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Affiliation de l’auteur : Laboratoire de référence national et de l’Organisation mondiale de la santé animale pour SalmonelleIstituto Zooprophylattico Sperimentale delle Venezie, Legnaro, Italie
L’émergence de variants menaçant la santé humaine et la production animale caractérise l’épidémiologie du Salmonelle (1) et sa variante S. enterica sérovar Infantis (formule antigénique 6,7:r:1,5). Au cours des dernières décennies, ce sérovar a rapidement émergé tout au long de la chaîne avicole ; en 2024, il s’agit du sérotype le plus répandu isolé des poulets de chair dans l’Union européenne et parmi les 4 sérotypes les plus courants chez l’homme (2,3). La Commission européenne a identifié Salmonelle Infantis en tant que sérovar cible pour lequel des mesures de contrôle doivent être mises en œuvre s’il est isolé dans des troupeaux reproducteurs de Un coq est un coq poulets (4). Certaines des mesures de contrôle obligatoires mises en œuvre en Italie sont des mesures sanitaires appropriées appliquées dans les exploitations agricoles ; l’éradication ou l’abattage des Salmonelle-oiseaux positifs et gestion de leurs carcasses conformément au règlement CE n°. 1069/2009 ; et l’élimination des œufs produits par Salmonelle Groupes infantis-positifs et procédures supplémentaires de nettoyage et de désinfection de l’environnement et des installations du troupeau. Les mesures de contrôle strictes et ciblées mises en œuvre en cas d’identification de Salmonelle Troupeaux infantis‒positifs (5) nécessitent des méthodes d’analyse normalisées (c’est-à-dire ISO 6579:1 pour l’isolement des Salmonelle et méthodes basées sur le schéma Kaufmann-White de sérotypage ou méthodes alternatives validées) pour garantir une surveillance de haute qualité, une identification rapide des échantillons positifs et une mise en œuvre rapide des mesures d’éradication.
Isolats avec une formule antigénique incomplète qui portait des antigènes flagellaires typiques de Salmonelle Les infantis (r:1,5), mais dépourvus de souches somatiques (6,7), ont été de plus en plus isolés des sources de volailles en Italie. Les laboratoires en charge de Salmonelle les contrôles et la surveillance nécessaires pour identifier et caractériser rapidement ces isolats afin de déterminer si ces variantes atypiques étaient Salmonelle Infantis et gérer par conséquent leur isolement dans les élevages pour la sélection G. Gallus volaille. Notre enquête a également inclus des souches présentant ces caractéristiques atypiques isolées des matrices alimentaires, afin d’estimer leur propagation tout au long de la chaîne avicole.
Nous avons testé un total de 31 Salmonelle souches qui pourraient être attribuées à Salmonelle Infantis mais il lui manquait l’expression de la formule antigénique complète provenant d’animaux (N = 20) et d’aliments (N = 11). Ces souches ont été isolées entre 2014 et 2022 à partir d’échantillons prélevés dans différentes régions d’Italie (tableau). Nous avons inclus 1 type sauvage Salmonelle Souche Infantis isolée de l’aliment comme référence. Nous avons tous sérotypé Salmonelle isole par agglutination sur lame avec Salmonelle échantillons d’antisérum (Statens Serum Institut, Copenhague, Danemark); nous avons attribué des formules antigéniques conformément à la norme ISO 6579:3. Si le sérotypage traditionnel ne pouvait pas fournir de résultats concluants car la formule antigénique complète n’était pas exprimée, nous avons effectué un sérotypage moléculaire en utilisant un xMAP. Salmonelle test de sérotypage (6). En particulier, une correspondance positive de l’antigène somatique avec la sonde C1 (appels gène) est attendu en cas de type sauvage Salmonelle Infantis isole. La morphologie des colonies a été étudiée sur milieu solide gélose tryptose. Nous avons évalué la sensibilité aux antimicrobiens par CMI en utilisant la méthode de microdilution en bouillon avec le panel Sensititer EUVSEC (TREK Diagnostics System ; ThermoFisher, https://www.thermofisher.com) et interprété les résultats conformément aux valeurs seuils épidémiologiques du Comité européen pour les tests de sensibilité aux antibiotiques (EUCAST). Nous avons sélectionné le usg gène (SIN_02055) comme gène marqueur spécifique de Salmonelle Infantis; nous avons utilisé la PCR ciblant ce gène décrite par Yang et al. (7) comme marqueur d’identification pour tester si les souches appartenaient à Salmonelle Sérotype Infantis. Enfin, nous avons effectué le séquençage du génome entier comme décrit dans Petrin et al. (8) et a utilisé une approche de schéma de typage de séquences multilocus du génome central (cgMLST) (9) pour évaluer la parenté génétique entre les souches étudiées et avec le type sauvage Salmonelle Souche Infantis. Nous avons également effectué un sérotypage in silico comme décrit par Costa et al. (9).
