Les chercheurs dévoilent une base de données complète des signatures microbiennes publiées

Une nouvelle étude publiée par des chercheurs de l’Institut CUNY pour la science de mise en œuvre dans la santé des populations (ISPH) à CUNY SPH et ses collègues présente BugSigDB, une base de données modifiable par la communauté de signatures microbiennes sélectionnées manuellement à partir d’études publiées.

Le document intitulé “BugSigDB capture les modèles d’abondance différentielle dans un large éventail de signatures microbiennes associées à l’hôte” est disponible dans Biotechnologie naturelleet le wiki public est disponible sur https://bugsigdb.org.

La base de données enregistre les méthodes et les résultats essentiels pour permettre une analyse à haut débit de la similarité des signatures microbiennes identifiées par des études indépendantes, de la co-occurrence et de la co-exclusion de microbes individuels et des signatures consensuelles conservées dans plusieurs études sur des résultats et des expositions similaires en matière de santé. Il permet d’évaluer l’abondance différentielle du microbiome au sein et entre des conditions expérimentales, des environnements ou des sites corporels.

Le premier auteur, Ludwig Geistlinger, a lancé le projet en tant qu’étudiant postdoctoral à CUNY SPH. Il est maintenant directeur associé de la biologie computationnelle au Center for Computational Biomedicine de la Harvard Medical School.

“BugSigDB est la première collection complète de signatures microbiennes publiées qui peuvent être utilisées pour comparer l’abondance microbienne différentielle associée à l’hôte dans le cadre d’études indépendantes,” dit le Dr. Geistlinger. “Cela nous a aidé à découvrir des modèles reproductibles d’abondance microbienne différentielle au sein et entre les résultats de santé que nous ne pouvions pas remarquer en lisant simplement la littérature publiée sans la normaliser.”

“Avoir l’opportunité de travailler avec et d’encadrer les stagiaires de BugSigDB, dont beaucoup étaient des étudiants de CUNY SPH, a été vraiment incroyable,” » déclare Chloe Mirzayi, récente diplômée du doctorat CUNY SPH, deuxième auteur de l’étude. “Depuis le début du projet, j’ai pu voir ces étudiants brillants et motivés contribuer à BugSigDB et grandir en tant que chercheurs en développant des compétences en lecture critique de la littérature, en interprétation des résultats d’études et en analyse de données secondaires.”

“C’est le projet le plus important que j’ai jamais entrepris,” déclare le professeur Levi Waldron, l’auteur principal de l’étude. “C’est le produit de quatre années de travail de près de 60 étudiants conservateurs qui ont saisi près de 3 000 signatures microbiennes provenant de 750 études et soutenus par plusieurs développeurs de logiciels, étudiants et collaborateurs de CUNY qui ont aidé à gérer des équipes de conservateurs pour développer de nouvelles méthodes pour apprendre de ce nouveau type de base de données.

“BugSigDB est alimenté par la même technologie que Wikipédia, mon prochain objectif est donc de recruter davantage d’éditeurs et de faire en sorte qu’elle devienne une base de données vivante maintenue par l’ensemble de la communauté de recherche sur le microbiome.”