Lorsque la variante originale d’Omicron a balayé le pays cet hiver, elle a lancé l’Amérique dans une nouvelle ère COVID, une dans laquelle presque tout le monde…95 pour cent des adultes, selon une estimation du CDC, a une certaine immunité contre le virus grâce aux vaccins, à l’infection ou aux deux. Depuis lors, cependant, les sous-variantes d’Omicron ont toujours réussi à provoquer de grandes vagues d’infection. Ils ont accompli cela en érodant notre immunité existante.
Cela continuera à se produire. “Il n’y a pas beaucoup de choses sur lesquelles je suis confiant dans l’évolution du SRAS-CoV-2, mais je pense que je suis extrêmement confiant que nous continuerons à voir de nouvelles variantes qui érodent progressivement la neutralisation des anticorps”, déclare Jesse Bloom, un virologue évolutionniste au Fred Hutchinson Cancer Center. Les experts sont prudemment optimistes sur le fait que le rythme d’émergence des variantes finira par ralentir, et pour de nombreuses personnes, les réinfections sont déjà plus légères et les hôpitaux ne sont pas débordés. Mais comme le virus continue de changer, la seule vraie garantie est qu’il sera différent et que ses changements n’affecteront pas nécessairement tout le monde de manière uniforme.
L’évolution du SRAS-CoV-2 suit une dynamique bien connue : lorsqu’une variante se répand dans le monde, elle laisse derrière elle une grande immunité contre elle-même. Cela exerce une pression évolutive intense sur le virus pour changer les choses ; toute variante ultérieure doit en quelque sorte échapper à l’immunité aux variantes précédentes pour continuer à trouver de nouveaux hôtes. Il n’y a pas de limites à la durée pendant laquelle le coronavirus peut continuer à faire cela. Les virus respiratoires établis de longue date qui causent la grippe et le rhume continuent d’évoluer pour continuer à nous réinfecter encore et encore.
Mais l’évasion immunitaire n’est pas une propriété intrinsèque de toute nouvelle variante. Le SRAS-CoV-2 ne gravit pas une échelle avec chaque variante, devenant de plus en plus échappatoire immunitaire au fil du temps. Considérez plutôt le coronavirus comme un lapin infatigable poursuivi par notre système immunitaire, un chien tout aussi infatigable. Le lapin fuit toujours le chien et le chien essaie toujours de rattraper le lapin. L’espace dans lequel ils doivent se poursuivre est si grand qu’il pourrait tout aussi bien être infini à l’échelle des temps humains. Comme Bloom me l’a dit précédemment, le nombre de mutations possibles dans le SRAS-CoV-2 dépasse de loin, de loin, le nombre d’atomes dans l’univers connu.
De temps en temps, le lapin peut faire un bond spectaculaire à la manière d’Omicron et tirer en avant pendant un certain temps jusqu’à ce que notre immunité se rattrape. La fréquence à laquelle cela se produira est difficile à prévoir. “Cela dépend probablement de la mesure dans laquelle Omicron était un événement de cygne noir”, explique Adam Lauring, virologue à l’Université du Michigan. Omicron était si différent et si inhabituel par rapport à tout ce qui l’avait précédé. « Cela pourrait-il se reproduire ? La plupart des gens pensent probablement que non, mais… vous ne voulez pas être brûlé deux fois. Qu’un événement de type Omicron se produise tous les deux, 20 ou 200 ans peut signifier des trajectoires différentes pour l’avenir de COVID. Mais à ce stade, nous n’avons que deux ans et demi de données pour continuer, alors pronostiquez à vos risques et périls.
De manière plus prévisible, cependant, le SRAS-CoV-2 est susceptible de réaliser des gains plus faibles au fil du temps, accumulant des mutations qui le rendent progressivement meilleur lors de la réinfection. Les virologues appellent cela “l’évolution antigénique”. (Antigénique fait référence aux parties d’un agent pathogène reconnues par notre système immunitaire. Pour le SRAS-CoV-2, il s’agit principalement de la protéine de pointe.) Différents virus semblent capables de différents taux d’évolution antigénique. Sur les quatre coronavirus saisonniers qui causent le rhume, par exemple, OC43 et 229E évoluent à un rythme de 0,3 à 0,5 mutations adaptatives dans leurs protéines de pointe chaque année. Mais un troisième, NL63, ne semble pas beaucoup changer du tout, explique Kathryn Kistler, virologue également chez Fred Hutch qui a étudié l’évolution des coronavirus saisonniers. Elle essaie actuellement de le confirmer avec des échantillons de sérum sanguin prélevés dans les années 80 et 90. Et il y a si peu d’échantillons du quatrième coronavirus, HKU1, que nous n’en avons pas assez pour discerner une tendance.
