Les chercheurs décodent l’émergence de variantes dangereuses de Covid | Mode de vie Santé

Moscou : Une équipe de chercheurs russes a découvert les mécanismes à l’origine de l’émergence de nouvelles et dangereuses variantes de coronavirus, telles que Alpha, Delta, Omicron et autres.

L’équipe, dirigée par ceux de la National Research University Higher School of Economics (HSE), a découvert que la probabilité qu’une substitution se produise sur un site spécifique du génome du SRAS-CoV-2 dépend des substitutions concordantes se produisant sur d’autres sites.

Cela explique pourquoi de nouvelles variantes plus contagieuses du virus peuvent émerger de manière inattendue et différer considérablement de celles qui circulaient auparavant, ont-ils écrit dans l’article publié dans la revue eLife.

Tous les virus, y compris le virus SARS-CoV-2 responsable de la pandémie de coronavirus, évoluent avec le temps. Plus un virus circule longtemps au sein de la population et plus il infecte d’individus, plus il accumule de changements (mutations). En règle générale, les nouvelles souches d’un virus sont similaires à leurs souches parentales.

Cependant, dans certains cas, les mutations peuvent entraîner des variants mieux adaptés à l’environnement et présenter un risque plus élevé pour la santé humaine. Ces variantes ont tendance à se propager plus rapidement, peuvent ne pas répondre aux vaccins ou aux traitements existants et peuvent être plus difficiles à diagnostiquer.

“L’évolution d’un virus au sein d’une population peut être comparée à un voyage à travers un vaste terrain avec des ravins, des vallées et des collines. Le virus erre au hasard dans ce paysage, mourant rapidement s’il tombe dans une cavité, survivant plus longtemps dans les vallées, et s’épanouir en période de pointe », a déclaré Alexey Neverov, du Laboratoire international HSE de génomique statistique et computationnelle.

Pour l’étude, l’équipe a analysé plus de trois millions de séquences génomiques de différentes souches de SRAS-CoV-2. Ils ont identifié des sites particuliers sur la protéine de surface du coronavirus où des substitutions d’acides aminés se sont produites, différenciant les variantes à la fois de la souche originale de Wuhan et les unes des autres.

Beaucoup de ces sites semblaient évoluer de manière concordante, de sorte que les changements d’acides aminés sur un site étaient rapidement suivis de changements sur un autre site. Toutes les variantes actives et dangereuses du virus se distinguaient des variantes précédemment répandues par des schémas de substitutions multiples.

« Les personnes atteintes de Covid-19 à long terme peuvent potentiellement héberger une accumulation de variantes mal adaptées à la survie dans la population générale. Cependant, avec le temps, ces variantes peuvent évoluer vers des formes plus fortes qui ont le potentiel de se propager largement et de conquérir le monde. “, a expliqué Neverov.

L’équipe suggère une explication quant à la raison pour laquelle les variantes intermédiaires qui diffèrent du virus d’origine par seulement une ou deux substitutions peuvent ne pas être visibles. Il est possible que ces variantes «faibles» ne deviennent «fortes» que lorsqu’elles rassemblent l’ensemble du schéma de substitutions individuellement délétères. En conséquence, prédire l’émergence d’une nouvelle souche hautement adaptative est difficile, ont déclaré les chercheurs.

La méthode statistique employée par les auteurs de l’étude est polyvalente et peut être utilisée pour étudier l’évolution de nombreux autres agents pathogènes. En particulier, cette approche a été appliquée avec succès à l’étude de l’évolution de la grippe et de la tuberculose.