<div data-thumb="https://scx1.b-cdn.net/csz/news/tmb/2022/new-approach-to-transc.jpg" data-src="https://scx2.b-cdn.net/gfx/news/hires/2022/new-approach-to-transc.jpg" data-sub-html="Detection of 72 genes using coppaFISH. a, Sagittal 15 µm brain sections are cut using a cryostat. Local mRNAs are reverse transcribed to cDNA, and the mRNAs digested to free the cDNAs for hybridization with padlock probes. Padlock probes have two 15-20-nt arms complementary to the target site, a 20-nt anchor sequence (identical for all probes) and a 20-nt barcode sequence (unique for each gene). After hybridization to the target site, a DNA ligase enzyme circularizes the padlock probe, but only when it matches the target perfectly. Next, a DNA polymerase enzyme amplifies the circularized padlock probes, producing rolling-circle products (RCPs), which contain many repeats of the padlock sequence including the barcode. b, The barcodes are read out by 7 rounds of 7-color fluorescence imaging. On each round, RCPs are hybridized with custom designed bridge probes, which in turn hybridize to specific dye probes (conjugated to one of 7 fluorophores). The sections are then imaged in 7 color channels, then all DNA is removed with formamide treatment, and the next round begins. Different sets of bridge probes on each round result in each barcode showing up in a different color channel using a Reed–Solomon code for minimum overlap. After the 7 combinatorial rounds, a final round images the anchor probe (used for image alignment) and DAPI to visualize cell nuclei. c, Example raw data for one cell imaged with the 7 fluorophores and 7 rounds. Each fluorescent spot is an RCP, and the sequence of colors across 7 rounds allows gene identity to be determined. Bottom: magnification of 2 RCPs (top right corner of main images) which corresponded to Cplx2 barcode (6135024). Scale bars: 5 µm. Credit: La nature (2022). DOI : 10.1038 / s41586-022-04915-7 “>
Une équipe de chercheurs de l’University College London, de l’Université de Columbia et de l’Université d’Oxford a développé une nouvelle approche de la transcriptomique et l’a utilisée pour révéler les propriétés de 35 sous-types de neurones chez la souris. Le groupe a publié ses recherches dans la revue La nature. Hongkui Zeng et Saskia EJ de Vries de l’Allen Institute for Brain Sciences ont publié un article News & Views dans le même numéro de revue décrivant le travail effectué par l’équipe.
L’un des objectifs des biologistes est d’apprendre comment fonctionne le cerveau, chez les autres animaux et chez les humains. Compte tenu de la complexité du cerveau, l’objectif est certes ambitieux. Mais les scientifiques pensent que cela peut être fait en effectuant une variété d’études étape par étape qui cherchent à expliquer les différentes parties d’un cerveau donné pour décrire ce qu’elles font. Une partie de cet effort consiste à créer un catalogue des types et sous-types de cellules cérébrales.
Un aspect de la classification des types cellulaires consiste à déchiffrer et à enregistrer le répertoire des gènes exprimés— un processus appelé transcriptomique. De là vient l’identification des rôles que chacun des gènes individuels joue dans circuits du cerveau. À cette fin, les chercheurs ont utilisé diverses techniques pour effectuer une transcriptomique (qui doit être effectuée sur des tissus vivants) pour en savoir plus sur les régions du cerveau, comme la souris cortex visuel. À ce jour, 95 groupes ont été identifiés.
Dans ce nouvel effort, les chercheurs ont développé une nouvelle façon d’effectuer un tel travail – ils l’appellent coppaFISH, et il est capable de déterminer l’expression de 72 gènes à la fois à partir d’une fine tranche de tissu cérébral. Il s’agit de combiner l’imagerie calcique biphotonique in vivo avec les méthodes transcriptomiques classiques. Les profils d’expression résultants pour les gènes peuvent ensuite être utilisés pour cartographier les transcriptomes aux identités cellulaires.
Les chercheurs ont utilisé la technique pour obtenir de nouvelles données pour 1 090 interneurones, impliquant 35 sous-types de neurones. Ce faisant, ils ont découvert que certains principes transcriptomiques pouvaient être utilisés pour prédire l’activité d’autres types de cellules, résultant en un axe transcriptomique en corrélation avec certains types de propriétés cellulaires. Les chercheurs suggèrent que leur technique pourrait également être utilisée dans d’autres régions du cerveau.
Stéphane Bugeon et al, Un axe transcriptomique prédit la modulation d’état des interneurones corticaux, La nature (2022). DOI : 10.1038 / s41586-022-04915-7
Hongkui Zeng et al, Un axe d’expression génique définit le comportement des neurones, La nature (2022). DOI : 10.1038/d41586-022-01640-z
© 2022 Réseau Science X
Citation: Une nouvelle approche de la transcriptomique révèle les propriétés de 35 sous-types de neurones chez la souris (8 juillet 2022) récupéré le 8 juillet 2022 sur https://phys.org/news/2022-07-approach-transcriptomics-reveals-properties-neuron.html
Ce document est soumis au droit d’auteur. En dehors de toute utilisation loyale à des fins d’étude ou de recherche privée, aucune partie ne peut être reproduite sans l’autorisation écrite. Le contenu est fourni seulement pour information.
