Les antibiotiques exercent un effet durable sur le microbiome intestinal

Une métagénomique étude des effets de l’azithromycine et de l’amoxicilline sur le microbiome intestinal ont révélé une altération soutenue des communautés microbiennes et une augmentation des gènes de résistance putatifs, et suggèrent un effet d’entraînement sur le microbiome des colocataires non traités.

“Le fait que certaines des bactéries les plus abondantes dans l’intestin soient affectées en réponse à ces antibiotiques suggère que les effets de ces antibiotiques sur la santé du microbiome intestinal peuvent être substantiels et durables”, a fait remarquer l’auteure principale de l’étude, Jessica Chopyk, PhD, Département de pathologie. , Université de Californie à San Diego, San Diego, Californie, et ses collègues.

Les enquêteurs ont recruté 56 participants, comprenant 24 paires de colocataires et 8 personnes de différents ménages séparés. Les participants ont reçu soit de l’amoxicilline, soit de l’azithromycine, soit un placebo (vitamine C) une fois par jour pendant 3 ou 7 jours. Des échantillons fécaux ont été prélevés aux jours 0, 3, 7, semaine 8 et à 6 mois. Au total, 282 échantillons ont été séquencés.

Les genres bactériens les plus abondants chez tous les participants inclus Bactériodes, Bifidobactérie, Ruminocoque, Eubactérie, Prévotelle, Faecalibactérieet mouillé. Les participants traités à l’azithromyine ont démontré des quantités significativement réduites de Bifidobactéries par rapport à ceux recevant du placbo ; et ceux-ci étaient significativement plus faibles au jour 7 et à la semaine 8 que chez ceux recevant de l’amoxicilline. Ceux recevant de l’amoxicilline ont démontré une abondance relative significativement plus élevée de Bactérioïdes après 3 jours de traitement que les témoins non domestiques.

Un effet d’entraînement possible a été observé chez les colocataires non traités de ceux recevant de l’azithromycine pendant 3 ou 7 jours, car ils présentaient également une abondance relative statistiquement significativement plus faible de Bifidobactérie à la semaine 8.

“Compte tenu de l’association de l’écurie Bifidobactérie populations ayant une meilleure santé intestinale, ces résultats pourraient avoir des implications importantes sur la santé intestinale de plus que la seule personne recevant un traitement antibiotique », ont suggéré Chopyk et ses collègues.

Les chercheurs ont évalué la présence de gènes qui ont été associés à la résistance aux antibiotiques (à plus de 81 classes de médicaments) dans les échantillons prélevés avant, pendant et après l’exposition à l’amoxicilline ou à l’azithromycine. Ils ont identifié une moyenne de 2 % ou plus d’augmentations dans une gamme de gènes de résistance aux antibiotiques.

Ceux recevant de l’azithromycine présentaient une abondance significativement plus élevée de gènes associés à la résistance aux macrolides, au lincosamide et à la strétogramine par rapport aux témoins non domestiques aux jours 7, semaine 8 et mois 6. En revanche, l’exposition à l’azithromycine était associée à une réduction des gènes liés à la résistance à glycopeptides à la semaine 8 et dans les gènes résistants aux peptides au jour 7 et au mois 6. Cependant, il n’y a pas eu d’effets de « débordement » sur les quantités de gènes putatifs de résistance aux antibiotiques, que ce soit chez les témoins placebo domestiques ou non domestiques.

Les chercheurs ont également évalué le changement dans la composition de la communauté des phages en réponse à l’exposition aux antibiotiques. Ils ne signalent aucune corrélation significative entre l’abondance des trois principales familles de Caudovirales et la durée d’utilisation des antibiotiques.

Bien qu’ils aient soupçonné que la transmission de phages lytiques par le participant traité pouvait être un mécanisme de « débordement » apparent de la réduction de Bifidobactéries chez le colocataire, cela n’a pas été pris en charge dans leur analyse du virome. Une explication alternative, ont-ils proposé, est simplement le bruit dans le système, puisque Bifidobactéries les abondances relatives étaient faibles.

“Bien que beaucoup de choses aient été révélées au fil du temps sur les impacts des antibiotiques courants sur le microbiome intestinal, il existe toujours un manque de connaissances quant aux changements potentiels à moyen terme qui peuvent être observés chez les personnes prenant le même antibiotique”, ont reconnu Chopyk et ses collègues.