Grâce au séquençage génomique, nous avons pu définir les sous-types viraux ou COV associés à quatre vagues distinctes de patients hospitalisés pour COVID-19. La première vague était principalement B.1, tous les échantillons séquencés de la deuxième vague étaient Beta VOC, les échantillons séquencés de la troisième vague étaient principalement Delta, tandis que les échantillons de la quatrième vague étaient en grande partie Omicron BA.1. L’infection par la variante Delta était associée à un risque plus élevé de mortalité, en particulier chez les patients nécessitant de l’oxygène lors de l’admission. Cette étude rapporte des différences cliniques dans les résultats entre les variantes du SRAS-CoV-2 dans un contexte d’Afrique australe à faible revenu dans une population à forte charge de maladies infectieuses, y compris le VIH.
Le risque accru de mortalité dans cette cohorte était associé à une augmentation de l’âge (≥ 70 ans) et à une faible teneur en oxygène au recrutement (SpO2< 87 %), en ligne avec les autres cohortes (ISARIC, [24]). Bien que notre petite taille d'échantillon nécessite une interprétation prudente, il y avait un risque accru de décès associé à Delta VOC, en particulier chez les patients nécessitant de l'oxygène. Une mortalité accrue avec Delta VOC a été signalée ailleurs [13,14,15,16]mais pas systématiquement en Afrique [25], où des données cliniques solides n’ont généralement pas été liées aux données de séquençage du SRAS-CoV-2. Les patients atteints d’une maladie grave ont été pris en charge avec de l’oxygène, des stéroïdes et des antibiotiques bêta-lactamines, appliqués systématiquement à l’hôpital entre les vagues. Nous n’avons pas observé d’excès de décès chez les personnes vivant avec le VIH, mais la taille de l’échantillon était faible et nous n’avons pas évalué le niveau d’immunosuppression chez ces patients. [26]. Les patients admis pendant l’onde Omicron avaient besoin de moins d’oxygène à l’inscription, ce qui suggère qu’ils étaient moins malades à la présentation, bien que la mortalité globale n’ait pas été significativement inférieure. Ceci est cohérent avec d’autres études en Afrique subsaharienne où les patients admis avec COVID-19 pendant les vagues d’Omicron avaient une maladie comparativement moins grave [16, 27, 28]. Il y a une charge élevée de VIH et une faible couverture vaccinale contre le SRAS-CoV-2 au Malawi [29]cela fournit un environnement plausible pour l’émergence de nouveaux COV [30,31,32,33]. Il est crucial d’identifier rapidement les COV potentiels et de les signaler au niveau international. La poursuite de la surveillance génomique dans le pays au Malawi est donc importante au niveau local et mondial.
Tout au long de l’étude, il n’y avait pas d’assistance ventilatoire invasive et très limitée non invasive disponible pour les patients COVID-19 et aucun accès à de nouvelles thérapies telles que les antagonistes de l’interleukine-6. Les options thérapeutiques pour COVID-19 dans les milieux à revenu élevé se développent rapidement, avec le séquençage viral génomique utilisé pour guider les traitements (NICE). Cette étude met ainsi en évidence une inégalité importante dans la disponibilité des thérapeutiques mondialement recommandées pour le COVID-19 malgré des taux relativement élevés de mortalité hospitalière. Il n’est pas clair d’après cette étude si la réduction de la gravité observée dans l’onde Omicron a été affectée par l’immunité, soit dérivée d’un vaccin, soit acquise naturellement. Dans l’ensemble, 20,9 % des patients recrutés dans les vagues trois et quatre ont été vaccinés avec au moins une dose (principalement Astra-Zeneca ChAdOx1-S et J&J Ad26.COV2.S), ce qui est supérieur à la population de base dans l’ensemble, mais similaire aux taux vu dans la ville de Blantyre (25 % au moins une dose d’ici février 2022, communication personnelle, bureau de santé du district de Blantyre). Cependant, il y avait déjà des taux élevés de séropositivité parmi les donneurs de sang au Malawi avec 70% des adultes séropositifs pour le SRAS-CoV-2 en juillet 2021 lors de la vague Delta [34] suggérant une forte exposition de la population avec une immunité naturellement acquise.
Une force de notre étude est que nous avons effectué un séquençage et une analyse au Malawi directement liés à des données cliniques solides et systématiquement collectées. L’analyse dans le pays nous a permis de communiquer rapidement nos conclusions aux partenaires cliniques et de santé publique. La portabilité du séquenceur MinION était essentielle à notre succès dans l’établissement du séquençage au Malawi ; les protocoles de laboratoire public (18); logiciels de bioinformatique issus de la communauté scientifique (13) ; et l’infrastructure et le financement dont nous disposons en tant qu’institution de recherche internationale. La plateforme MinION fait désormais partie intégrante de la réponse aux épidémies, comme démontré pour le SARS-CoV-2 (19, 20), Ebola (21) et Zika (22). Cependant, même avec ce séquenceur portable et nécessitant peu d’entretien (sans contrat de service ni visite d’ingénieur requis) ; biologistes moléculaires et bioinformaticiens expérimentés ; et un soutien international considérable, il était encore très difficile d’établir une capacité de séquençage. En particulier, nous avons trouvé extrêmement difficile de se procurer des réactifs, et cela a été exacerbé par les fermetures de frontières et les restrictions de voyage. Comme il n’y a pas de cadre politique existant au Malawi pour l’intégration des données de séquençage dans la prise de décision en matière de santé publique, l’utilité de nos données pour les décideurs était limitée.
Notre étude a plusieurs limites. Nous avons produit un nombre relativement restreint de séquences. Cela était en partie dû au nombre limité de patients recrutés dans l’étude au cours de chaque vague, mais aussi parce que les patients présentaient fréquemment des valeurs de Ct trop élevées pour générer des données de séquence de bonne qualité. Deuxièmement, nos observations se limitent à un échantillon de patients hospitalisés dans un seul centre de la région sud du Malawi. La taille relativement faible de notre échantillon nuit à notre capacité à tirer des conclusions définitives sur l’association entre la vague et les résultats pour les patients. Enfin, nous reconnaissons que nous ne capturons peut-être pas toute la diversité du SRAS-CoV-2 circulant dans la communauté, car notre échantillonnage de patients hospitalisés représente un biais considérable en faveur des personnes atteintes d’une maladie grave, et il est probable qu’il y ait une sous-détermination importante de cas [34].
En conclusion, des protocoles de recherche clinique pragmatiques couplés à une capacité de séquençage portable nous ont permis d’améliorer notre compréhension des caractéristiques cliniques et de l’impact des multiples vagues de la pandémie de COVID-19 au Malawi. Nous recommandons que les bailleurs de fonds soutiennent le développement des capacités de surveillance génomique des agents de maladies transmissibles, en axant leurs stratégies sur les maladies endémiques, qui peuvent évoluer vers des scénarios de pandémies et d’épidémies selon les besoins. Un élément clé de ceci est le développement de réseaux robustes pour la production et la distribution de réactifs de biologie moléculaire, reflétant ce qui est développé pour les vaccins, car cela permettrait une réponse plus rapide et soutenue aux futures pandémies. Les défis et les opportunités découlant de ce travail sont détaillés dans l’encadré 1. La collecte de données et d’échantillons a été rendue possible grâce à la collaboration avec le consortium ISARIC. Cela nous a permis de recruter très rapidement des patients en utilisant des outils déjà développés pour la réponse à la pandémie. Nous avons également pu apporter des données cliniques précieuses provenant d’un milieu à faible revenu aux analyses mondiales.
