Curio commence à tester la technologie commerciale de codes-barres spatiaux pour le séquençage de cellules uniques

Depuis séquencement de diapositives a été développée en 2019 dans les laboratoires universitaires d’Evan Macosko, MD, PhD, et Fei Chen, PhD, la technologie a fait des vagues pour sa facilité d’utilisation et sa haute résolution. GÉNÉRATION a couvert l’année dernière plusieurs études qui appliquaient la technologie, y compris cette étude Nature qui a cartographié de manière exhaustive les types de cellules dans le cerveau de la souris. À l’aide de données spatiales et génomiques uniques, les scientifiques ont identifié environ 90 % de toutes les populations cellulaires, y compris des régions de diversité cellulaire dans le mésencéphale, le pont, la moelle et l’hypothalamus. Les scientifiques ont également exploité cette technologie pour étudier des organismes modèles tels que les planaires et les axolotls, ainsi que pour contribuer à la création d’un atlas de référence cartographiant l’expression des gènes dans 24 tissus et organes humains, notamment les poumons, la peau, le cœur et le sang.

Macosko, Chen et d’autres co-fondateurs ont lancé Curio Bioscience en 2021 pour commercialiser le séquençage de lames, et ont lancé leur premier produit, Curio Seeker, en 2023. En novembre 2023, Curio affirmait que plus de 100 clients utilisaient sa technologie. Cette semaine, Curio a dévoilé son intention d’élargir son portefeuille en annonçant un programme d’accès anticipé (EAP) pour tester son dernier produit Trekker, une version commerciale de sa technologie slide-tag, également développée dans les laboratoires de Chen et Macosko, qui vise à apporter données spatiales au marché de la génomique unicellulaire.

Chen a discuté des balises de diapositives lors d’une présentation au Symposium 2023 Single Cell and AI in Medicine (SCAIM23). Il a décrit les étiquettes à diapositives comme une combinaison de génomique unicellulaire à haut débit et de codes-barres à noyau unique. Une description plus détaillée est disponible dans un autre Nature article publié en décembre 2023, où les chercheurs définissent les étiquettes à diapositives comme une stratégie « dans laquelle des noyaux uniques dans une section de tissu intacte sont marqués avec des oligonucléotides de codes-barres spatiaux dérivés de billes de codes-barres d’ADN avec des positions connues. Ces noyaux marqués peuvent ensuite être utilisés comme entrée dans une grande variété d’analyses de profilage de noyau unique. En outre, les chercheurs ont montré que les étiquettes coulissantes pouvaient être utilisées dans les tissus de souris et humains en effectuant des tests sur des échantillons de cerveau et d’amygdales ainsi que sur des cellules de mélanome.

Certains des avantages des slide-tags sont leur compatibilité avec les coupes de tissus frais congelés et leur capacité à ajouter « des données spatialement résolues sans nécessiter d’équipement spécialisé ni sacrifier la qualité des données », ont écrit les chercheurs. “La technique génère des données intrinsèquement à la résolution d’une seule cellule, sans avoir besoin de déconvolution ni de segmentation, et a une sensibilité élevée.” D’autres avantages incluent la capacité de profiler plusieurs coupes de tissus simultanément, de couvrir de grandes coupes de tissus et son adaptabilité aux méthodologies unicellulaires et mononucléées.

Curio a commencé à accepter les précommandes pour les premiers kits commerciaux d’étiquettes coulissantes. La société prévoit de lancer officiellement Trekker ce printemps. Et ils sont optimistes quant à son potentiel à ajouter de la valeur au domaine du séquençage de cellules uniques.

“Le séquençage unicellulaire a été une technologie incroyablement efficace pour le profilage des populations cellulaires, mais la communauté des chercheurs était impatiente de comprendre comment les cellules d’intérêt sont organisées spatialement. Nous avons donc décidé de développer une méthode permettant d’y parvenir”, a déclaré Macosko, qui est également chercheur au Center for Psychiatric Research du Broad Institute et professeur agrégé de psychiatrie au Massachusetts General Hospital. « Curio Trekker est l’aboutissement de ce travail et fournit le contexte spatial qui manque aujourd’hui aux chercheurs sur les cellules unicellulaires dans un format facilement accessible. CurioBioscience l’a rendu aussi simple à utiliser qu’en le connectant simplement aux flux de travail existants basés sur une seule cellule.

Christina Fan, PhD, co-fondatrice et directrice technique de Curio, a ajouté : « Curio met un nouvel outil très accessible et puissant entre les mains des chercheurs pour faire progresser la recherche découverte d’une manière très intéressante pour la biologie du cancer, les neurosciences, les sciences du développement, et au-delà. Nous pensons que CurioTrekker transformera le marché des cellules unicellulaires, car il offre aux scientifiques une véritable résolution spatiale unicellulaire, quel que soit le type d’organisme ou de tissu.

Un participant à l’EAP, Neil Henderson, MD, PhD, titulaire de la chaire de réparation et de régénération des tissus et chercheur principal en sciences cliniques du Wellcome Trust à l’Université d’Édimbourg, a déclaré : « Nous sommes ravis de tester le kit de cartographie spatiale Curio Trekker. Ce protocole d’une heure en amont de nos tests standard de séquençage d’ARN mononucléés devrait grandement faciliter notre capacité à interroger les mécanismes cellulaires et moléculaires clés régulant la niche fibrotique du foie humain.

2024-03-12 15:00:33
1710246166


#Curio #commence #tester #technologie #commerciale #codesbarres #spatiaux #pour #séquençage #cellules #uniques