L’utilisation inappropriée d’antibiotiques dans les pays à revenu faible ou intermédiaire perturbe la santé intestinale des nourrissons et alimente la résistance aux antimicrobiens

Les enfants des pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI) reçoivent souvent des antibiotiques inappropriés, un facteur clé de la résistance aux antimicrobiens (RAM).

Les infections par des agents pathogènes porteurs de RAM pèsent de manière disproportionnée sur les jeunes enfants et sont plus difficiles et plus coûteuses à traiter. De plus, l’impact des gènes AMR sur le microbiome et leur sélection, persistance et propagation horizontale restent mal compris.

Dans une étude récente publiée dans PLO Médecineles chercheurs examinent les preuves disponibles sur l’impact des antibiotiques sur le microbiome intestinal du nourrisson.

Étude: Impact des antibiotiques sur la composition et le résistome du microbiome intestinal au cours des premières années de la vie dans les pays à revenu faible à intermédiaire : une revue systématique. Crédit d’image : Lifebrary / Shutterstock.com

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont passé en revue les essais contrôlés randomisés (ECR), les essais cliniques et les études de cohorte examinant l’utilisation d’antibiotiques chez les nourrissons de moins de deux ans des PRFM. Ces études comprenaient également des données sur le microbiome intestinal et la composition du résistome de ces nourrissons après un traitement antibiotique.

Cinq bases de données électroniques, dont MEDLINE EMBASE, SCOPUS, WHO Global Index Medicus et SciELO, ont été utilisées pour l’analyse. Deux évaluateurs indépendants ont examiné les études, d’abord par titre et résumé, puis par texte intégral. Un troisième évaluateur a résolu les différences dans les études sélectionnées.

Les études ont principalement utilisé l’acide ribonucléique ribosomal (ARNr) ou la métagénomique pour évaluer les différences dans la composition et la diversité médianes du microbiome après l’utilisation d’antibiotiques dans les groupes de test de l’étude par rapport au groupe témoin. Les données sur la diversité alpha et bêta, la composition du résistome et l’abondance relative des gènes spécifiques aux antibiotiques provenant des études ont également été examinées.

La diversité alpha mesure la richesse en espèces à différentes échelles taxonomiques, telles que les unités taxonomiques opérationnelles (OTU), quelles que soient les fréquences. De même, les indices de Shannon et Simpson mesurent la régularité et la richesse des espèces, la richesse des espèces étant plus sensible à la régularité des espèces.

La méthode de Bray-Curtis a calculé les matrices de dissemblance entre les groupes de contrôle et de traitement dans l’évaluation de la composition du résistome après avoir comparé l’abondance totale des gènes de résistance au départ et après un traitement antibiotique.

L’utilisation d’antibiotiques chez les nourrissons modifie la diversité du microbiome et l’expression des gènes résistants

Au total, 4 369 articles ont été extraits des bases de données. Après suppression des doublons, 2 748 articles uniques répondaient aux critères de sélection.

Après sélection, 10 ECR répondaient aux critères d’éligibilité. Ces études ont ensuite été évaluées pour le risque de biais à l’aide de l’outil de risque de biais Cochrane.

Aucune des études des PRITI n’a évalué les antibiotiques fréquemment utilisés pour traiter les enfants, tels que la clindamycine et le métronidazole. Au contraire, la plupart des études portaient sur l’azithromycine (AZI), car cet antibiotique réduit la mortalité infantile grâce à une administration de masse prophylactique. D’autres antibiotiques qui ont été évalués dans les études examinées comprenaient le cotrimoxazole (CTX) et l’amoxicilline (AMX).

La classe d’antibiotiques et leur durée d’administration ont eu un impact sur la diversité et la composition du microbiome, ainsi que sur les gènes résistants à la RAM, chez les nourrissons. Des cures courtes d’AZI ont immédiatement réduit la diversité du microbiote, avec des réductions persistantes de la richesse du microbiote jusqu’à six mois après l’utilisation d’antibiotiques.

De même, l’utilisation à court terme du CTX a diminué les indices de diversité alpha, tandis que son utilisation chronique a augmenté la diversité alpha au fil du temps. Ces résultats liés à l’utilisation d’AZI et de CTX concordent avec les données expérimentales précédemment rapportées obtenues auprès d’adultes.

Le traitement AZI a constamment augmenté les niveaux persistants de résistance aux macrolides jusqu’à six mois après l’utilisation. Comparativement, l’utilisation semestrielle à long terme d’AZI a augmenté les principaux déterminants de la résistance aux antibiotiques non macrolides. Le CTX a augmenté la diversité des gènes de résistance globale et les principaux déterminants de la résistance au sulfamide et au triméthoprime.

conclusion

Le microbiome intestinal joue un rôle crucial dans divers aspects de la santé, notamment la maturation du système immunitaire, la régulation et le métabolisme de l’hôte, en particulier pendant la petite enfance. Toutes les études incluses dans l’analyse actuelle ont révélé que l’utilisation d’antibiotiques contribuait de manière significative aux augmentations spécifiques à la classe d’antibiotiques des déterminants du gène de la RAM.

La perte de diversité des espèces chez les nourrissons traités avec des antibiotiques est en corrélation avec une immunité altérée contre les agents pathogènes exogènes. Le traitement antibiotique pendant la petite enfance a également réduit les résultats nutritionnels et de croissance chez ces nourrissons.

Il n’est pas rare que les enfants résidant dans les PRFM se voient prescrire des antibiotiques appropriés et inappropriés plusieurs fois au cours de leur vie. Ainsi, les études évaluées dans cette revue sont probablement une sous-estimation grossière de l’impact de l’utilisation d’antibiotiques tout au long de l’enfance.

Ces résultats indiquent le besoin immédiat de davantage de recherches pour comprendre comment les antibiotiques affectent la diversité du microbiome au niveau fonctionnel, la résistance phénotypique chez les entéropathogènes et le risque de maladie chez les nourrissons dans les PRFM. Ces futures études pourraient éclairer les pratiques de prescription d’antibiotiques et les politiques de santé concernant les agents pathogènes RAM par les cliniciens, ainsi que l’administration d’antibiotiques pour le grand public.