2023-09-13 15:36:23
Le génome de la vigne, le premier issu d’une culture fruitière, a été présenté en 2007 par une équipe franco-italienne. Les résultats ont révélé que la vigne (Vigne à vin, celui du cépage Pinot noir) contient plus de deux fois plus de gènes impliqués dans la production d’arômes et d’huiles essentielles que les autres plantes. Cependant, ce séquençage et ceux qui ont suivi laissent encore de nombreuses régions inconnues.
Maintenant, une enquête internationale dans laquelle le Institut de biologie intégrative des systèmes (I2SysBio)un centre commun du Conseil Supérieur de la Recherche Scientifique (CSIC) et de l’Université de Valence, a réussi à compléter les versions 4 et 5 de ce génome, dans lesquelles se trouvent un grand nombre de gènes liés à la réponse au stress des ravageurs, par exemple le manque d’eau ou de gènes déterminant la capacité aromatique des fruits.
Le vignoble du futur
Selon les chercheurs, les informations obtenues permettront de concevoir le vignoble du futur plus résistant au changement climatique qui menace sérieusement la filière vitivinicole. Ces travaux ont été publiés dans des revues “Recherche horticole” oui “Gènes G3 | Génomes | Génétique”.
Beaucoup de ces fragments du génome, désormais correctement assemblés, correspondent à des régions centromériques et télomériques (c’est-à-dire le centre et les extrémités des chromosomes), constituées d’un nombre considérable de répétitions qui les rendaient difficiles à lire, ce qui les rendait difficiles à lire. c’est pourquoi ils n’étaient pas présents dans les versions précédentes du génome.
Comme l’expliquent les chercheurs, disposer de la meilleure version d’un génome ouvre la porte à la connaissance de 100 % des gènes d’une espèce. Désormais, grâce à ces recherches, la fonction de chacun d’entre eux peut être étudiée et associée à des caractères d’intérêt pour l’industrie vitivinicole, grâce à l’utilisation d’outils de biologie computationnelle. En ce sens, l’amélioration génétique, par les méthodes traditionnelles (sélection), sera également favorisée.
La version 4 du génome montrait le pedigree du cultivar utilisé appelé PN40024. Au départ, on pensait qu’il correspondait au cépage Pinot Noir, croisé neuf fois par consanguinité, mais l’analyse génomique ultérieure a montré qu’il s’agissait en réalité du cépage Helfnsteiner (un croisement entre Pinot Noir et Schiava Grossa). Cette version a également permis de générer une ressource de grande valeur : une annotation de tous les gènes du génome organisée manuellement par les membres de la communauté scientifique. “Avec la version 5 du génome, nous pouvons dire aujourd’hui que nous disposons de la séquence complète du génome de la vigne”, indique le CSIC dans un communiqué.
La technologie utilisée est basée sur le séquençage de longs fragments (long read sequencing). Il s’agit d’une technique de séquençage de l’ADN qui permet de séquencer des fragments d’ADN beaucoup plus longs que les méthodes traditionnelles de séquençage à lecture courte. Alors que la version 4 utilise la technologie standard de séquence longue de PacBio, la version 5 utilise la technologie HIFi ou haute fidélité. Les lectures HiFi sont produites en mode de séquençage par consensus circulaire sur les systèmes de lecture longue PacBio. Les lectures haute fidélité offrent une haute résolution avec une précision de lecture de molécule unique de 99,9 %.
Les deux travaux scientifiques ont été développés dans le cadre du projet Cost Grapedia, une base de données fédérative proposée comme plateforme en libre accès visant à relever les défis d’accès et d’utilisation des données génétiques liées à la vigne.
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