La variole du singe circulait parmi les humains depuis des années avant l’épidémie de 2022 | Science

Le 29 avril 2022, un citoyen britannique a développé une éruption cutanée lors d’un voyage au Nigeria, en Afrique. À son retour au Royaume-Uni, il a décidé d’aller à l’hôpital car son éruption cutanée s’aggravait, ses ganglions lymphatiques enflés et sa fièvre montait. Là, ils ont confirmé qu’il s’agissait de la variole du singe (ou mpox, comme l’a renommée l’Organisation mondiale de la santé, l’OMS). Il s’agit d’une maladie d’origine zoonotique provoquée par un virus qui saute occasionnellement de certains animaux et qui avait jusqu’alors du mal à se transmettre entre humains. Mais en un mois seulement, des milliers de cas ont été recensés en Espagne, au Portugal, aux États-Unis, en Colombie, à Singapour… L’OMS a été contrainte de déclarer une urgence internationale de santé publique. Aujourd’hui, les travaux de virologues de haut niveau ont révélé que la souche à l’origine de l’épidémie circulait parmi les humains depuis plusieurs années. Ils ont également prouvé qu’une enzyme humaine dotée d’une activité antivirale aurait accéléré le taux de mutation du pathogène, ce qui inquiète les scientifiques, qui craignent que le mpox ne reste parmi nous.

Aujourd’hui, la menace du virus a été réduite. Bien qu’il y ait encore de nouvelles infections, l’OMS a retiré son alerte cet été. Mais l’agent pathogène est toujours là et on ne sait toujours pas d’où il est sorti. Dans le passé, les foyers ont toujours eu les mêmes caractéristiques, un passage de l’animal à l’homme, généralement un rongeur (son réservoir le plus connu) ou un singe, suivi de quelques infections entre humains. Le virus ne s’est pas bien adapté à l’environnement humain. Mais quelque chose a dû changer en 2022, lorsqu’en quelques mois seulement, des milliers de personnes ont été infectées (fin octobre 2023, on comptait déjà plus de 91 000 personnes). La plupart n’avaient jamais voyagé dans des pays où le mpox est endémique, comme le Nigeria ou la République démocratique du Congo, de sorte qu’il y a eu une transmission interhumaine soutenue au fil du temps, ce qui ne correspond pas à une maladie zoonotique.

Aujourd’hui, un groupe important et renommé de scientifiques, dont certains parmi ceux qui ont caractérisé le SRAS-Cov-2 pour la première fois après la pandémie de coronavirus, ont séquencé le génome de près d’une centaine d’échantillons du virus, certains remontant aux années 60. le siècle dernier. Ils voulaient savoir où et quand la lignée à l’origine de l’épidémie de 2022, appelée B.1, est apparue. Ce mpox est regroupé dans ce qu’on appelle le clade IIb, dont l’origine se trouve dans la région de l’Afrique de l’Ouest. Heureusement, sa létalité est 10 fois inférieure à celle des virus du clade II, endémiques au centre du continent africain.

Les résultats de cette recherche, publiés aujourd’hui dans la prestigieuse revue scientifique Science, souligne que les échantillons de 2022 ne sont pas les premiers de l’épidémie : ils partagent jusqu’à 42 mutations dans leur ADN, dont le traçage les a conduits à un cas de 2015, qui présentait déjà l’une de ces modifications. L’année suivante, les autorités nigérianes ont signalé quelques cas de mpox chez l’homme, mais on pensait alors qu’ils étaient d’origine zoonotique, sautant d’animaux, et sans lien de parenté entre eux. Ils avaient tord. Déjà à cette époque, en 2016, les chercheurs concluaient dans leurs travaux que « le virus circulait de manière durable parmi les humains ».

« On ne sait pas exactement ce qui a conduit à la propagation mondiale du B.1. Il ne semble pas y avoir quelque chose de particulièrement différent à propos de ce virus, dans cette lignée. »

Áine O’Toole, virologue, Université d’Édimbourg (Royaume-Uni)

Pour étayer cette conclusion, ils s’appuient sur l’origine de ces 42 changements dans l’ADN viral. Ils se sont concentrés sur les nucléotides, les quatre éléments fondamentaux de l’ADN, connus sous les lettres A, T, G et C. Ils ont ensuite vérifié que pratiquement toutes ces mutations semblent liées à l’action d’une enzyme, APOBEC3. Présents chez presque tous les mammifères, les rongeurs, réservoirs supposés du virus, n’en possèdent qu’un exemplaire qu’ils expriment dans la rate et la moelle osseuse et non dans les autres tissus. Chez l’homme, il fait partie du système immunitaire. Sa mission est de supprimer les parties de l’ADN du virus qui compliquent sa réplication. Dans tous les cas, à partir de 2017, ces modifications génétiques apparaissent, ce qui exclurait que les changements se soient produits avant que le virus ne passe des animaux aux humains.

