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Affiliation de l’auteur : Virginia Commonwealth University Health System, Richmond, Virginie, États-Unis
Nocardia pseudobrasiliensis sont des actinomycètes aérobies à Gram positif; taches de N. pseudobrasiliensis sont partiellement acido-résistants (1). Comme avec d’autres Nocardie espèces, N. pseudobrasiliensis peut infecter les patients immunodéprimés et provoquer une maladie disséminée (2). Les facteurs de risque de nocardiose comprennent l’immunosuppression causée par la transplantation d’organes solides ou de cellules hématopoïétiques, la corticothérapie, les maladies pulmonaires chroniques, le diabète, le sida et les tumeurs malignes (3,4). L’infection par d’autres agents pathogènes pendant ou après l’infection par le SRAS-CoV-2 est un événement connu mais relativement rare. La co-infection de nocardiose avec le SRAS-CoV-2 est rarement signalée. Nous décrivons un cas de co-infection par le SRAS-CoV-2 avec des Nocardia pseudobrasiliensis et résumer la littérature sur la nocardiose et la co-infection au COVID-19.
Un homme de 52 ans a consulté le service des urgences du Virginia Commonwealth University Health System (Richmond, Virginie, États-Unis) en juillet 2022 en raison d’un travail respiratoire accru après un test COVID-19 à domicile positif. Les symptômes du patient ont commencé 10 jours avant son admission. Il a déclaré qu’il n’avait pas eu de fièvre, de frissons, de mal de gorge, de douleur abdominale ou de diarrhée. Il a été admis pour la prise en charge de l’hypoxie causée par la pneumonie au COVID-19. Ses antécédents médicaux comprenaient un diabète sucré de type 2 traité par empagliflozine, des bronchectasies et une sarcoïdose multisystémique. Sa sarcoïdose a été diagnostiquée pour la première fois en 2011 par biopsie pulmonaire et avait progressé vers une sarcoïdose pulmonaire de stade IV en 2019. Un défibrillateur automatique implantable a été placé en 2019 pour traiter la sarcoïdose cardiaque. Pour sa sarcoïdose, le patient a reçu de l’hydroxychloroquine orale (200 mg 2×/j) et de l’infliximab intraveineux (IV) (800 mg toutes les 8 semaines). C’était un ancien fumeur qui avait arrêté 30 ans plus tôt ; il avait un emploi comme préposé à l’entretien des appartements.
Au moment de son admission, le patient était hémodynamiquement stable et apyrétique. Les résultats pertinents de l’examen physique comprenaient une augmentation du travail respiratoire et une respiration sifflante. L’examen cardiaque et pulmonaire était par ailleurs sans particularité. La radiographie thoracique a montré des signes liés à la sarcoïdose sans maladie cardio-pulmonaire aiguë. Le premier jour d’hospitalisation, il a commencé un traitement COVID-19 avec du remdesivir intraveineux (200 mg/j) et de la dexaméthasone (6 mg/j). Cependant, son hypoxie a progressé; au jour 2 de l’hospitalisation, il avait besoin de 5 L/min d’oxygène délivré par masque facial. Le remdesivir a été arrêté en raison d’effets secondaires gastro-intestinaux. Les tests de laboratoire ont révélé un nombre de leucocytes de 10,1 × 109 cellules/L, une concentration de protéine C-réactive de 15,0 mg/dL et un test PCR COVID-19 positif.
Comme l’hypoxie du patient continuait de s’aggraver, nous avons obtenu une tomodensitométrie thoracique sans produit de contraste IV le 5e jour d’hospitalisation. L’imagerie a révélé des opacités consolidantes progressives bilatérales, plus prononcées dans les bases pulmonaires sans aspect de verre dépoli (Figure 1, panneau B). Nous avons obtenu des cultures d’expectorations et mis le patient sous pipéracilline/tazobactam intraveineux (3,375 g toutes les 6 h) pour traiter une suspicion de pneumonie bactérienne.
Au jour 7 de l’hôpital, la coloration de Gram des expectorations a révélé des bâtonnets gram-positifs perlés concernant pour Nocardie spp. (Figure 2, panneau A). Les traitements antimicrobiens du patient ont été transférés au triméthoprime/sulfaméthoxazole intraveineux (TMP/SMX) (5 mg/kg toutes les 8 h) et à l’imipénem (500 mg toutes les 6 h) en attendant la confirmation de la suspicion Nocardie spp. Malgré la bithérapie, l’hypoxie du patient persiste ; un scanner thoracique répété sans produit de contraste IV le 12e jour d’hospitalisation a montré la progression d’une opacité nodulaire consolidante dans la base du poumon gauche (Figure 1, panneau C). Comme le patient ne répondait pas au traitement, nous avons ajouté du linézolide oral (600 mg toutes les 12 h) à son traitement antimicrobien.
