Des échantillons de tissus de patients atteints de cancer du poumon étaient plus susceptibles d’être séquencés avec succès lorsqu’ils étaient extraits par résection, tandis que l’utilisation de la cytologie liquidienne, de la biopsie et des aspirations à l’aiguille fine (FNA) était associée à une probabilité réduite de profilage génomique complet (CGP) succès. Les résultats ont été publiés récemment dans Archives de pathologie et médecine de laboratoire.
Des innovations récentes dans la compréhension des altérations génomiques dans le cancer du poumon ont conduit au développement de thérapies ciblées plus efficaces et à l’identification de biomarqueurs capables de prédire la réponse au traitement. Cependant, défis ont été cités concernant les tests génomiques, dans lesquels les chercheurs ont cherché à déterminer si certaines méthodes d’acquisition de tissus peuvent affecter le succès du CGP du cancer du poumon.
“Compte tenu de son adoption généralisée, il est important que les procéduraux, les oncologues et les pathologistes comprennent les facteurs préanalytiques qui peuvent affecter le succès du CGP”, ont déclaré les auteurs de l’étude. “La littérature est mitigée quant à la manière dont la procédure par laquelle un échantillon a été obtenu affecte le succès du CGP.”
Ils ont effectué une analyse transversale de tous les patients atteints d’un cancer du poumon dont les échantillons ont été soumis au CGP avec le test de séquençage de nouvelle génération FoundationOneCDx entre janvier et février 2020 à Foundation Medicine, Inc, à Cambridge, Massachusetts, ou à Morrisville, Caroline du Nord.
Plusieurs paramètres de contrôle de la qualité (CQ) ont été utilisés pour déterminer si les cas ont été correctement profilés, les techniques procédurales évaluées, notamment les résections, les biopsies, les FNA, la cytologie des fluides et la biopsie osseuse.
« Si de tels cas satisfaisaient à tous les critères de CQ post-séquençage et que des altérations génomiques pathogènes étaient identifiées, un rapport de réussite était émis. Si de tels cas échouaient à 1 ou plusieurs critères de CQ post-séquençage mais que des altérations pathogènes étaient toujours identifiées, un rapport qualifié était émis », ont expliqué les chercheurs.
Sur les 3312 patients atteints de cancer du poumon inclus dans l’analyse (médiane [IQR] âge du patient, 69 [62-76] années; 51,3 % d’hommes ; 96,3 % des cas étaient des cancers du poumon non à petites cellules), 67,5 % (n = 2236) des cas ont été obtenus par biopsie, 13,0 % (n = 432) étaient des FNA, 9,7 % (n = 321) étaient des résections, 5,3 % ( n = 174) étaient des blocs cellulaires dérivés d’échantillons de cytologie liquidienne et 4,5 % (n = 149) étaient des biopsies osseuses.
Dans l’ensemble, 70,1 % (n = 2321) des cas ont réussi le CGP, 15,4 % (n = 510) ont été publiés sous forme de rapports qualifiés et 14,5 % (n = 481) ont échoué au CGP. D’après les techniques procédurales examinées, les échantillons de tissus dérivés de la résection étaient les plus susceptibles d’être séquencés avec succès, échouant dans seulement 2,8 % (n = 9) des cas, tandis que les échantillons de cytologie liquide étaient les moins susceptibles d’être séquencés avec succès, échouant dans 23,0 % ( n = 40) d’instances. Les échantillons de biopsie (14,5 %, n = 324), de FNA (18,5 %, n = 80) et de biopsie osseuse (18,8 %, n = 28) ont également échoué à des fréquences intermédiaires.
De plus, les résultats de l’analyse de régression logistique multivariée du succès de la CGP par rapport aux échantillons de résection ont indiqué que la cytologie des fluides (odds ratio [OR], 0,08 ; IC à 95 %, 0,03-0,19), biopsie (OR, 0,25 ; IC à 95 %, 0,11-0,52), FNA (OR, 0,14 ; IC à 95 %, 0,06-0,32) et biopsie osseuse (OR, 0,07 ; IC à 95 % , 0,03–0,17) les spécimens présentaient une diminution des chances de réussite de la CGP.
“Parmi les patients dont les échantillons ont été séquencés avec succès, 48,0 % étaient éligibles pour au moins 1 traitement, sur la base d’un diagnostic compagnon ou d’un biomarqueur du National Comprehensive Cancer Network”, ont ajouté les auteurs de l’étude. “Compte tenu des résultats de notre étude, il sera important d’examiner le type de prélèvement d’échantillons dans d’autres types de tumeurs à l’avenir.”
Référence
Mata DA, Harries L, Williams EA, et al. La méthode d’acquisition tissulaire affecte le succès du profilage génomique complet dans le cancer du poumon. Arch Pathol Lab Med. Publié en ligne le 30 juin 2022. doi:10.5858/arpa.2021-0313-OA
