Publication anticipée – OXA-48 – Production d’Escherichia coli uropathogène de type 127, Pays-Bas, 2015-2022 – Volume 29, numéro 12 — décembre 2023 – Emerging Infectious Diseases journal

Nous avons récemment décrit des molécules productrices de carbapénémase OXA-244. Escherichia coli (CPE) type de séquence (ST) 38 avec des facteurs d’uropathogénicité putatifs (1). Nous rapportons ici un groupe génétique de 20 gènes uropathogènes producteurs d’OXA-48. Escherichia coli (UPEC) Isolats ST127 aux Pays-Bas.

Les laboratoires de microbiologie médicale des Pays-Bas sont priés de soumettre les isolats suspectés de production de carbapénémase à l’Institut national de la santé publique et de l’environnement (RIVM) dans le cadre du programme de surveillance CPE. Pour tous les isolats, nous effectuons le méropénème Etest, l’inactivation du carbapénème, le séquençage de nouvelle génération (NGS; lllumina, https://www.illumina.com) et le séquençage à lecture longue (Oxford Nanopore Technologies, https://www.nanoporetech.com). Nous utilisons les données NGS pour analyser le phylotype de Clermont (2), les polymorphismes mononucléotidiques du noyau du génome, les ST classiques de typage de séquence multilocus (MLST) et les tests internes E. coli Types MLST du génome entier (wgMLST) (1,3). Nous avons également évalué la présence de gènes de résistance aux antimicrobiens (AMRfinder, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pathogens/antimicrobien-resistance/AMRFinder), les réplicons plasmidiques (PlasmidFinder, https://cge.food.dtu.dk/services/PlasmidFinder), et 31 facteurs d’uropathogénicité putatifs (PUF) décrits précédemment à l’aide d’un PUFfinder interne (4). Pour identité/requête >Dans 90 % des cas, nous avons considéré le gène PUF comme étant présent.

Entre le 1er janvier 2015 et le 31 décembre 2022, nous avons séquencé 799 cellules productrices de carbapénémase. E. coli en utilisant NGS ; 258 (32 %) portaient un bla_OXA-48 gène, dont 24 étaient ST127. Selon wgMLST, 20 des bla_OXA-48–Les isolats porteurs de ST127 formaient un groupe génétique (figure de l’annexe 1, panneau A) et ont été envoyés au RIVM entre octobre 2015 et décembre 2022 (figure de l’annexe 1, panneau B). La distance allélique dans le groupe était de 3 à 20 et les isolats différaient par 3 à 46 polymorphismes mononucléotidiques du génome central (Annexe 2, Tableau 2). Lorsque nous avons comparé les 20 isolats de clusters avec 603 isolats internationaux E. coli Isolats ST127 (Enterobase, https://enterobase.warwick.ac.uk), ils se sont regroupés en 3 isolats : Irlande (2016), États-Unis (2019) et Espagne (2019) (Annexe 2, Tableau 3). Tous étaient sensibles au méropénem (Comité européen sur les tests de sensibilité aux antimicrobiens, https://www.eucast.org); Les CMI étaient de 0,125 à 0,38 mg/L (5). Tous ont poussé sur gélose OXA-48 mais pas sur gélose carbapénémase (CHROMID OXA-48/CHROMID CARBA; bioMérieux, https://www.biomerieux.com) et produit de la carbapénémase selon la méthode d’inactivation du carbapénème. Le séquençage des nanopores a donné 10/20 assemblages circulaires, révélant une copie chromosomique du mdf(A)- et le bla_OXA-48 gènes. Le bla_OXA-48 Le gène est flanqué de IS1 / tnp-IS1B et inséré dans une région variable d’environ 148 Ko du chromosome (figure de l’annexe 1, panneau C; tableaux 1, 4 de l’annexe 2). Sur les 20 isolats, 18 étaient dépourvus de réplicons plasmidiques.

