Il y a plus de virus sur la planète Terre qu’il n’y a d’étoiles dans l’univers. Selon une estimation de 2011si nous devions rassembler tous ces microbes – au nombre de dix à la puissance 31, ou 10 nonillions – et les mettre bout à bout, nous formerions une autoroute microscopique s’étendant sur 100 millions d’années-lumière.
Cela semble incroyable, non ? Ou peut-être un peu effrayant étant donné que les virus ne sont pas exactement connus pour leur disposition ensoleillée. Pour la plupart, ces micro-organismes sont très sélectifs quant à savoir comment ou qui ils infectent ; seule une fraction de ceux qui se trouvent dans l’environnement constituent réellement une menace pour l’homme, grave ou autre. Mais comme nous l’a appris la récente pandémie de Covid-19, des épidémies virales se produisent. C’est pourquoi les virologues du monde entier travaillent d’arrache-pied pour découvrir et caractériser ces microbes insidieux avant qu’ils ne fassent de nous leurs hôtes involontaires.
À cette fin, un groupe de chercheurs de l’Université de l’État de Washington a découvert que les coronavirus éloignés du SRAS-CoV-2 – l’agent pathogène derrière Covid-19 – sont résistants à nos vaccins actuels et aux thérapies par anticorps monoclonaux, selon un étude publiée jeudi dans la revue Pathogènes PLOS. Appelés Khosta-2, ces virus utilisent le même port d’entrée cellulaire que le SRAS-CoV-2 et, s’ils sont donnés dans les bonnes circonstances, pourraient se transformer en quelque chose de bien plus pathogène qu’il ne l’est actuellement, un peu comme nous l’avons vu avec le nouveau Covid -19 variantes.
“Parce que ces virus existent dans la nature, [these findings] vraiment faire comprendre que nous devrions créer des vaccins plus largement actifs » qui ciblent tous les membres de la famille des coronavirus, Timothée Sheahanvirologue à la Gillings School of Global Public Health de l’Université de Caroline du Nord, qui n’a pas participé à l’étude, raconte Inverse.
Voici le contexte – Comme nous le savons tous probablement trop, les coronavirus sont une immense famille de virus qui provoquent des maladies respiratoires et intestinales chez les humains et les animaux, et circulent depuis longtemps. Au cours des dernières années, les scientifiques ont créé un nouveau terme – sarbecovirus – pour différencier les coronavirus génétiquement liés au SRAS-CoV-1, le virus à l’origine de l’épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère de 2002 identifiée pour la première fois à Guandong, en Chine. Ceux-ci incluent le SRAS-CoV-2 et des centaines de souches qui infectent des animaux comme les civettes, les pangolins et les chauves-souris, qui sont considérés comme le principal réservoir.
Les chauves-souris russes en fer à cheval sont l’endroit où les scientifiques ont trouvé Khosta-2 et un proche Khosta-1 dans des échantillons fécaux et oraux prélevés fin 2020 près du parc national de Sotchi. Une analyse plus approfondie de cette souche particulière a montré que son génome partageait de grandes similitudes avec les sarbecovirus trouvés dans des échantillons de chauves-souris en fer à cheval collectés en Bulgarie en 2008 et au Kenya en 2007. Alors que des centaines de sarbecovirus testés jusqu’à présent n’ont montré aucune capacité à infecter les cellules humaines, premières études trouvées que les virus Khosta ont des composants structurels qui peuvent leur permettre d’interagir avec l’ACE2, ou l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2, une protéine des cellules humaines sur laquelle la protéine de pointe du virus se verrouille pour pénétrer à l’intérieur. C’est exactement le même mécanisme de verrouillage et de clé que SARS-CoV-2 utilise.
Qu’ont-ils fait – Dirigé par Michel Letko, virologue à la Washington State University, les chercheurs ont créé des pseudotypes viraux. Ce sont des particules virales fabriquées à partir d’un virus bénin qui a été modifié pour transporter la protéine de pointe intégrale du SRAS-CoV-2, bien que la protéine ait été modifiée de telle sorte qu’elle porte le domaine de liaison au récepteur (RBD) de Khosta au lieu du SRAS-CoV-2 . (Le RBD est la partie de la protéine de pointe qui interagit avec ACE2.)
C’est une approche similaire utilisée par Letko en 2020 pour caractériser le récepteur SARS-CoV-2. Dans ce cas, les particules virales portant le Khosta RBD se sont mêlées à des cellules humaines et animales recouvertes d’ACE2 humain. Letko et ses collègues ont vu que les particules virales de Khosta, en particulier celles chargées du RBD de Khosta-2, se fixaient facilement à l’ACE2 avec à peu près le même enthousiasme que les particules virales du SRAS-CoV-2. (La comparaison comprenait des particules virales contenant des RBD de plus de 30 autres sarbecovirus, y compris les variantes originales du SARS-CoV-2 Wuhan et Omicron.)
