Une étude caractérise le SARS-CoV-2 Omicron BA.2.86 : nouvelle variante sous surveillance

Dans un article récent publié sur le bioRxiv* serveur, les chercheurs ont effectué une évaluation expérimentale de l’antigénicité et de l’infectivité de BA.2.86, une nouvelle variante de saltation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) désignée comme variante sous surveillance (VUM) par l’Organisation mondiale de la santé. (OMS) le 18 août 2023.

Étude : Caractérisation de l’antigénicité et de l’infectiosité du SARS-CoV-2 BA.2.86. Crédit d’image : JBArt/Shutterstock

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.

Arrière-plan

Jusqu’à présent, les chercheurs n’ont détecté que 24 séquences génomiques de BA.2.86 ; cependant, ils provenaient notamment de personnes vivant dans plusieurs pays et n’ayant jamais voyagé. Bien que les séquences BA.2.86 puissent ne présenter aucune pertinence épidémiologique, cette variante présente un potentiel de propagation mondiale. De plus, BA.2.86 héberge beaucoup plus de mutations que ses prédécesseurs, BA.2 et XBB.1.5, ce qui suggère son antigénicité distincte.

Les mutations qui assurent sa résistance accrue au plasma de convalescence suite à une infection percée par XBB (BTI) et à des réinfections sont nichées à l’intérieur du domaine de liaison au récepteur (RBD) de sa glycoprotéine de pointe (S). De plus, des mutations dans le domaine N-terminal (NTD) et le sous-domaine 1 (SD1) de BA.2.86 contribuent à sa résistance accrue.

Il semble que BA.2.86 ait troqué son pouvoir infectieux contre l’acquisition de capacités d’évasion immunitaire plus élevées au cours de l’évolution, ce qui nécessite une surveillance étroite.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont d’abord développé un pseudovirus BA.2.86, puis ont déterminé sa distance antigénique par rapport au type sauvage (WT) et à d’autres variantes précédentes du SRAS-CoV-2, notamment les sous-lignées Omicron, BA.5, BQ.1.1 et XBB.

En outre, ils ont évalué les capacités d’évasion immunitaire du pseudovirus BA.2.86. À cette fin, ils ont effectué des tests de neutralisation des pseudovirus en utilisant des échantillons de plasma provenant de deux groupes et contre un panel d’anticorps monoclonaux (mAbs).

Le premier groupe comprenait 27 personnes qui ont subi un BTI XBB une seule fois après la vaccination, et le deuxième groupe comptait 54 convalescents qui ont contracté une (ré)infection par XBB après un BTI de BA.5/BF.7. Tous les participants avaient reçu trois doses d’un vaccin inactivé contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) avant XBB BTI.

En outre, l’équipe a délimité les mutations RBD clés de BA.2.86 de celles trouvées dans XBB.1.5, pour lesquelles elles ont testé un panel d’anticorps neutralisants (nAb) contre les pseudovirus basés sur XBB.1.5 portant une mutation BA.2.86 RBD. Enfin, l’équipe a évalué le pouvoir infectieux cellulaire de BA.2.86 en testant l’efficacité de sa forme pseudovirus pour infecter les lignées cellulaires hACE2-HEK293T.

Résultats

BA.2.86 a montré une dérive antigénique prononcée par rapport aux variantes WT, BA.2/BA.5 et XBB.1.5 du SRAS-CoV-2, ce qui suggère qu’il pourrait fortement échapper aux anticorps induits par XBB. Il a également montré une résistance exceptionnellement élevée dans les tests de neutralisation dans tous les groupes vaccinés.

Fait intéressant, le potentiel d’évasion immunitaire de BA.2.86 dépassait EG.5 mais était comparable à la variante « FLip » d’Omicron HK.3, un double mutant avec des mutations combinées L455F et F456L. Malgré leur niveau comparable d’évasion immunitaire, les activités relatives de HK.3 et BA.2.86 variaient selon les échantillons, indiquant leur distance antigénique. De plus, BA.2.86 a induit une évasion d’anticorps nettement plus élevée contre le plasma stimulé par XBB. À l’exception du SA55, les autres mAb testés dans cette étude n’ont pas réussi à neutraliser BA.2.86.

Il est important de noter que la mutation E554K, associée aux mutations XBB.1.5, a amélioré l’évasion plasmatique de BA.2.86, ce qui suggère que les nAb ciblant SD1 constituent principalement du plasma de convalescence stimulé par XBB. De plus, les mutations NTD de BA.2.86 ont amélioré son évasion neutralisante.

Dans les tests de pseudovirus, par rapport à XBB.1.5 et EG.5.1/EG.5, BA.2.86 a présenté le pouvoir infectieux le plus faible. Les auteurs ont noté que les mutations K356T, V483del et E554K contribuaient principalement à sa plus faible infectivité. Plus précisément, K356T a introduit un motif de glycosylation lié à N pour le site d’acide aminé N354, et V483del était proche des sites de liaison de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), les deux événements affectant l’efficacité d’entrée des cellules hôtes des virus.

Les chercheurs ont mesuré le pouvoir infectieux de BA.2.86 grâce à des tests de pseudovirus ; ainsi, ces résultats nécessitent une validation plus approfondie à l’aide d’isolats authentiques.

Conclusion

Les données de l’étude suggèrent que BA.2.86 présente un potentiel d’évasion immunitaire exceptionnel par rapport aux variantes du SRAS-CoV-2 Omicron actuellement en circulation. De plus, BA.2.86 était antigéniquement plus éloigné de tous les variants d’Omicron testés et pouvait échapper aux nAb induits par XBB, c’est-à-dire résister à l’immunité humorale provoquée par XBB et aux mAb efficaces par XBB.

Même si, à l’heure actuelle, il semble que BA.2.86 pourrait ne pas prévaloir en raison de sa plus faible contagiosité. Cependant, s’il mute davantage au cours de l’évolution et de la transmission hôte-virus, il pourrait accroître son pouvoir infectieux. Étant donné son potentiel à devenir prochainement une variante prédominante du SRAS-CoV-2, comme les sous-variantes XBB d’Omicron, une coopération mondiale serait nécessaire pour tracer l’évolution du BA.2.86 au fil du temps.

*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ni être traités comme des informations établies.