Le test basé sur le NGS montre la faisabilité et les économies potentielles dans le dépistage néonatal de la SMA

Tirer parti du séquençage de nouvelle génération (NGS) pour le dépistage néonatal (NBS) de l’amyotrophie spinale (SMA) peut être une alternative robuste aux tests de dépistage actuels tout en permettant de réaliser des économies, suggèrent les résultats de l’étude Publié dans Frontières en génétique.

Les méthodes de dépistage actuelles de la SMA comprennent l’analyse d’échantillons de taches de sang séché dans une réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) ou une PCR de gouttelettes numériques pour les homozygotes SMN1 suppression de l’exon 7. Dans cette nouvelle étude, les chercheurs ont examiné l’utilisation d’un test basé sur le NGS parmi des échantillons de plus de 2500 nouveau-nés en Australie. Semblable aux tests basés sur la PCR, le test NGS a dépisté la suppression de l’exon 7.

« Le dépistage de la SMA par RT-PCR est une méthode utilisée par les programmes du NBS, mais cette approche peut entraîner des taux élevés de résultats faussement positifs dans certains tests, alors que nous n’avons eu aucun résultat faussement positif après le dépistage de 2552 échantillons », ont écrit les chercheurs. “Une des raisons à cela peut être que les tests RT-PCR actuels n’utilisent qu’un seul locus pour faire la distinction entre SMN1 et SMN2 séquences. Nous avons constaté que le NGS avait une spécificité de 100 % pour le dépistage de la SMA lorsque 3 locus sont utilisés pour attribuer un séquençage à lire. SMN1 ou SMN2.”

Les chercheurs ont trouvé que la sensibilité et la spécificité du test étaient de 100 %. Le groupe comprenait également 12 échantillons positifs et 4 échantillons négatifs comme témoins, ce qui a montré que les échantillons positifs étaient correctement identifiés comme étant positifs pour la délétion homozygote et que les échantillons négatifs étaient classés comme porteurs ou comme n’hébergant pas la délétion de l’exon 7. Dans tous les échantillons, le taux d’échec était de 0 %.

Le test a été intégré au programme NBS existant du pays en utilisant une capture basée sur l’hybridation avec un algorithme bioinformatique personnalisé et un logiciel de rapport à haut débit spécialement conçu.

“L’un des défis de l’expansion du NBS est le coût de la mise en œuvre des tests de maladie unique dans les programmes existants”, ont décrit les chercheurs. « NGS permet des tests multiplex pour potentiellement des centaines de conditions, ce qui améliore la rentabilité des tests. D’autres conditions actuellement dépistées à l’aide de tests biochimiques ou d’autres conditions qui répondent aux critères de dépistage de Jungner et Wilson pour lesquels il n’existe actuellement aucun test de dépistage disponible justifient une enquête en tant que conditions candidates à l’inclusion dans un test NGS.

Le groupe a noté que même si le coût global de la mise en œuvre des tests NGS serait supérieur à celui de la mise en œuvre des tests actuels basés sur la PCR, le test pourrait être globalement plus rentable car il dépiste plusieurs conditions. L’ensemble du panel NGS utilisé dans l’étude comprenait 176 gènes, ce qui représente un coût inférieur à 80 $ par patient ou moins de 1 $ par condition. Les tests actuels basés sur la PCR pour la SMA s’élèvent à environ 5 $ par patient.

Référence

Shum BOV, Henner I, Cairns A, et al. Faisabilité technique du dépistage néonatal de l’amyotrophie spinale par séquençage d’ADN de nouvelle génération. Génétique avant. Publié en ligne le 12 janvier 2023. doi:10.3389/fgene.2023.1095600