La première auteure de la recherche, la virologue de l’Université d’Édimbourg (Royaume-Uni) Áine O’Toole raconte : « Depuis qu’elle s’est propagée à la population humaine (nous estimons que c’était au moins en 2016), les traces de l’édition d’APOBEC3 ressemblent à des cicatrices sur le génome du virus. Lorsque ces virus commencent leur réplication, ils exposent leur ADN, une opportunité dont profite cette enzyme pour changer certaines lettres par d’autres. Dans la plupart des cas, cela interfère avec sa machinerie réplicative, mais dans d’autres cas, l’agent pathogène parvient à se répliquer, déjà avec la marque APOBEC3. Ce à quoi O’Toole n’a pas de réponse, c’est le moment où l’épidémie a eu lieu. Pourquoi a-t-elle éclaté en mai 2022, alors qu’elle circulait depuis au moins six ans ? « On ne sait pas exactement ce qui a conduit à la propagation mondiale du B.1. Il ne semble pas y avoir quelque chose de particulièrement différent dans ce virus, dans cette lignée ; « Très probablement, il a eu l’occasion de se propager largement parce qu’il est entré dans certains réseaux de population. »

Antonio Alcamí, virologue au Centre de biologie moléculaire Severo Ochoa (CMB/CSIC), souligne combien il est important de savoir quand il a commencé à circuler : « On croyait que c’était récent, mais depuis 2016 et chez l’homme, le virus a la même marque que celui de l’épidémie de 2022. » Pour Alcamí, sans rapport avec l’ouvrage publié dans Science, leurs conclusions sont très pertinentes. “On pensait que le mpox ne s’adaptait pas aux humains, mais si nous constatons maintenant qu’il infecte les humains depuis des années, cela serait un avertissement qu’il s’adapte aux humains.”

« Plus il circule parmi les humains depuis longtemps, plus il est probable que le virus devienne plus humain »

Raúl Rivas, professeur de microbiologie et génétique à l’Université de Salamanque

L’une des clés pourrait être qu’APOBEC3 a accéléré le taux de mutation du virus. D’après ce que l’on savait d’autres orthopoxvirus, tels que la variole humaine, et d’échantillons antérieurs, le taux de modification du mpox était très faible. Cependant, en deux ou trois ans, il a accumulé 42 changements dans son ADN, ce qui équivaut à un rythme 28 fois plus rapide de la lignée B.1 que les précédentes. “L’essentiel ici est de savoir si ces mutations affectent une plus grande transmissibilité entre humains”, souligne le professeur de microbiologie et de génétique de l’Université de Salamanque, Raúl Rivas, qui souligne également la datation des premiers cas de ces mutations : “Plus “Plus il circule depuis longtemps parmi les humains, plus la probabilité que le virus devienne plus humain est grande.”

Les auteurs précisent et les experts consultés confirment que le fait que cette enzyme antivirale soit à l’origine des mutations présentes dans la lignée B.1 ne signifie pas qu’APOBEC3 augmente la capacité du virus à se répliquer et à se transmettre entre humains. Fernando González, professeur à l’Université de Valence et dédié à la phylogénomique et à l’évolution des virus, souligne ceci : « APOBEC3 n’en est pas la cause, mais il est mutagène et parmi les mutations apparues, certaines ont permis une plus grande transmissibilité du virus. » Reste à relier l’enzyme antivirale à cette plus grande capacité de contagion. Et c’est quelque chose d’urgent.

Dans leurs conclusions, les auteurs de l’étude proposent que, si un lien était trouvé entre APOBEC3 et la persistance du mpox pendant des années chez l’homme, il s’agirait d’un changement de paradigme. Oriol Mitjà, de l’hôpital allemand Trias i Pujol de Barcelone, est d’accord avec cela et a participé à la découverte d’une forme fulminante de variole du singe chez des personnes atteintes du VIH à un stade avancé. « Dans le futur, il y aura de nouvelles épidémies zoonotiques, mais si cette transmission entre humains se poursuit, on pourrait dire qu’il s’agit déjà d’un virus humain. C’est comme cela s’est produit avec le VIH [también zoonótico inicialmente]un changement de paradigme », ajoute-t-il.

Pour les experts consultés, ce qui a été découvert ajoute désormais une urgence à l’inquiétude qui existait déjà depuis que ce Britannique a été diagnostiqué en avril 2022. La grande majorité des plus de 91 000 personnes infectées à ce jour ont moins de 50 ans. Autrement dit, ils n’ont pas été vaccinés contre la variole, éradiquée de la planète en 1980. Il existe un risque que la mpox occupe la niche de son parent viral et le fasse au sein d’une population non immunisée. Cela pourrait encore être pire. Si la lignée B.1 parvient à se transmettre entre humains, les virus du clade I pourraient également le faire, qui tuent 10 personnes infectées sur 100.

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