Comment l’ADN du chien viverrin s’inscrit dans le débat sur les origines du COVID-19

Cela fait trois ans que la pandémie de COVID-19 a commencé. Pourtant, le mystère de la façon dont cela a commencé continue de faire la une des journaux encore et encore et d’alimenter un débat politique houleux et souvent politique.

Alors que ce qui s’est exactement passé dans les premiers jours de la pandémie reste une question en cours, certaines études génétiques ont fait pencher la balance en faveur de la pandémie provenant d’un débordement viral d’animaux (SN : 04/10/22). Une hypothèse, mais aucune preuve, suggère que le virus aurait pu être divulgué, accidentellement ou délibérément, à partir d’un laboratoire.

Les agences de renseignement américaines sont divisées sur le scénario qu’elles jugent le plus probable. Le ministère de l’Énergie et le FBI penchent davantage vers la possibilité d’une fuite de laboratoire, tandis que le National Intelligence Council et d’autres soupçonnent une origine naturelle. Il est important de noter que la plupart de ces agences ont tiré leurs conclusions avec une “faible confiance”, ce qui signifie que les données disponibles sur lesquelles la communauté du renseignement devait s’appuyer sont “rares, discutables ou très fragmentées”, selon le Conseil national du renseignement.

Très bientôt, nous verrons à quoi ressemble cette intelligence. Président Joe Biden a signé un projet de loi le 20 mars pour déclassifier les informations gouvernementales sur les origines du virus dans les 90 jours.

Pendant ce temps, une nouvelle analyse génétique ajoute une autre pièce au puzzle en faveur du scénario de débordement, cette fois avec un suspect possible : les chiens viverrins.

“Ces données ne fournissent pas de réponse définitive sur la façon dont la pandémie a commencé”, a déclaré le directeur général de l’Organisation mondiale de la santé, Tedros Adhanom Ghebreyesus, lors d’un point de presse du 17 mars. “Mais chaque élément de données est important pour nous rapprocher de cette réponse.”

Voici ce qu’il faut savoir sur les dernières données et ce qu’elles signifient pour cerner les événements qui ont déclenché la pandémie.

Quelle est la dernière ligne de preuve d’une origine naturelle?

Le premier groupe de cas de coronavirus chez l’homme était lié au marché de gros des fruits de mer de Huanan à Wuhan, en Chine (SN : 24/01/20). Des échantillons environnementaux prélevés en 2020 dans le coin sud-ouest du marché, où des animaux vivants étaient vendus, transportés matériel génétique du coronavirus et des animauxle atlantique signalé pour la première fois le 16 mars.

Dans certains échantillons positifs pour le virus, le biologiste informatique Alex Crits-Christoph et une équipe internationale de collègues ont également trouvé de l’ADN du chien viverrin commun (Nyctereutes procyonoïdes). L’animal ressemblant à un renard originaire d’Asie est sensible aux infections à coronavirusy compris le SARS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19.

Le fait que des traces d’animaux et de coronavirus aient été découvertes dans les mêmes échantillons suggère que le virus peut avoir sauté des chauves-souris aux chiens viverrins ou à d’autres animaux sur le marché, puis aux personnes, écrit l’équipe (SN : 12/07/21). Il a posté son analyse 20 mars sur Zenodo, un référentiel où les scientifiques peuvent publier des résultats de recherche qui n’ont pas encore été examinés par leurs pairs.

Cette analyse s’appuie sur les preuves de deux études publiées dans Science en juillet 2022. Dans la première étude, les chercheurs ont rapporté que la diversité génétique des variantes du SRAS-CoV-2 des premiers jours de la pandémie suggère qu’il pourrait y avoir eu deux sauts séparés des animaux aux personnes: un fin novembre 2019 et un autre quelques semaines plus tard. La deuxième étude a utilisé les premiers cas connus de COVID-19 et des échantillons environnementaux positifs au coronavirus provenant du marché des fruits de mer pour identifier la partie sud-ouest du marché avec des vendeurs d’animaux vivants comme le épicentre probable de la propagation de la pandémie.

Dans la nouvelle analyse, Crits-Christoph, qui travaille à Baltimore pour l’organisation à but non lucratif Cultivarium, et ses collègues ont analysé les données génétiques publiques qui avaient été publiées début mars par le Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies. Ces données, liées à une étude préliminaire de février 2022 du CDC chinois (qui est actuellement en cours d’examen dans une revue scientifique), ont permis à l’équipe de zoomer sur un étal d’animaux dans la partie sud-ouest du marché qui avait le virus le plus positif échantillons. Un échantillon d’un chariot dans cette stalle contenait également beaucoup de matériel génétique de chiens viverrins, ainsi qu’une poignée d’autres animaux tels que des canards.

