<div data-thumb="https://scx1.b-cdn.net/csz/news/tmb/2022/using-single-cell-sequ.jpg" data-src="https://scx2.b-cdn.net/gfx/news/hires/2022/using-single-cell-sequ.jpg" data-sub-html="Study overview. Experimental and cohort design. Single-cell genomes, transcriptomes and long-read sequencing libraries were generated from isogenic 184-hTERT cell lines (WT, or with TP53, BRCA1 ou BRCA2 mutations) a) ou du tissu PDX de patients atteints de TNBC et de patients atteints de HGSC d’une méta-cohorte avec des signatures mutationnelles SV ou SNV attribuées b). Le séquençage unicellulaire et à lecture longue (c) a été utilisé pour examiner les processus mutationnels et la diversité génomique spécifique aux haplotypes, y compris les HLAMP ou les réarrangements d), les événements parallèles e) et les SSV f) à la résolution unicellulaire et au sein des populations clonales et sous-clonales . Généré à l’aide de Biorender.com. Le crédit: La nature (2022). DOI : 10.1038/s41586-022-05249-0″>
Une équipe de chercheurs de Weill Cornell Medicine, du British Columbia Cancer Research Centre et du Memorial Sloan Kettering Cancer Center, en collaboration avec un groupe du consortium IMAXT, a utilisé le séquençage unicellulaire pour révéler les processus mutationnels liés au cancer du sein et de l’ovaire.
Dans leur article publié dans la revue La naturele groupe décrit comment ils ont effectué le séquençage du génome unicellulaire sur des milliers de cellules de tissus mammaires et ont comparé ce qu’ils ont trouvé avec le séquençage qu’ils ont effectué sur des milliers d’échantillons de cellules tumorales ovariennes et mammaires.
Les chercheurs ont commencé leur étude après avoir noté que les altérations du nombre de copies de cellule à cellule qui peuvent déclencher instabilité génomique dans divers types de cancer n’ont pas été bien abordés par la communauté des chercheurs. Ils ont également noté que les moyens par lesquels de telles altérations peuvent entraîner des variations de phénotypes dans l’évolution de différents types de cancers n’ont pas non plus été suffisamment étudiés. Pour rectifier la situation, l’équipe s’est lancée dans un ambitieux effort de séquençage axé plus directement sur les processus mutationnels liés aux cancers de l’ovaire et du sein.
Le travail de l’équipe était double. L’un des efforts consistait à effectuer le séquençage du génome unicellulaire de 13 800 cellules mammaires cellules épithéliales recueillies auprès de femmes qui peuvent ou non avoir eu des mutations de la protéine tumorale p53 ou cancer du sein protéines de susceptibilité de type 1 ou 2 – entraînant un déficit de recombinaison homologue. Ils ont suivi cela en examinant les modèles d’haplotypes et les variantes structurelles unicellulaires pour trouver des processus mutuels.
L’autre effort consistait à effectuer un séquençage du génome unicellulaire sur 22 057 ovaires ou seins avancés cancer cellules tumorales. Ils ont ensuite comparé les modèles qu’ils ont trouvés dans le premier effort, qu’ils décrivent comme des événements de premier plan, avec ceux trouvés dans le deuxième effort.
Dans leurs comparaisons, les chercheurs ont trouvé ce qu’ils décrivent comme des variations cellulaires du nombre de copies et des altérations structurelles qui étaient répandues dans les cancers du sein triple négatifs et dans les carcinomes graves de haut grade, qui ont été observés dans des processus d’instabilité distinctifs. Ils suggèrent en outre que de telles altérations indiquent une influence sur niveaux d’expression de centaines de gènes.
Les chercheurs ont également trouvé d’autres différences dans les cellules qu’ils ont étudiées qui pourraient aider à faire la lumière sur les nombreux processus qui conduisent au développement des cancers de l’ovaire et du sein.
Tyler Funnell et al, Variation génomique unicellulaire induite par des processus mutationnels dans le cancer, La nature (2022). DOI : 10.1038/s41586-022-05249-0
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Citation: Utilisation du séquençage unicellulaire pour révéler les processus impliqués dans les cancers de l’ovaire et du sein (4 novembre 2022) récupéré le 4 novembre 2022 sur https://medicalxpress.com/news/2022-11-single-cell-sequencing-reveal-involved- ovaire.html
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