Utilisation du séquençage du génome entier pour identifier les mutations à basse fréquence chez les patients atteints du SRAS-CoV-2 traités par remdesivir

Arrière-plan:

Il a été démontré que le remdesivir (RDV) réduit les hospitalisations et la mortalité chez les patients atteints de COVID-19. Les mutations de résistance causées par le RDV sont rares et ont été principalement rapportées chez des patients sous traitement prolongé et immunodéprimés. Nous étudions les effets du traitement par RDV sur la diversité intra-hôte du SRAS-CoV-2 et les mutations à basse fréquence chez les patients COVID-19 hospitalisés modérément malades et les comparons aux patients sans traitement par RDV.

Méthodes :

De mars 2020 à avril 2022, des prélèvements séquentiels d’écouvillons nasopharyngés et du cornet moyen ont été obtenus auprès de 14 patients avec et 30 patients sans traitement RDV. Les données démographiques et cliniques de tous les patients ont été examinées. Au total, 109 échantillons ont été séquencés et des analyses de mutation ont été effectuées.

Résultats:

Les mutations résistantes aux médicaments précédemment signalées dans nsp12 n’ont pas été identifiées au cours de courtes cures de traitement par RDV. Dans les gènes codant et entourant le complexe de réplication (nsp6-nsp14), des variantes minoritaires de basse fréquence ont été détectées chez 7/14 (50 %) et 18/30 (60 %) patients avec et sans traitement par RDV, respectivement. Nous n’avons pas détecté de différences significatives dans la diversité intra-hôte et la sélection positive entre les groupes traités par RDV et non traités.

Conclusions :

La variabilité intra-hôte minimale et les variantes stochastiques à basse fréquence détectées chez les patients modérément malades suggèrent une faible pression sélective chez les patients recevant des cures courtes de RDV. La barrière à la résistance au RDV est élevée chez les patients présentant une maladie modérée. Les patients qui suivent des schémas thérapeutiques courts de traitement par RDV doivent continuer à être surveillés.