Il n’y avait aucune preuve d’ADN humain dans cet échantillon, une découverte qui laisse entendre que des animaux, pas nécessairement des personnes, étaient proches du coronavirus à cet endroit. Les chiens viverrins ou un autre animal, selon les résultats, auraient pu servir de pont pour transporter le coronavirus des chauves-souris aux humains.

Cette découverte confirme-t-elle l’origine du coronavirus ?

Non. Comme Ghebreyesus l’a dit le 17 mars, les découvertes ne sont pas un clou dans le cercueil pour confirmer l’hypothèse du débordement. Trouver des preuves d’animaux et de coronavirus ensemble dans des échantillons laisse entendre que les deux étaient très proches l’un de l’autre. Mais cette histoire de débordement particulière est encore circonstancielle. On ne sait pas si les animaux hébergés dans les stalles ont pu être infectés par le virus, et si ces animaux ont ensuite transmis le virus aux humains.

Il aurait été préférable d’avoir un prélèvement positif d’un animal vivant qui était en vente au marché fin novembre ou décembre 2019. Ou de trouver le virus chez les animaux sauvages. Mais ces deux choses peuvent maintenant être presque impossibles.

Au moment où les autorités sont venues enquêter sur le marché au début de 2020, tous les animaux infectés étaient probablement partis depuis longtemps. Et le virus a évolué depuis. Il est transformé en personnes – nous donnant les variantes alpha et delta ainsi que omicron et son spawn (SN:10/17/22). Et ça continue d’évoluer chez les animaux aussi. Les coronavirus circulant chez les animaux maintenant, ou même il y a deux ans, n’auront probablement pas la même apparence que le SRAS-CoV-2 fin 2019, de sorte que les virus de la nature ne seront pas une correspondance exacte.

“C’est comme une froide affaire criminelle”, explique Michael Osterholm, épidémiologiste à l’Université du Minnesota à Minneapolis. “Il peut y avoir de plus en plus de preuves que, vous savez, John Doe l’a fait. Mais pas assez concluant pour juger John Doe pour le crime.

Ce n’est pas inhabituel lorsqu’il s’agit de déterminer la source d’une épidémie. De telles enquêtes peuvent prendre des années et ne jamais apporter de réponse définitive (SN : 18/03/21). Finalement, nous pourrions atteindre un point où nous nous appuyons sur les meilleures preuves disponibles et devrons accepter que c’est aussi proche que possible.

Avons-nous besoin de connaître les origines du COVID-19 pour nous préparer à la prochaine pandémie ?

Pas vraiment. Alors que les preuves dont nous disposons penchent vers les retombées, nous sommes «embourbés dans la boue», déclare Osterholm, qui note qu’il est agnostique quant à la façon dont la pandémie a commencé. Il dit qu’il vaudrait mieux se concentrer sur la préparation de la prochaine pandémie, plutôt que de prêter attention uniquement à celle-ci.

Il est inévitable qu’une autre pandémie se produise dans notre avenir ; qu’il s’agisse d’un autre coronavirus, de la grippe aviaire ou de quelque chose d’autre, tout le monde le devine (SN : 06/03/23).

Ce que nous pouvons faire maintenant, c’est réfléchir plus attentivement à la façon dont nous utilisons les terres et faire de la recherche.

À mesure que les habitats fauniques disparaissent, les humains rencontrent plus souvent des animaux, introduisant peut-être plus d’occasions d’échanger des agents pathogènes. L’élevage d’animaux dans des espaces restreints offre également plus d’opportunités. La résolution de ces problèmes pourrait aider à prévenir les débordements, ou du moins les rendre moins probables.

Les réglementations de laboratoire – garantissant que le travail potentiellement risqué est effectué en toute sécurité ou ne sont pas effectuées du tout – peuvent aider à arrêter une fuite de laboratoire.

Il n’y a aucune raison pour que nous ne puissions pas commencer à faire ces choses maintenant, dit Osterholm. “J’aimerais que nous passions à autre chose et que nous commencions à nous occuper de… ce que nous allons faire pour être mieux préparés” au prochain débordement ou fuite de laboratoire potentiel, dit-il. “Parce que nous ne le sommes pas.”