Recherche par abréviation / formulaire long dans les sciences de la vie

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Qu’est-ce qu’Allie ?

Allie est un service de recherche d’abréviations et de formes longues utilisées dans les sciences de la vie. Il apporte une solution au problème que de nombreuses abréviations sont utilisées dans la littérature, et les abréviations polysémiques ou synonymes apparaissent fréquemment, ce qui rend difficile la lecture et la compréhension des articles scientifiques qui ne sont pas pertinents pour l’expertise du lecteur. Allie recherche les abréviations et leurs formes longues correspondantes à partir des titres et des résumés dans l’ensemble de PubMed®, une base de données de la US National Library of Medicine. PubMed stocke plus de 30 millions d’informations bibliographiques en sciences de la vie et convient à l’extraction d’abréviations spécifiques à un domaine et de leurs formes longues apparaissant dans la littérature actuelle.

Que peuvent faire les utilisateurs avec Allie ?

• Les utilisateurs peuvent rechercher les formes longues des abréviations ou les abréviations des formes longues.
• Les données bibliographiques qui incluent l’abréviation demandée ou la forme longue dans les titres ou les résumés peuvent être obtenues.
• Les utilisateurs peuvent également obtenir des abréviations co-occurrentes dans les titres et les résumés.
• Des interfaces SPARQL/REST/SOAP sont disponibles qui permettent aux utilisateurs de faire appel à Allie depuis leurs scripts, programmes, etc.

Didacticiel vidéo

Vous pouvez apprendre Allie ici (tutoriel vidéo).

Publication connexe

Veuillez vous référer à la publication suivante :
Y. Yamamoto, A. Yamaguchi, H. Bono et T. Takagi, « Allie : une base de données et un service de recherche d’abréviations et de formes longues ». Base de données, 2011 : bar03.
Entrée PubMed | Texte intégral disponible

Allie utilise ALICE pour extraire les paires d’abréviations et de formes longues ainsi que l’ID PubMed à partir des données PubMed. Les détails de cet outil sont décrits dans la publication suivante :
H. Ao et T. Takagi, “ALICE : un algorithme pour extraire les abréviations de MEDLINE.”, J Am Med Inform Assoc., 2005 Sep-Oct;12(5):576-86.
Entrée PubMed | Texte intégral disponible

Mise à jour

Dernière mise à jour de l’index : 2 décembre 2022 (mise à jour mensuelle)

Télécharger

Vous pouvez télécharger et utiliser la base de données utilisée pour Allie (Mise à jour hebdomadaire) selon les termes et conditions d’utilisation.
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S’il vous plaît contactez ici si vous avez des questions ou des suggestions.

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