L’utilisation d’oligonucléotides dans les génomes de coronavirus imite celle des régions d’exons dans les génomes hôtes

Arrière-plan:

Les virus utilisent divers facteurs hôtes pour leur croissance, et une croissance efficace nécessite une utilisation efficace de ces facteurs. Notre étude précédente a révélé que la fréquence d’occurrence des oligonucléotides dans le génome du virus de la grippe est nettement différente parmi les hôtes dérivés, et la fréquence a tendance à s’adapter aux cellules hôtes dans lesquelles ils se développent. Notre objectif était d’étudier les mécanismes d’adaptation d’un virus zoonotique à des cellules hôtes.

Méthodes :

Ici, nous avons comparé la fréquence des oligonucléotides dans le génome des alpha- et bétacoronavirus avec celle des génomes des humains et des chauves-souris, qui sont des hôtes typiques des virus.

Résultats:

En comparant la fréquence des oligonucléotides dans les coronavirus et leurs génomes hôtes, nous avons trouvé une corrélation positive testée statistiquement entre la fréquence des coronavirus et celle des régions d’exons de l’hôte dont le virus est dérivé. Pour examiner les caractéristiques des changements à un stade précoce du génome viral, qui sont supposés accompagner le changement d’hôte des non-humains aux humains, nous avons comparé la fréquence des oligonucléotides entre le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) au début de la pandémie et les variantes prévalentes par la suite, et ont trouvé des changements dans la fréquence des régions d’exons de l’hôte.

Conclusion :

Dans les alpha- et bêtacoronavirus, on pense que la fréquence des oligonucléotides du génome change en réponse à l’environnement cellulaire dans lequel le virus se réplique, et en fait la fréquence s’est approchée de la fréquence dans les régions d’exon de l’hôte.