coli peut vivre dans et infecter les humains et les animaux, y compris les animaux élevés pour la viande aux États-Unis. Lorsque des animaux destinés à l’alimentation sont abattus, les bactéries qui habitent leurs intestins, E. coli—peut contaminer les produits carnés et exposer les personnes à un risque.
Les données de la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis suggèrent que la majorité des produits de viande crue sont contaminés par E. coli. Actuellement, seuls certains types spécifiques de diarrhées E. colitel que E. coli O157:H7, sont surveillés avec le moindre sérieux aux États-Unis, mais cette nouvelle recherche suggère que d’autres souches peuvent également poser de graves risques pour la santé.
Dans cette étude, les chercheurs ont collecté du poulet, de la dinde et du porc crus achetés dans les grandes chaînes d’épiceries de Flagstaff et isolés E. coli de ces échantillons de viande. Dans le même temps, les chercheurs, qui ont commencé le projet alors qu’ils étaient employés au Pathogen and Microbiome Institute (PMI) de la NAU, ont prélevé de l’urine et du sang E. coli isolats de patients hospitalisés au Flagstaff Medical Center de Northern Arizona Healthcare pour des infections des voies urinaires.
En analysant les génomes d’E. coli de la viande et ceux des humains, l’équipe de recherche a identifié des segments d’E. coli
” data-gt-translate-attributes=”[{“attribute=””>ADN[{“attribute=””>DNA unique aux souches qui colonisent les animaux destinés à l’alimentation par rapport aux humains, puis a développé un nouveau modèle prédictif pour différencier E. coli des deux sources.
Précédent travail par la même équipe, étudiant un seul type de séquence de E. coli, avait établi un lien entre la viande contaminée et les infections des voies urinaires. Dans la dernière étude, l’équipe a utilisé son nouveau modèle prédictif pour examiner tous E. coli types de séquences et a montré qu’environ 8 % des E. coli les infections des voies urinaires dans la région de Flagstaff pourraient être attribuées à la viande.
L’échelle de Flagstaff à l’ensemble de la population américaine suggère que les E. coli peut causer des centaines de milliers d’infections des voies urinaires à travers les États-Unis chaque année, notent les chercheurs.
“Cette conception d’étude sans précédent, basée sur un échantillonnage alimentaire intensif d’une communauté isolée et l’engagement de leur fournisseur de soins de santé dominant, est une approche puissante de la recherche en santé publique”, a déclaré Paul Keim, professeur de microbiologie à la Northern Arizona University et co-auteur de l’étude, a déclaré. « La conception de l’étude, ainsi que les progrès des technologies génomiques, nous ont permis d’établir les liens entre les sources alimentaires et les cas cliniques. Les conclusions de cette situation modèle affecteront les pratiques de santé publique dans le monde entier.
Les aliments E. coli les souches identifiées dans la présente étude étaient non seulement associées à des infections des voies urinaires, mais étaient également capables de provoquer de graves infections des reins et du sang. Non cochée, E. coli les infections du sang peuvent être mortelles. On estime qu’entre 36 000 et 40 000 personnes meurent E. coli infections sanguines aux États-Unis chaque année, mais on ne sait pas actuellement quelle partie de celles-ci provient d’expositions d’origine alimentaire.
“Les gens considèrent souvent les infections de la vessie comme des désagréments mineurs, mais la vessie est une porte d’entrée majeure vers les reins et la circulation sanguine des patients”, a déclaré Liu, professeur agrégé de santé environnementale et professionnelle, codirecteur du GW Antibiotic Resistance Action Center et ancien chercheur au PMI. . “Les personnes de plus de 55 ans et les populations vulnérables telles que les patients atteints de cancer et de transplantation sont les plus exposées au risque d’infections sanguines potentiellement mortelles, mais les personnes jeunes et en bonne santé sont également à risque.”
L’étude suggère que les producteurs et la FDA pourraient faire un meilleur travail de surveillance des agents pathogènes potentiellement dangereux dans les aliments, notamment la viande crue vendue dans les épiceries à travers le pays. Parallèlement, les consommateurs peuvent prendre des mesures pour limiter leur exposition à des aliments contaminés. Par exemple, les cuisiniers à domicile doivent se laver soigneusement les mains lorsqu’ils préparent ou manipulent de la viande crue et utiliser des surfaces séparées pour préparer les aliments crus et cuits, selon les auteurs.
L’étude, “Utilisation d’éléments génétiques mobiles associés à la source pour identifier les zoonoses extra-intestinales E. coli infections », a été publié en ligne le 23 mars dans la revue Une santé. L’équipe GW a dirigé un groupe multicentrique de chercheurs qui ont collaboré à cet article. La Northern Arizona University a collaboré à la E. coli le traitement des souches et le séquençage du génome, tandis que l’UTI E. coli ont été recueillies par l’équipe de microbiologie clinique du Flagstaff Medical Center dirigée par l’ancienne directrice de laboratoire Lori Gauld. L’analyse bioinformatique menant aux conclusions de la source a été effectuée à GW.
Référence : “Utilisation d’éléments génétiques mobiles associés à la source pour identifier E. coli infections » par Cindy M. Liu, Maliha Aziz, Daniel E. Park, Zhenke Wu, Marc Stegger, Mengbing Li, Yashan Wang, Kara Schmidlin, Timothy J. Johnson, Benjamin J. Koch, Bruce A. Hungate, Lora Nordstrom, Lori Gauld, Brett Weaver, Diana Rolland, Sally Statham, Brantley Hall, Sanjeev Sariya, Gregg S. Davis, Paul S. Keim, James R. Johnson et Lance B. Price, 28 février 2023, Une santé.
DOI : 10.1016/j.onehlt.2023.100518
L’étude a été soutenue par GW, NAU, le Wellcome Trust, les National Institutes of Health et le Cowden Endowment for Food Microbiology.
