Le concept d’évasion virale de la neutralisation des anticorps semble intimement familier dans notre monde post-COVID – c’est la raison pour laquelle nous attendons en ligne de nouvelles itérations de vaccins tout en redoutant l’arrivée inévitable de nouvelles variantes virales qui peuvent échapper à ces vaccins. C’est un rappel brutal que lorsque nos systèmes immunitaires, nos scientifiques et nos gouvernements combattent ce virus, le virus riposte. Dans une récente prépublication publiée sur bioRxivTimothy Yu, étudiant diplômé du laboratoire de Dr Jesse Bloom, et ses collègues rapportent des efforts pour prédire l’échappement viral à partir de mélanges complexes d’anticorps neutralisants. Ce faisant, ils espèrent tirer parti des techniques expérimentales et informatiques de pointe pour rester en tête dans la course aux armements entre le virus et l’homme, tout en obtenant potentiellement de nouvelles informations sur la façon dont les mélanges d’anticorps interagissent avec les antigènes viraux à un niveau fondamental.
Tout d’abord, un peu de vocabulaire : anticorps sont de petites protéines produites par notre système immunitaire dont le rôle est de lier des protéines virales appelées antigènes (par exemple, la protéine de pointe à la surface du SRAS-CoV-2) et neutraliser ou les empêcher d’envahir nos cellules. Pour être plus précis, tout anticorps donné ne lie qu’une partie spécifique de son antigène correspondant – cette région est appelée un épitope. Nous aimerions imaginer un scénario simple, dans lequel une infection virale amène votre corps à produire un seul type d’anticorps ciblant un épitope spécifique, que le virus va lentement muter pour perturber la liaison des anticorps et échapper à la neutralisation. Cependant, comme c’est généralement le cas en biologie, la réalité est plus compliquée. Une infection virale ou une immunisation amène votre corps à produire un mélange d’anticorps qui reconnaissent de nombreux épitopes différents. Bien que l’on pense que cela augmente la durabilité des réponses antivirales, nous savons par expérience que les virus sont toujours capables de s’échapper de ces mélanges «polyclonaux» d’anticorps en accumulant des mutations dans de multiples régions antigéniques (épitopes multiples). Comprendre comment les virus gèrent cette évasion – et développer des outils pour prédire quand ils le feront – est d’une importance primordiale pour la santé publique et la science fondamentale.
Il existe des méthodes pour tester expérimentalement si une variante virale peut conduire à s’échapper de mélanges d’anticorps, mais elles sont relativement lentes et laborieuses, car chaque variante doit être testée individuellement – un défi de taille dans les situations où l’adaptation virale est rapide, et de nombreux différents des variantes apparaissent dans la population. Fondamentalement, ces méthodes s’appuient également sur une connaissance préalable des mutations à produire, ce qui nous laisse constamment “un pas en arrière” sur le virus que nous essayons de combattre.