Après l’initiation du linézolide avec la poursuite du traitement par l’imipénème et le TMP/SMX, le patient a montré une amélioration progressive ; son hypoxie a finalement disparu. Au 16e jour d’hospitalisation, l’identification des espèces par spectrométrie de masse à temps de vol à désorption/ionisation laser assistée par matrice a été confirmée N. pseudobrasiliensis. Colonies de la Nocardie la plaque de culture avait l’aspect blanc crayeux caractéristique et la pigmentation orange (Figure 2, panneau B). Le profil de sensibilité (réalisé à l’aide d’une dilution en bouillon par LabCorp) a démontré une résistance à l’imipénème (tableau 1). Étant donné que la résistance à l’imipénem et l’hyperkaliémie étaient probablement causées par le TMP/SMX, le patient est sorti de l’hôpital le jour 20 sous linézolide (600 mg 2×/j) et ciprofloxacine (500 mg 2×/j) avec l’intention de poursuivre la bithérapie pendant >6 semaines après la sortie. Il convient de noter qu’une image par résonance magnétique du cerveau avec contraste, que nous avons réalisée avant la sortie, n’a pas montré de lésions annulaires ni de signes de nocardiose du système nerveux central. Lors de la visite de suivi de 2 semaines, l’essoufflement du patient s’est amélioré et il n’avait plus besoin d’oxygène supplémentaire au repos mais avait besoin d’oxygène supplémentaire par intermittence à l’effort. L’imagerie à 28 jours après la sortie a montré une amélioration des nodules pulmonaires (Figure 1, panneau D). Après un mois de traitement ambulatoire, les symptômes du patient ont continué à s’améliorer, mais il a connu une interruption de traitement pendant 2 semaines en raison de contraintes financières, après quoi le linézolide a été remplacé par le TMP/SMX (2 comprimés double dose de 160 mg de TMP et 800 SMX toutes les 8 h) et ciprofloxacine orale (500 mg 2×/j). Après discussion avec le patient, nous avons décidé de poursuivre la bithérapie antimicrobienne en raison de son besoin de continuer à prendre des glucocorticoïdes pour sa sarcoïdose. Lors du suivi 4 mois après sa sortie, le patient a signalé une dyspnée uniquement avec un effort intense et aucun effet secondaire médicamenteux. Il subirait une imagerie répétée de la poitrine avec des plans pour passer à la monothérapie TMP/SMX si l’imagerie montre une amélioration significative des nodules pulmonaires.
Ce patient avait déjà eu une infection au COVID-19 et plusieurs autres facteurs de risque de nocardiose pulmonaire, notamment le diabète sucré, la bronchectasie et l’immunosuppression causée par le traitement de la sarcoïdose. À ce jour, 10 cas de nocardiose pendant ou peu après l’infection au COVID-19 ont été signalés (tableau 2). Tous les patients avaient des facteurs de risque qui les prédisposaient à une infection par Nocardie spp. (2–4). La plupart des patients ont présenté une nocardiose 5 à 50 jours après leur diagnostic de SRAS-CoV-2 ; le délai moyen d’identification de la co-infection était de 17 jours. Un patient immunodéprimé a présenté une nocardiose cérébrale 200 jours après son diagnostic initial de COVID-19, mais avait été constamment testé positif par PCR de transcription inverse pour le SRAS-CoV-2 pendant cette période. Il est à noter que tous les patients ont reçu des glucocorticoïdes lors de leurs hospitalisations.
La nocardiose pulmonaire était le site d’infection le plus fréquent, survenant chez 7 patients. Une nocardiose du système nerveux central est survenue chez 4 patients. Cinq espèces différentes de Nocardie ont été identifiés, mais N. farcinica était l’espèce la plus fréquemment isolée. Cette hétérogénéité explique probablement pourquoi chaque patient a finalement obtenu son congé avec un régime antimicrobien différent (tableau 2); Nocardie les espèces ont des susceptibilités uniques (2,3,14). L’amélioration clinique retardée de notre patient jusqu’à l’ajout de linézolide souligne l’importance clinique de Nocardie identification et sensibilité des espèces. La ciprofloxacine, la clarithromycine et le linézolide sont généralement efficaces contre N. pseudobrasiliensistandis que la sensibilité au TMP/SMX varie selon les cas (tableau 1).
