La détection d’une nouvelle épidémie inattendue de virus de l’encéphalite japonaise (JEV) en mars 2022 en Australie, où le JEV n’est pas endémique, a exigé le développement rapide d’un cadre de diagnostic robuste pour faciliter le dépistage des patients suspects dans l’État de la Nouvelle-Galles du Sud ( NSW). Ce service de diagnostic du VEJ naissant mais complet comprenait des tests sérologiques, moléculaires et métagénomiques au sein d’un laboratoire de référence centralisé. Au cours des trois premiers mois de l’épidémie (du 4 mars 2022 au 31 mai 2022), 1 061 échantillons prospectifs ont été reçus de 878 résidents de NSW pour le test JEV. Douze cas confirmés d’encéphalite japonaise (EJ) ont été identifiés, dont dix cas diagnostiqués par sérologie seule, un cas par séquençage métagénomique de nouvelle génération et réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) du tissu cérébral et sérologie, et un cas par RT -PCR du liquide céphalo-rachidien, fournissant une incidence d’EJ sur cette période de 0,15/100 000 personnes en Nouvelle-Galles du Sud. Comme l’encéphalite se manifeste dans moins de 1 % des cas d’infection par le VEJ, la prévalence de l’infection par le VEJ à l’échelle de la population est susceptible d’être considérablement plus élevée. Une étroite collaboration avec les laboratoires et les cliniciens référents a été essentielle pour établir avec succès la détermination des cas de JEV pour cette nouvelle épidémie. Une surveillance animale, humaine et environnementale soutenue et coordonnée dans un cadre OneHealth est essentielle pour suivre l’évolution de l’épidémie actuelle, comprendre ses origines et optimiser la préparation aux futures épidémies de JEV et d’arbovirus.
Mots clés:
L’encéphalite japonaise; flavivirus; métagénomique; diagnostic moléculaire; tests d’acide nucléique; épidémie; sérologie.
