Gène lié au long COVID trouvé dans l’analyse de milliers de patients

La première chasse à l’échelle du génome pour trouver des facteurs de risque génétiques pour le long COVID a donné un coup: une séquence d’ADN près de un gène appelé FOXP4qui est actif dans les poumons et dans certaines cellules immunitaires.

L’étude, qui a été publiée sous forme de prépublication le 1er juillet¹, ont utilisé les données collectées auprès de 6 450 personnes atteintes de COVID long dans 16 pays. Les chercheurs espèrent que cette analyse ne sera qu’un début : une grande quantité de données est nécessaire pour déceler un trouble aussi complexe que le long COVID, qui a été associé à plus de 200 symptômes, dont une fatigue intense, des douleurs nerveuses et des difficultés de concentration et de mémoire. .

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« Il est très important que ce type d’étude soit mené », déclare Chris Ponting, qui étudie la bioinformatique médicale à l’Université d’Édimbourg, au Royaume-Uni. “Il prendra de l’ampleur et gagnera en puissance à mesure que le nombre de cas augmentera.”

De telles études sont les premières étapes pour en savoir plus sur les causes du long COVID, explique Stéphanie Longet, immunologiste à l’Université Jean Monnet de Saint-Étienne, en France, qui a un long COVID. “Il y a plusieurs sujets clés qui sont essentiels pour les patients, y compris les traitements et la prévention”, dit-elle. « Lorsque des causes, peut-être multifactorielles, [are] clairement compris, cela aidera à traiter les patients qui seront plus susceptibles de développer un long COVID et potentiellement à prévenir le long COVID.

Gènes de susceptibilité

Depuis plus de trois ans, la COVID-19 Host Genetics Initiative mondiale recherche des séquences d’ADN associées à un risque de développer une forme sévère de COVID-19. Cette chasse, qui se poursuit, a impliqué des gènes impliqués dans le système immunitaire et permettant au virus SARS-CoV-2 de pénétrer dans les cellules².

L’étude à long COVID est une retombée de cet effort, explique Hugo Zeberg, généticien à l’Institut Karolinska de Stockholm et auteur principal de la préimpression. Pour étudier la maladie, l’équipe a compilé les données de 24 études impliquant un total de près de 6 500 personnes diagnostiquées avec un long COVID, ainsi que plus d’un million d’autres participants qui ont servi de témoins.

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Dans une analyse qui a combiné les données de 11 de ces études, les chercheurs ont trouvé une région particulière du génome qui était associée à une probabilité environ 1,6 fois plus élevée de développer un long COVID. Ce segment d’ADN est proche d’un gène appelé FOXP4, qui est actif dans les poumons et d’autres organes. Le variant lié au long COVID est également associé à une expression plus élevée de FOXP4 dans les cellules pulmonaires.

Des recherches antérieures ont lié le même gène à un risque accru de COVID-19 sévère, et Zeberg et ses collègues ont découvert qu’il est également associé au cancer du poumon. Bien que le fait d’avoir un COVID-19 sévère augmente le risque de développer un long COVID, l’équipe a constaté que la contribution de la variante d’ADN au risque de long-COVID était trop importante pour être expliquée par son seul lien avec le COVID-19 sévère. “Cette variante a un impact beaucoup plus fort sur le long COVID que son impact sur la gravité”, explique Zeberg.

La reproduction de cette découverte dans d’autres ensembles de données aiderait à renforcer les conclusions de l’étude, déclare Zhongshan Cheng, bioinformaticien au St. Jude Children’s Research Hospital à Memphis, Tennessee. Une grande partie des données utilisées dans l’analyse longue-COVID a également été utilisée dans l’analyse qui a trouvé un lien entre FOX4P et COVID-19 sévère, note-t-il. De nouvelles données aideraient à exclure la possibilité que d’autres facteurs, tels que le cancer du poumon, aient pu influencer l’association apparente avec FOX4P.

Plus à venir

Même ainsi, l’étude est une percée, dit Cheng, et les études futures s’ajouteront probablement à la liste des facteurs de risque génétiques pour le long COVID.

“Il ne s’agira pas d’une seule réponse, il y aura toute une variété de vulnérabilités des personnes qui contribueront à expliquer pourquoi elles ne se sont pas remises du COVID”, déclare Ponting. Lui et ses collègues ont proposé une étude qui aurait inclus l’ADN de 15 000 personnes atteintes de long COVID. Mais les examinateurs de subventions ont rejeté la proposition, dit-il, parce qu’ils pensaient que la condition était trop complexe pour être disséquée de la manière suggérée par l’équipe de Ponting.

“Je ne suis pas d’accord”, dit-il. « C’est très compliqué, mais aussi très important à démêler. Les coûts sanitaires et socio-économiques du long COVID sont énormes.