La grippe est beaucoup mieux étudiée et les différents types de grippe présentent également des taux d’évolution différents les uns des autres. Parmi les plus courants, la grippe B est la plus lente, à peu près à égalité avec les coronavirus OC43 et 229E. La grippe H1N1 est plus rapide et H3N2, la souche de grippe prédominante dans le monde à l’heure actuelle, est la plus rapide. Les différences peuvent, au moins en partie, se résumer à la forme de l’antigène que notre système immunitaire reconnaît. La protéine de pointe dans les coronavirus, par exemple, doit changer suffisamment pour tromper le système immunitaire, mais pas au point de cesser complètement de fonctionner. Le H3N2 peut s’en tirer avec un plus petit changement dans son analogue de la protéine de pointe : “Il s’agit souvent d’une seule mutation, parfois de deux.[that] peut donner au virus un énorme avantage », m’a dit Kistler.
Comparez cela avec la rougeole, un virus qui a à peine évolué au fil des décennies. Nos anticorps reconnaissent plusieurs parties de sa protéine clé. Une étude récente a révélé que au moins cinq des huit sites clés de cette protéine doivent changer à la fois d’éroder nos défenses immunitaires. Une mutation dans seulement un ou deux de ces sites ne confère pas beaucoup d’avantages, mais gagner les cinq à la fois est très peu probable. Ainsi, toute nouvelle variante potentielle disparaît et la variante dominante de la rougeole reste assez stable.
Le SRAS-CoV-2, cependant, a évolué antigéniquement plus rapidement que n’importe lequel de ces virus, même plus rapidement que le H3N2. Cela pourrait être dû au caractère unique de sa protéine de pointe, mais une partie de ce rythme inhabituellement rapide au cours des deux dernières années est probablement également liée au fait que le virus est nouveau. Lorsqu’une nouvelle souche de “grippe porcine” H1N1 a frappé en 2009, Kistler a souligné qu’elle aussi avait eu une première poussée avant de ralentir. Les variantes Alpha et Delta du coronavirus sont apparues à une époque avec de nombreuses personnes immunologiquement naïves à infecter, et les premières variantes ont généralement réussi en devenant plus intrinsèquement transmissibles. Le virus ne peut augmenter sa transmissibilité que dans une certaine mesure, dit Bloom, de sorte que le SRAS-CoV-2 aura de moins en moins de place pour s’améliorer. Cependant, il peut continuer à trouver de nouvelles façons de contourner l’immunité, comme l’ont fait les sous-variantes d’Omicron.
Cependant, le paysage immunitaire contre lequel le SRAS-CoV-2 évolue change également. À l’heure actuelle, certaines personnes sont immunisées contre le coronavirus d’origine ou Alpha ou Delta, d’autres sont immunisées contre la famille Omicron, et d’autres encore ont les deux. Au fur et à mesure que de nouvelles variantes émergent, notre histoire d’exposition individuelle va être encore plus hétérogène ; en fonction de notre immunité antérieure, certains d’entre nous pourraient être plus sensibles que d’autres à une nouvelle variante. L’impact sera moins uniforme. Nous l’avons déjà vu avec les sous-variantes d’Omicron, où les pays avec des vagues précédentes plus petites sont connaît de plus grandes vagues BA.5. Certaines personnes connaîtront également une immunité plus faible que d’autres; les personnes âgées, par exemple, ont tendance à développer des réponses immunitaires moins durables au SRAS-CoV-2, c’est pourquoi ce groupe est toujours prioritaire pour les rappels. Des mises à jour agressives des vaccins et des campagnes de rappel aideraient le système immunitaire de chacun à suivre le rythme.
Au lieu de toujours essayer de rattraper le virus, pourrions-nous élargir notre immunité et le devancer ? Nos vaccins actuels, bien qu’ils soient encore très efficaces pour protéger contre les maladies graves, n’en sont pas capables. La La Maison Blanche fait maintenant la promotion—mais pas vraiment de financement—vaccins de nouvelle génération qui pourraient potentiellement faire mieux : les vaccins pan-coronavirus qui, espèrent les scientifiques, produiront des anticorps contre des parties de la protéine de pointe qui ne changent pas beaucoup, ou des vaccins nasaux pour provoquer des anticorps dans le nez et la bouche où le virus se réplique pour la première fois, arrêtant peut-être une infection tout à fait.
Mais ces idées ne sont pas nouvelles pour le SRAS-CoV-2 – les chercheurs essaient ces approches contre la grippe depuis de nombreuses années. Un vaccin universel contre la grippe est encore insaisissable. Un vaccin nasal contre la grippe, FluMist, existe, mais son efficacité est assez mitigée : on pensait à l’origine qu’il était plus efficace que le vaccin, puis on le croyait moins efficace, à tel point que le Le CDC a retiré le vaccin de 2016 à 2018— jusqu’à ce qu’il soit reformulé. Dans tous les cas, il est clair que FluMist est loin de prévenir toutes les infections grippales bénignes. À moins d’innovations majeures dans la technologie des vaccins, notre système immunitaire pourrait être le chien chassant le lapin coronavirus pendant encore longtemps.
