Le séquençage de l’ARN peut être utilisé pour améliorer la précision du diagnostic des troubles génétiques humains, selon un récent communiqué de presse Enquête pédiatrique.
Le diagnostic des troubles génétiques humains a été simplifié grâce à l’utilisation du séquençage de nouvelle génération (NGS), avec des scientifiques capables d’identifier les maladies au niveau du gène unique depuis la cartographie du génome humain. Cependant, le séquençage de l’ADN est incapable d’enregistrer les changements dans les régions non codantes du génome, qui ont été identifiées comme des composants clés de certains troubles.
Les sources de nombreux troubles génétiques ne peuvent pas être découvertes grâce à des techniques NGS telles que le séquençage de l’exome entier (WES) et le séquençage du génome entier (WGS), ce qui limite l’efficacité des techniques NGS dans le diagnostic des troubles génétiques. Le séquençage de l’ARN a été identifié comme un outil clinique potentiel à cette fin.
Dans le séquençage de l’ARN, les limites des autres méthodes sont surmontées en utilisant des échantillons de fibroblastes, de sang et de biopsies musculaires. Les scientifiques peuvent découvrir des détails sur la structure, la séquence et la quantité de certaines séquences d’ARN. L’amélioration diagnostique des séquences d’ARN a été estimée à près de 15 % par les chercheurs.
Le 5 mars 2022, les enquêteurs ont publié un article dans Enquête pédiatrique sur l’amélioration de l’efficacité diagnostique des techniques NGS par le séquençage de l’ARN. L’équipe était dirigée par Holger Prokisch, PhD, de l’Université technique de Munich.
“Le séquençage de l’ARN démontre son succès dans la hiérarchisation et la détection non seulement des variants introniques profonds délétères, mais également des variants codant affectant l’expression des gènes, qui sont souvent négligés par le WES et le WGS”, a déclaré Prokisch.
Les auteurs ont constaté une amélioration de 15 % de la séquence basée sur l’ADN lorsque le séquençage de l’ARN a été utilisé dans 8 études antérieures. L’une des raisons potentielles de la teneur anormale en ARN des cellules répertoriées par les auteurs était un défaut de la machinerie cellulaire lors des transcriptions causé par une «expression aberrante».
Une autre raison de la teneur anormale en ARN discutée par les enquêteurs était les profils d’ARN anormaux et le silençage d’un allèle ou d’une copie de gène causé par «l’expression mono-allélique». La dernière raison discutée était le mauvais traitement d’un transcrit d’ARN nouvellement formé, ce qui est le plus courant lorsqu’une région codante non protéique est épissée.
Ces schémas anormaux peuvent être facilement découverts par séquençage d’ARN. Cependant, le séquençage de l’ARN a également des limites, l’expression spécifique aux tissus étant vitale pour cette méthode. L’application clinique du séquençage d’ARN est encore limitée, ce qui rend important d’incorporer des données NGS supplémentaires telles que la protéomique.
“Si nous pouvons identifier et exploiter ces phénotypes anormaux, l’identification des maladies génétiques rares et de leurs causes peut devenir plus facile et plus satisfaisante dans la pratique clinique”, a conclu Prokisch.
Référence
L’examen de l’investigation pédiatrique met en lumière l’amélioration du diagnostic des maladies génétiques grâce au séquençage de l’ARN. Enquête pédiatrique. 8 février 2023. Consulté le 8 février 2023. https://www.prnewswire.com/news-releases/pediatric-investigation-review-throws-light-on-improving-diagnosis-of-genetic-diseases-with-rna-sequencing-301740763.html