Ensuite, les chercheurs ont voulu évaluer dans quelle mesure notre arsenal immunitaire actuel – à savoir les thérapies par anticorps et les vaccins Covid-19 – se comparait aux virus Khosta. Les résultats étaient préoccupants : les particules virales de Khosta, encore une fois celles avec le RBD de Khosta-2, semblaient complètement résistantes au Bamlanivimab, une thérapie par anticorps monoclonal approuvée sous autorisation d’utilisation d’urgence de retour en novembre 2020 pour le traitement des variantes antérieures de Covid-19.
Les vaccins n’ont pas fait mieux. Letko et son équipe ont incubé Khosta-2 dans du sérum de personnes vaccinées avec les vaccins antérieurs de Moderna et Pfizer, ainsi que de personnes qui se sont remises de la souche Omicron. Alors que les particules virales du SARS-CoV-2 étaient facilement retenues par les anticorps présents, Khosta-2 était complètement résistant. Ce n’est pas tout à fait surprenant cependant – Khosta-2 est un virus différent du SARS-CoV-2, et sa protéine de pointe ne partage qu’environ 60% de similitude avec d’autres sarbecovirus, y compris le SARS-CoV-2.
Pourquoi est-ce important – Avant de paniquer, Khosta-2 n’est pas le prochain méchant viral, du moins pas de si tôt. Le virus semble manquer de gènes qui causent la maladie chez les humains. Mais Letko dit que la peur réside dans la recombinaison lorsque deux virus ou plus co-infectent le même hôte et échangent des informations génétiques comme une vente génomique.
«La vraie crainte est que si vous obtenez une recombinaison entre quelque chose comme le SRAS-2 et le Khosta-2, car alors il peut avoir toutes les propriétés du SRAS-2 [like] pathogenèse, mais il peut avoir un domaine de liaison au récepteur différent qui le rend résistant à la [Covid-19] vaccins », raconte Letko Inverse.
Letko et Sheahan soulignent que la recombinaison ne doit pas nécessairement aboutir à un virus plus pathogène – Khosta-2 pourrait ne jamais acquérir la capacité d’infecter les humains – mais c’est néanmoins une possibilité, surtout si les deux se rencontrent chez un hôte animal avant de sauter à humains.
“Notre plus grande préoccupation est la diversité qui existe et le fait que nous pouvons maintenant introduire accidentellement un virus pathogène comme le SRAS-2 dans ce pool d’autres virus”, déclare Letko.
Alors que des études montrent que le changement climatique pourrait accélérer les chances de cette rencontre virale, potentiellement désastreuse, mignonne pour tous les virus (pas seulement Khosta-2 et SARS-CoV-2), nous ne sommes pas entièrement sans défense. Sheahan et Letko disent que les scientifiques travaillent sur un vaccin universel contre le sarbecovirus cela fournirait une protection non seulement contre les variantes du SRAS-CoV-2, mais contre de nombreux autres coronavirus d’origine animale qui visent à nous faire du mal. Les médicaments antiviraux comme Remdesivir et Paxlovid, tous deux actuellement prescrits pour Covid-19, pourraient également offrir une grande protection et défense.
“Les médicaments antiviraux agissent sur des mécanismes légèrement plus larges qui [targeting] la protéine de pointe », explique Letko. «Ils agissent sur quelque chose d’un peu plus conservateur et plus similaire entre ces virus. Nous nous attendrions donc à ce que vous ayez plus d’un coup de combat avec quelque chose comme ça.
Et après – Pour Letko, rencontrer Khosta-2 et enquêter sur ses secrets fait partie d’un effort de recherche plus large pour caractériser tous les sarbecovirus et voir dans quelle mesure (ou non) ces microbes peuvent nous infecter.
“Nous avons couvert un assez large éventail de tout ce que Mère Nature peut inventer avec les sarbecovirus”, dit-il. “L’idée est simplement de continuer à construire ces informations afin que nous puissions les mettre dans une grande base de données… ainsi, lorsqu’un nouveau virus est découvert, nous n’avons pas toujours à le tester en laboratoire ou à l’isoler.”
Tout comme la façon dont, pendant la pandémie, les scientifiques ont pu développer rapidement des vaccins, en partie grâce à une connaissance rapide de la séquence génétique du SRAS-CoV-2, Letko espère qu’une bibliothèque virtuelle de sarbecovirus nous préparera si jamais nous rencontrons une autre épidémie virale .
“Lorsque le prochain arrivera, nous dirons:” Oh, nous avons déjà vu ces données de séquence, voyons avec quoi nous pouvons déjà démarrer “”, explique Letko.
