2024-02-23 12:26:27
Arrière-plan:
Dans le cadre de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), les établissements correctionnels sont des points chauds potentiels de transmission. Nous avons examiné l’épidémiologie génomique du coronavirus 2 (SARS-CoV-2) du syndrome respiratoire aigu sévère au début de la pandémie dans l’une des plus grandes prisons urbaines du pays.
Méthodes :
Les isolats existants du SRAS-CoV-2 provenant de 131 détenus de la prison du comté de Cook à Chicago, dans l’Illinois, de mars 2020 à mai 2020, ont été analysés par séquençage du génome entier. Des isolats contemporains du centre médical de l’université Rush (Chicago, Illinois) et de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID) ont été utilisés pour identifier des groupes génétiques contenant uniquement des isolats de prison. Les fenêtres de transmission ont été identifiées pour chaque paire de détenus en utilisant la date du test positif au SRAS-CoV-2 et les données de localisation afin de déterminer si les détenus se chevauchaient dans la prison, dans un bâtiment spécifique ou dans des unités d’habitation particulières pendant les fenêtres de transmission.
Résultats:
Nous avons identifié 29 groupes réservés aux prisons contenant 75 des 132 isolats de SARS-CoV-2 provenant de détenus ; parmi ces groupes, 17 (58,6 %) comptaient des individus qui se chevauchaient en prison pendant les fenêtres de transmission putatives. L’accent mis sur des bâtiments spécifiques a révélé qu’il s’agissait de 2 bâtiments, d’un style de logement à une et deux cellules. étaient associés au fait que des détenus avaient été infectés par des génomes similaires du SRAS-CoV-2 au cours de leur période infectieuse (P < 0,001).
Conclusions :
Nos résultats suggèrent qu’il y a eu transmission du SRAS-CoV-2 en prison, dans le contexte d’une importation massive de COVID-19 en provenance de la communauté. De nombreuses pratiques de contrôle des infections à l’admission et pendant l’incarcération ont été mises en œuvre dans la prison pour limiter la propagation du virus. Notre étude montre l’importance de l’analyse génomique dans ce type de contextes et comment elle peut être utilisée dans le cadre des protocoles de contrôle des infections.
Mots clés:
SRAS-CoV-2; épidémiologie génomique ; prison; pandémie; transmission.
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