L’âge médian des 11 hommes et des 9 femmes était de 57 ans (extrêmes 3 à 87) ; les patients vivaient partout aux Pays-Bas (figure de l’annexe 1, panneau D). Les cultures ont été soumises par les médecins généralistes (8/20) et les hôpitaux (12/20). Deux patients ont été récemment hospitalisés au Maroc ; aucun antécédent de voyage n’a été rapporté pour les autres patients, bien que 1 soit né au Maroc et 1 en Turquie.

La plupart des isolats provenaient de l’urine (12/20), suivis d’échantillons par écouvillonnage périnéal/rectal (4/20), de sang (3/20) et de plaies (1/20). Sur les 20 cultures, 12 étaient diagnostiques, 5 étaient de dépistage et 3 avaient un but inconnu. Deux patients présentaient des infections récurrentes des voies urinaires (IVU). Tous les isolats étaient de type O6:H31 et du phylotype de Clermont B2, le phylotype de Clermont le plus commun associé à l’UPEC aux États-Unis et en Europe (4,6). Divers PUF ont été détectés dans les isolats en grappes et associés à l’UPEC (Annexe 2, Tableau 5, Figure de l’Annexe 1, panneau E), y compris les adhésines (par exemple, sfaHen rapport papGII/papGIII), les toxines (par exemple, l’α-hémolysine, le facteur nécrosant cytotoxique 1 et E. coli protéine spécifique uropathogène) (4,7,8). Les isolats en grappes contenaient beaucoup plus (18 en moyenne) de PUF que les autres E. coli isolats issus de la surveillance CPE (isolats non urinaires moyens, 7 ; isolats urinaires, 9 ; OXA-244 précédemment signalé) E. coli Isolats ST38, 8 ; p<0,001 par test U de Mann-Whitney) (Figure de l'Annexe 1, panneau F) (1). Nous avons identifié des déterminants supplémentaires de l’uropathogénicité curli, des fimbriae de type I, des fimbriae S, des flagelles et des gènes de capsule du groupe 2, mais pas des gènes de capsule du groupe 3. Dix-huit isolats ont produit phénotypiquement de l’hémolysine sous forme de β-hémolyse sur gélose au sang (Figure de l’Annexe 1, panneau F), conformément aux analyses génétiques in silico (Figure de l’Annexe 1, panneau E).

Le profil de sensibilité aux antimicrobiens était connu pour 13 isolats dans le Système d’information sur la surveillance des maladies infectieuses – Résistance aux antimicrobiens aux Pays-Bas (https://www.rivm.nl/isis-ar). Tous étaient phénotypiquement résistants aux combinaisons pénicillines/pénicilline (par exemple, amoxicilline/acide clavulanique et pipéracilline/tazobactam) mais sensibles aux médicaments antimicrobiens oraux de premier choix pour les infections urinaires aux Pays-Bas (par exemple, nitrofurantoïne, fosfomycine, ciprofloxacine, sulfaméthoxazole/triméthoprime) (Annexe 1 Figure, panneau E). La prévalence de l’UPEC aux Pays-Bas est très probablement sous-estimée, car les médecins généralistes néerlandais n’envoient généralement des cultures qu’en cas d’échec du traitement avec les médicaments de premier choix. Bien que les infections urinaires ne soient pas contagieuses, E. coli peut se propager et provoquer des épidémies d’infections urinaires (causées par un E. coli souche dans plusieurs communautés), pour laquelle une association avec l’alimentation a été suggérée (9). Une étude néo-zélandaise a décrit une épidémie au cours de laquelle le MLST a identifié 77 virus multirésistants. E. coli isole (dix).

Nous démontrons la diffusion continue de l’UPEC ST127 producteur d’OXA-48 et d’hémolysine du phylotype B2 de Clermont avec 18/31 PUF chez des patients à travers les Pays-Bas sans lien épidémiologique direct. L’origine du cluster est inconnue, mais une propagation internationale est possible. Une résistance et une croissance de faible niveau uniquement sur la gélose OXA-48 suggèrent que l’UPEC productrice de carbapénémase pourrait être manquée et que la taille réelle de ce groupe pourrait être sous-estimée.

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