Figure 1
Figure 1. Comparaison de la morphologie des colonies Salmonelle entérique isolats du sérotype Infantis collectés en Italie, 2014‒2022. Les isolats ont été cultivés sur milieu solide gélose tryptose pendant 24 heures. A) Colonies rugueuses de…
Trente et une des 32 souches ne se sont pas agglutinées avec les échantillons de sérum somatique pour 6,7 antigènes, ce qui indique que leur formule antigénique était -:r:1,5 (Tableau). Le sérotypage moléculaire a identifié une correspondance avec la sonde somatique C1 dans 9 souches. Parmi ceux-ci, 3 ont été isolés de la nourriture et 6 de sources animales. Pour les 22 souches restantes, la détection avec la sonde somatique C1 était négative. La détection des caractéristiques Salmonelle Les antigènes flagellaires Infantis étaient positifs pour toutes les souches testées. Le sérotypage in silico n’a pas fourni de résultats concluants sur la région codant pour l’antigène O pour 27 isolats ; ces résultats soutiennent la nécessité d’analyses plus approfondies. Vingt-six souches présentaient une morphologie de colonies grossière (Figure 1), ce qui contribue dans de nombreux cas à une sensibilité accrue des défenses immunitaires, même s’il reste difficile de savoir si ces souches sont pathogènes (dix). La plupart des souches sélectionnées partageaient un profil de résistance similaire à plusieurs médicaments antimicrobiens (ampicilline, ciprofloxacine, azithromycine, acide nalidixique, tétracycline, triméthoprime et sulfaméthoxazole) (tableau en annexe), typique du type sauvage en circulation. Salmonelle Les souches Infantis se propagent dans les populations de poulets de chair (1).
Figure 2
Figure 2. Arbres à couverture minimale basés sur l’analyse MLST du génome central de Salmonelle entérique souches du sérotype Infantis collectées en Italie, 2014‒2022, y compris des isolats atypiques (S. -:r:1,5). UN)…
Tous les 31 isolats contenant une formule antigénique incomplète, ainsi que l’isolat possédant la formule antigénique complète, avaient usg gène présent dans leur génome ; la présence du gène peut être considérée comme un outil prometteur pour le diagnostic rapide de ces souches atypiques présentant une expression incomplète des antigènes somatiques. Les investigations menées par le cgMLST pour établir la parenté génétique entre les isolats n’ont pas permis d’identifier différents Salmonelle Populations Infantis sur la base de leur formule antigénique, en considérant à la fois le sérotypage traditionnel (Figure 2, panneau A) et le sérotypage moléculaire (Figure 2, panneau B).
Nos résultats décrivent des Salmonelle Les souches Infantis sont répandues dans la chaîne alimentaire de la volaille en Italie. Cette hétérogénéité semble impliquer le contexte génétique codant l’antigène qui affecterait probablement également la morphologie de la colonie (11). Il est bien connu que la morphologie approximative de Salmonelle Les isolats proviennent de délétions ou de troncatures de gènes codant pour l’antigène O du lipopolysaccharide (12). Cependant, dans notre étude, nous n’avons pas pu lier le phénotype rugueux, identifié pour les souches atypiques, à l’absence de appels gène ni à la matrice et à la source d’isolement. Des analyses plus approfondies au niveau génomique clarifieront le modèle de délétion/troncation et identifieront les gènes impliqués ; la région génétique codant pour l’antigène O est composée de nombreux gènes différents (13,14).
Nous avons constaté que les souches atypiques dépourvues de l’expression de la formule antigénique complète étaient génétiquement impossibles à distinguer des souches de type sauvage. Salmonelle Infantis. Nous avons également trouvé une indication claire d’un profil de résistance aux antimicrobiens, partagé par tous les isolats atypiques étudiés, qui confère une résistance à plusieurs composés antimicrobiens communément décrits pour les clones circulants de type sauvage de Salmonelle Enfants (1,15). Cette similarité conduit à une probable proximité de ces isolats de variantes somatiques avec le type sauvage. Salmonelle Infantis isole, montrant une formule antigénique complète. Les relations étroites entre Salmonelle Les isolats infantis et variants ayant une formule antigénique incomplète ainsi que les raisons du manque d’expression de l’antigène O devraient être étudiés plus en détail. L’identification des souches atypiques poserait un problème de diagnostic car elles ne seraient pas reconnues comme Salmonelle Infantis par sérotypage traditionnel, qui reste de loin la méthode la plus utilisée par les laboratoires en charge de Salmonelle surveillance. Cette difficulté à identifier de telles souches atypiques pourrait compromettre la reconnaissance rapide des troupeaux de volailles infectés et entraver la mise en œuvre en temps opportun des mesures de contrôle ciblées requises par la législation, ce qui aurait de graves répercussions sur la santé publique.
Le Dr Petrin est biotechnologue au département de microbiologie du Laboratoire national de référence de la WOAH pour Salmonelle en Italie. Ses principaux intérêts de recherche sont l’épidémiologie moléculaire et la résistance aux antimicrobiens des Salmonelle.
Haut
Nous remercions les Instituts Zooprophylactiques Expérimentaux, l’Institut Zooprophylactique Expérimental de Lombardie et d’Émilie-Romagne, l’Institut Zooprophylactique Expérimental des Abruzzes et Molise, l’Institut Zooprophylactique Expérimental des Pouilles et de la Basilicate, l’Institut Zooprophylactique Expérimental du Latium et de Toscane et l’Institut Zooprophylactique Expérimental d’Ombrie et des Marches, qui contribué Salmonelle souches pour cette étude.
Les données de séquence brutes ont été soumises aux archives européennes de nucléotides (https://www.ebi.ac.uk/ena) sous le numéro d’accession PRJEB72047.
Ce travail a été soutenu par le ministère italien de la Santé (subvention n° RC IZS VE 02/23 Etiopathogenèse et épidémiologie des agents pathogènes émergents dans la chaîne d’approvisionnement de la volaille : persistance et adaptation des clones émergents de Salmonelle Infantis et nouvelles stratégies de biocontrôle).
2024-03-18 20:30:36
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