Découverte de 35 nouvelles espèces de bactéries dans un hôpital: implications cliniques et microbiome humain

De temps en temps, des germes inconnus apparaissent à l’hôpital. Des chercheurs de Bâle les ont collectés pendant des années. Ils ont ainsi découvert 35 nouvelles espèces de bactéries, dont certaines sont associées à des infections cliniquement significatives.

Depuis 2014, une équipe de l’Université et de l’Hôpital universitaire de Bâle a systématiquement collecté des échantillons de sang ou de tissus de patients atteints de diverses maladies.

Les scientifiques dirigés par Daniel Goldenberger ont ainsi pu analyser 61 germes bactériens présumés inconnus. Aucune des méthodes de laboratoire conventionnelles telles que la spectroscopie de masse ou le séquençage d’un petit fragment du patrimoine génétique n’a donné de résultat pour aucun de ces isolats.

Les chercheurs ont ensuite séquencé l’ensemble du patrimoine génétique des bactéries à l’aide d’une méthode récente. Ils ont comparé les séquences obtenues avec des souches bactériennes déjà connues à l’aide d’un outil en ligne. Il s’est avéré que 35 des 61 bactéries n’étaient pas encore connues.

Une évaluation des données a révélé que sept des 35 nouvelles souches pourraient provoquer des infections bactériennes chez l’homme. “Une telle comparaison directe entre les espèces bactériennes nouvellement identifiées et leur pertinence clinique n’a été que rarement publiée jusqu’à présent”, explique Daniel Goldenberger, cité lundi dans un communiqué de l’alma mater bâloise.

Dans le microbiome humain

La plupart des espèces nouvellement identifiées appartiennent aux genres Corynebacterium et Schaalia. “De nombreuses espèces de ces deux genres se trouvent dans le microbiome humain naturel de la peau et des muqueuses. C’est pourquoi elles sont souvent sous-estimées et peu étudiées”, ajoute Daniel Goldenberger.

Mais lorsqu’elles pénètrent dans la circulation sanguine, par exemple en raison d’une tumeur, elles peuvent provoquer des infections.

Pour l’équipe bâloise, la prochaine étape consistera à nommer les espèces nouvellement découvertes. Pour ce faire, les scientifiques collaborent avec Peter Vandamme, de l’Université de Gand (B), un spécialiste de la classification des bactéries.

Deux d’entre elles ont déjà été baptisées: une porte le nom de Pseudoclavibacter triregionum, qui fait référence à la situation de Bâle à la frontière de la Suisse, de la France et de l’Allemagne. Enfin, les scientifiques continuent de collecter et de séquencer systématiquement de nouveaux germes inconnus.

Ainsi, il sera à l’avenir de plus en plus facile de diagnostiquer correctement les infections dues à des agents pathogènes rares et de les traiter efficacement dès le début, selon ces travaux publiés dans la revue BMC Microbiology.

/ATS