Le risque global de co-infection toutes causes confondues chez les patients atteints de COVID-19 semble être faible. Une étude de cohorte de Garcia-Vidal et al. (15) a analysé 989 patients admis à l’hôpital avec COVID-19 et a constaté que seuls 31 patients avaient une co-infection contractée dans la communauté au moment du diagnostic de COVID-19 ; 25/31 patients avaient des co-infections bactériennes. Garcia Vidal et al. ont également observé 51 cas au total de co-infections nosocomiales diagnostiquées chez 43 patients ; 44/51 cas étaient des co-infections bactériennes. Cependant, en se concentrant sur les patients COVID-19 nécessitant une ventilation mécanique invasive, l’incidence de la co-infection semble être plus élevée. Sovik et al. (16) a examiné 156 patients qui avaient besoin d’une ventilation mécanique alors qu’ils étaient infectés par le COVID-19 et a évalué ces patients pour une co-infection. Au total, 67 patients ont présenté 90 co-infections, dont 78 % concernaient les voies respiratoires inférieures ; Non Nocardie spp. des infections ont été signalées. La co-infection était fortement associée à l’utilisation de dexaméthasone, à une maladie auto-immune sous-jacente et à la durée du séjour en soins intensifs (16). Malgré ces résultats, il était peu probable que la ventilation mécanique soit un facteur prédisposant indépendant à la nocardiose pulmonaire ; 1 patient a nécessité une ventilation mécanique pendant son hospitalisation.
Des études épidémiologiques analytiques sont nécessaires pour évaluer si l’infection par le SRAS-CoV-2 est un facteur de risque indépendant de nocardiose. Cependant, les mécanismes mécaniques et immunitaires après l’infection au COVID-19 peuvent jouer un rôle dans Nocardie spp. co-infection. Paget et Trottein (17) a récemment décrit comment l’infection par le virus de la grippe peut causer des dommages directs ou indirects à la barrière respiratoire, créant des conditions propices à la fixation et à la translocation bactériennes, et entraînant un dysfonctionnement des macrophages, des neutrophiles et des cellules tueuses naturelles, ce qui entraîne un mauvais contrôle bactérien. L’infection au COVID-19 pourrait favoriser les co-infections par des agents pathogènes opportunistes tels que Nocardie spp. bien que ces mécanismes soient peu étudiés. Parce que la nocardiose est rarement transmise dans le cadre nosocomial (4), les patients identifiés dans cette série ont probablement été colonisés par Nocardie spp. avant l’admission ; tous les patients avaient des facteurs qui les rendaient immunodéprimés et ont reçu des stéroïdes avant de recevoir leur Nocardie diagnostic (tableau 2). Il est possible qu’une infection au COVID-19 et la corticothérapie utilisée pour la traiter déclenchent en synergie Nocardie spp. co-infection chez les patients qui sont déjà chroniquement immunodéprimés en raison de la combinaison d’une immunosuppression supplémentaire et d’affections parenchymateuses permissives. Bien qu’une relation synergique entre le COVID-19 et l’utilisation de glucocorticoïdes soit plausible, les données de cette étude sont observationnelles ; des études analytiques clarifieraient davantage l’association.
En résumé, Nocardie les bactéries peuvent être une cause de co-infection chez les patients atteints de pneumonie COVID-19 qui peut se présenter comme une détérioration respiratoire supplémentaire. Cependant, Nocardie spp. n’a pas été signalé dans les revues comme cause de co-infection chez les patients atteints de pneumonie à la COVID-19 (16,18,19). Les patients immunodéprimés, tels que ceux sous corticothérapie, ceux qui ont reçu une greffe d’organe solide ou de cellules hématopoïétiques et ceux qui sont positifs pour le VIH, sont plus à risque de nocardiose. Les cliniciens doivent inclure la nocardiose dans le diagnostic différentiel des patients immunodéprimés atteints de pneumonie sévère et évaluer la maladie disséminée et l’atteinte du système nerveux central, en particulier dans le contexte d’une utilisation puissante de stéroïdes pour traiter les patients immunodéprimés atteints de COVID-19. Les combinaisons sulfamide-carbapénème sont utilisées comme traitement empirique de la nocardiose, mais l’identification des espèces et les tests de sensibilité sont nécessaires pour sélectionner le traitement optimal.
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