L’épidémiologie basée sur les eaux usées (WBE) s’est avérée être un excellent moyen de comprendre la propagation du SRAS-CoV-2 dans les communautés. Il est maintenant utilisé dans plusieurs régions du monde pour suivre la prévalence du virus, servant de proxy pour déterminer le statut du COVID-19. Il est particulièrement important que WBE puisse être utilisé pour estimer la prévalence de COVID-19, y compris les cas asymptomatiques. Cependant, l’un des principaux inconvénients de WBE pour le SRAS-CoV-2 est que la méthode traditionnelle n’était pas très sensible et que de faibles charges virales ne pouvaient pas être détectées de manière fiable.
Une équipe de scientifiques de l’Université d’Hokkaido et de Shionogi & Co, Ltd., a développé une méthode simple, rapide et très sensible pour la détection du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. La méthode, EPISENS-S, qui ne nécessite pas de matériel spécialisé, a été décrite dans la revue Science de l’environnement total.
Pendant la pandémie de COVID-19, le Japon a enregistré le plus faible nombre de cas par habitant. Ainsi, les charges virales dans les eaux usées ont également été plus faibles et beaucoup plus difficiles à évaluer à l’aide des méthodes WBE établies ; en raison de leur faible sensibilité. Les travaux antérieurs de l’équipe de recherche ont montré que le virus SARS-CoV-2 était associé à des solides dans les eaux usées, ils se sont donc concentrés sur le développement d’une méthode pour analyser la phase solide des eaux usées.
La méthode qu’ils ont développée, EPISENS-S, consiste à centrifuger les échantillons d’eaux usées collectés pour séparer tous les solides des échantillons. Les solides ont ensuite été traités avec un kit disponible dans le commerce pour extraire tout l’ARN ; l’ARN a ensuite été rétrotranscrit et amplifié pour obtenir une quantité substantielle de copies d’ADN. Un ensemble séparé d’échantillons a été soumis à un traitement avec du polyéthylène glycol suivi d’une extraction d’ARN et d’une transcription inverse pour synthétiser l’ADN : la méthode qui est actuellement largement mise en œuvre au Japon. L’ADN obtenu à partir de chacune de ces méthodes a été soumis à une PCR quantitative (qPCR).
L’équipe a découvert que la méthode EPISENS-S est environ 100 fois plus sensible que la méthode au polyéthylène glycol. Ils ont utilisé EPISENS-S pour effectuer une analyse à long terme des eaux usées de deux usines de traitement des eaux usées de la ville de Sapporo et ont constaté qu’il y avait une forte corrélation entre les changements de concentrations d’ARN dans les échantillons collectés et les changements dans le nombre de cas signalés dans le ville. EPISENS-S peut également détecter et quantifier le Pepper mild mottle virus (PMMoV), qui est associé aux matières fécales et est utilisé comme contrôle interne.
EPISENS-S permet de suivre les cas de COVID-19 asymptomatiques, ainsi que ceux qui n’ont pas été cliniquement confirmés. De plus, il a un grand potentiel pour continuer à suivre la prévalence du SRAS-CoV-2 à mesure que les taux de vaccination augmentent. Enfin, EPISENS-S pourrait également être adapté pour suivre d’autres maladies virales avec un nombre d’infections et une charge virale faibles.
La source:
Référence de la revue :
Ando, H., et coll. (2022) Le système d’identification de virus efficace et pratique avec une sensibilité accrue pour les solides (EPISENS-S) : une méthode de détection rapide et rentable de l’ARN du SRAS-CoV-2 pour la surveillance de routine des eaux usées. Science de l’environnement total. doi.org/10.1016/j.scitotenv.2022.157101.
