L’étude propose une analyse complète des altérations bactériennes et fongiques du COVID-19

La pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) a été causée par l’épidémie de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). À ce jour, le COVID-19 a fait près de sept millions de morts dans le monde.

En raison de la mortalité élevée, les scientifiques ont étudié de manière approfondie divers aspects du SRAS-CoV-2, y compris la réponse de l’organisme contre ce virus, ainsi que la possibilité de co-infections ou d’infections secondaires. L’approche clinique optimale a également été explorée pour réduire le taux de mortalité et protéger davantage de personnes contre la contraction de la COVID-19.

Étude: Analyse du microbiome pulmonaire chez les patients COVID-19 pendant le temps d’hospitalisation. Crédit d’image : lumière cristalline / Shutterstock.com

Arrière-plan

Le site d’infection primaire du SRAS-CoV-2 est les voies respiratoires humaines. Les résultats cliniques dans les maladies respiratoires chroniques sont considérablement affectés en raison des interactions entre le microbiote respiratoire humain et le système immunitaire de l’hôte.

Plusieurs études ont indiqué une altération du microbiote respiratoire après des infections respiratoires virales qui modifie potentiellement la réponse immunitaire innée de l’hôte, facilitant ainsi les co-infections et les surinfections. Le microbiome respiratoire impacte également la colonisation et la prolifération des pathogènes.

L’infection par le SRAS-CoV-2 favorise la dysbiose microbienne en modifiant le microenvironnement nasal, oropharyngé et pulmonaire. Cette dysbiose microbienne favorise la co-infection ou infection secondaire, ce qui entraîne une morbidité et une mortalité plus élevées chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2. Pour concevoir de meilleures approches pharmaceutiques et de meilleurs diagnostics, il est important de comprendre le lien entre le microbiote respiratoire et la pathogenèse du COVID-19.

Il reste un manque d’études liées au microbiome pulmonaire en raison des limites des techniques d’échantillonnage et des difficultés d’évaluation des voies respiratoires inférieures. Bien que certaines études à petite échelle aient évalué la composition bactérienne dans les poumons des patients atteints de COVID-19, la présence d’autres microbes comme les champignons, qui peuvent également affecter les poumons, n’a pas été discutée. Ainsi, il reste un besoin d’explorer la prévalence bactérienne et fongique dans les poumons des patients COVID-19.

À propos de l’étude

Une récente Agents pathogènes L’étude a utilisé le séquençage des nanopores pour déterminer le microbiote fongique et bactérien dans les poumons des patients COVID-19 et non COVID-19.

Des échantillons de liquide de lavage bronchoalvéolaire (BALF) et d’expectorations ont été prélevés sur trente-huit patients hospitalisés en raison de la COVID-19 et vingt-six patients atteints de pneumonie non COVID-19. Tous les patients ont été traités à l’hôpital Zhongnan de l’Université de Wuhan, en Chine, entre le 1er février 2020 et le 15 août 2020

Par la suite, l’ADN microbien a été extrait des échantillons et soumis à un séquençage ciblé sur les nanopores selon une procédure standardisée.

Résultats de l’étude

Les deux groupes d’étude comprenaient des participants identiques en ce qui concerne leur âge moyen et leur proportion de sexe. Plus de 75% des patients présents dans les deux groupes avaient des comorbidités telles que le diabète, la coronaropathie, l’hypertension, les maladies infectieuses chroniques et les maladies pulmonaires chroniques.

Les patients hospitalisés en raison d’une infection par le SRAS-CoV-2 avaient besoin d’une plus grande assistance en oxygène, d’une ventilation invasive et d’une ventilation non invasive par rapport aux patients non COVID-19. Les deux groupes d’étude ont été soumis à un traitement antibiotique; cependant, les traitements antiviraux et antifongiques étaient plus couramment prescrits aux patients COVID-19. Au total, 12 patients COVID-19 et six patients non COVID-19 sont décédés pendant l’hospitalisation.

Conformément aux études précédentes, les résultats de laboratoire de la présente étude ont indiqué que les patients atteints de COVID-19 présentaient une réduction significative du nombre de lymphocytes et des taux d’hémoglobine, ainsi qu’une augmentation des taux sériques d’amyloïde A (AAS) et du rapport neutrophiles/globules blancs.

Une réduction significative de la diversité microbienne et une dysbiose microbienne sévère ont été observées chez les patients COVID-19. Notamment, la distribution bactérienne et fongique chez les patients COVID-19 différait considérablement de celle des patients non COVID-19.

Une plus grande abondance d’agents pathogènes opportunistes a été identifiée chez les patients COVID-19, ce qui a perturbé l’écologie pulmonaire. Ces agents pathogènes pourraient favoriser les co-infections ou les infections secondaires et influencer la gravité de la maladie.

Le séquençage métagénomique a révélé que, par rapport aux patients non COVID-19, Acinetobacter baumannii était présent en abondance significativement plus élevée chez la plupart des patients COVID-19. Des études antérieures ont indiqué que les patients infectés par ce pathogène sont sensibles au COVID-19 sévère.

Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre le mécanisme sous-jacent par lequel Acinétobactérie prolifère dans le poumon COVID-19. Cette découverte pourrait être utilisée pour développer des thérapies efficaces ciblant cette interaction bactérie-virus afin d’améliorer les résultats cliniques.

Une abondance de Candidose spp., en particulier Candida glabre, parapsilose à Candida, et Candida albicans, a également été observé dans les poumons des patients COVID-19. De plus, de nombreux taxons bactériens trouvés dans les poumons des patients atteints de COVID-19 présentaient des corrélations solides avec des indicateurs d’inflammation.

conclusion

L’infection par le SRAS-CoV-2 pourrait être grave voire mortelle dans certaines populations, telles que les personnes âgées, les personnes souffrant de problèmes de santé sous-jacents et celles dont le système immunitaire est affaibli.

Une différence significative dans le microbiome pulmonaire a été observée entre les témoins COVID-19 et non-COVID-19 dans cette étude. Plus précisément, les patients COVID-19 présentaient une plus grande abondance d’agents pathogènes opportunistes, en particulier Acinetobacter baumannii et Candidose spp. Notamment, certains agents pathogènes présents dans les poumons des patients COVID-19 ont influencé les altérations de certains indicateurs d’inflammation.