Dans une récente étude publiée sur medRxiv*, les chercheurs ont validé les tests quantitatifs de réaction en chaîne par polymérase (qPCR) du virus monkeypox (MPXV).
Arrière plan
Les cas de monkeypox humain (MPX) ont rarement été détectés en dehors des pays où le MPXV est endémique depuis sa découverte dans les années 1970. Cette maladie zoonotique a été négligée jusqu’à l’épidémie en cours, malgré les avertissements de propagation mondiale et les preuves d’une transmission interhumaine accrue. Plus de 77 000 cas de MPX ont été signalés dans plus de 100 pays dans le cadre de l’épidémie de MPX en cours.
Les cas de MPX peuvent présenter de la fièvre, une lymphadénopathie et une éruption papillaire. Les sujets immunodéprimés sont à risque de manifestations MPX sévères, y compris la mort. Le médicament antiviral, le tecovirimat (Tpoxx), et le vaccin JYNNEOS développé à l’origine pour la variole sont les seules contre-mesures contre le MPX. Étant donné qu’une détection précoce et rapide des virus est nécessaire pour la prévention et le traitement du MPX, le développement de tests qPCR est essentiel pour perturber les réseaux de transmission.
L’étude et les conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué deux tests qPCR spécifiques au MPXV ciblant les locus G2R et F3L et ont comparé leur sensibilité, leur spécificité et leur précision avec le test pan-orthopoxvirus des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) (OPXV-E9L). Les auteurs ont obtenu commercialement de l’ADN MPXV synthétique (VR-3270SD) en raison de la pénurie d’échantillons cliniques MPXV et d’ADN génomique au printemps 2022.
La matrice achetée (VR-3270SD) avait des sites de liaison pour les amorces et les sondes pour de nombreux tests développés précédemment. Les chercheurs ont estimé le nombre précis de copies de cette norme par PCR numérique en gouttelettes (ddPCR) à 1,29 x 108 copies/ml pour les locus MPXV-F3L et OPXV-E9L et 1,3 x 108 copies/ml pour le locus MPXV-G2R.
Les auteurs ont testé 15 échantillons d’écouvillons cutanés positifs pour le virus de l’herpès simplex (HSV), 17 pour le virus varicelle-zona (VZV) et 52 négatifs pour le HSV/VZV à l’aide du test OPXV-E9L et ont vérifié qu’ils étaient négatifs pour le MPXV. Le test F3L n’a pas détecté l’ADN du MPXV dans ces échantillons, alors que dans le test G2R, un échantillon positif pour le VZV a été trouvé positif pour le G2R mais a été testé négatif pour le G2R à plusieurs reprises.
Les dosages G2R et F3L avaient un pourcentage de concordance négatif de 98,8 % et 100 %, respectivement, sur 84 échantillons. Ensuite, l’équipe a testé la réactivité croisée des tests MPXV avec les virus camelpox (CMLV), cowpox (CPXV) et vaccinia (VACV), qui sont des parents phylogénétiques proches du MPXV. Les tests MPXV-F3L et -G2R n’ont pas détecté les ADN de CMLV, CPXV et VACV, tandis que le test OPXV-E9L a montré des valeurs moyennes de seuil de cycle (Ct) de 19,8, 25,8 et 23,8, respectivement.
La capacité à détecter l’ADN du MPXV a été évaluée à l’aide de positifs artificiels. Le pourcentage de concordance positive était de 100 % pour le test OPXV-E9L et de 99,1 % pour les tests MPXV-G2R et -F3L. En outre, ils ont testé si les tests G2R et F3L détecteraient avec précision le MPXV dans des échantillons (cliniques) et ont obtenu sept échantillons d’écouvillons cutanés positifs au MPXV provenant d’un laboratoire de santé publique (PHL).
Les échantillons de PHL ont été dilués au 1/40 avant l’extraction en raison de contraintes de volume. Vingt échantillons cliniques MPXV positifs au test F3L ont été testés simultanément avec les tests OPXV-E9L et MPXV-G2R. Les tests spécifiques au MPXV avaient, en moyenne, des valeurs de Ct inférieures à celles du test OPXV-E9L pour chaque échantillon. De plus, le test G2R avait un Ct inférieur à celui du test F3L dans chaque échantillon, ce qui correspond à deux copies de G2R dans le génome du MPXV.
Les chercheurs ont estimé la limite de détection (LoD) à 330 copies/ml, ce qui équivaut à 3,3 copies par réaction (PCR) en utilisant des méthodes d’extraction standard pour les dosages MPXV-F3L et -G2R. Ils ont également validé le test MPXV-F3L en utilisant différents types d’échantillons, tels que le liquide céphalo-rachidien, l’urine, le sérum, le plasma, le sang total et les écouvillons oraux/rectaux/nasopharyngés/vaginaux.
Le pourcentage de concordance négative était de 100 % pour tous les types d’échantillons. Le pourcentage de concordance positive était de 100 % pour les prélèvements nasopharyngés/rectaux/vaginaux, le plasma, le liquide céphalo-rachidien, le sang total et le lait maternel, de 95,7 % pour les échantillons d’urine et de 95,5 % pour les échantillons de sérum. La LoD pour ces échantillons a été estimée à 1000 copies/ml (10 copies/ml par réaction).
En utilisant des échantillons cliniques MPXV, le pourcentage de concordance négative était de 100 % pour la salive, le sperme et les écouvillons rectaux/oraux/secs. Le pourcentage de concordance positive était de 100 % pour la salive, les écouvillons rectaux et le sperme et de 95 % pour les écouvillons oraux/secs. La LoD pour le test F3L était de 260 copies/ml pour le sperme, 780 copies/ml pour la salive, les écouvillons rectaux et oraux, et 810 copies/écouvillon pour les écouvillons secs.
conclusion
En résumé, la présente étude a évalué la sensibilité et la spécificité des ensembles d’amorces et de sondes spécifiques au MPXV avec un test pan-orthopoxvirus. La LoD pour ces tests était aussi faible que 3,3 copies par réaction (PCR) en extrayant jusqu’à un échantillon de 250 μl. Aucun des deux tests n’a montré de réactivité croisée avec le VZV ou le HSV, ce qui indique une spécificité élevée.
Dans l’ensemble, les performances des trois tests de détection du MPXV étaient comparables, chacun étant très sensible à l’ADN du MPXV. Le test MPXV-F3L avait une spécificité élevée pour le MPXV et n’a pas réagi de manière croisée avec le HSV ou d’autres orthopoxvirus et sera un outil essentiel pour réduire la transmission du MPXV dans l’épidémie en cours.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
