Un scientifique examine à nouveau les données des chiens viverrins, soulignant les inconnues

Une nouvelle étude des données génétiques d’un marché de Wuhan, en Chine, a déclaré que les données n’étayaient pas le cas selon lequel la pandémie avait commencé avec des animaux commercialisés illégalement, déclenchant un nouveau débat sur les échantillons que d’autres scientifiques considèrent comme des pièces essentielles du puzzle de la façon dont le coronavirus a atteint les humains.

Le nouvelle étudequi a examiné les quantités relatives de matériel animal et viral dans les écouvillons prélevés sur les surfaces du marché au début de 2020, a déclaré qu’il était difficile de tirer des conclusions quant à savoir si des échantillons donnés du virus provenaient d’animaux vivants infectés ou étaient simplement d’une contamination accidentelle.

Mais plusieurs experts extérieurs ont déclaré que l’analyse, publiée en ligne cette semaine par l’auteur de l’étude, Jesse Bloom, virologue au Fred Hutchinson Cancer Center, aurait pu être affectée par un certain nombre de variables inconnues et de décisions sur la façon de filtrer les données.

Pour ces raisons, ont-ils dit, les résultats n’ont pas beaucoup influencé leur impression des études précédentes. Des échantillons du marché contenant du matériel génétique animal et viral, ont-ils dit, étaient compatibles avec la possibilité qu’un animal là-bas – peut-être un chien viverrin – ait propagé le virus aux gens, mais n’ont pas prouvé que cela s’était produit.

“Je pense qu’il y a une chance assez raisonnable qu’ils aient attrapé un chien viverrin infecté, mais cela ne prouve pas que c’était l’origine”, a déclaré Frederic Bushman, microbiologiste à l’Université de Pennsylvanie, spécialisé dans l’analyse d’échantillons comme ceux prélevés à Wuhan. marché, mais qui n’a participé à aucune des études de marché. “Je ne pense pas que l’article de Bloom change tant que ça ma façon de penser.”

Chercheurs chinois a écrit sur les données du marché l’année dernière, puis a rendu les séquences génétiques disponibles cette année, permettant à une équipe de scientifiques internationaux de les étudier. Cette équipe écrit dans un rapport le mois dernier, sur la base des données, ils n’ont pas pu identifier de manière concluante un animal qui avait transmis le virus à l’homme.

Mais ils ont déclaré que les données confirmaient que des animaux soupçonnés d’être sensibles au virus, comme les chiens viverrins et les civettes palmistes masquées, un petit mammifère asiatique impliqué dans l’épidémie de SRAS il y a deux décennies, étaient vendus sur le marché fin 2019. les premiers patients de Covid-19 ont également travaillé ou fait leurs courses au marché.

Étant donné que le marché était l’un des quatre seuls endroits de Wuhan à vendre des animaux vivants susceptibles de propager le virus de manière plausible, les scientifiques ont déclaré qu’il était peu probable que tant de premiers patients soient liés au marché par pur hasard. Ils ont déclaré que les données génétiques s’appuyaient également sur d’autres preuves, notamment que deux premières lignées du virus étaient sur le marché.

L’étude de cette semaine a adopté une approche différente pour analyser les séquences de gènes.

Le Dr Bloom a cherché à savoir si la quantité de matériel génétique du virus était corrélée à la quantité de matériel génétique d’espèces animales sensibles dans les échantillons. Si une espèce sur le marché était en grande partie responsable de l’excrétion du virus, a-t-il déclaré dans une interview, il se serait attendu à voir un lien clair entre la quantité de matériel génétique du virus et la quantité de cette espèce.

Mais l’étude n’a trouvé aucune corrélation claire de ce genre. Au lieu de cela, les corrélations les plus fortes impliquaient divers poissons vendus sur le marché qui ne pouvaient pas avoir été infectés, une indication que les personnes infectées avaient probablement déposé du matériel viral là où se trouvait le poisson.

Le Dr Bloom a déclaré que cette découverte suggérait que le virus, également connu sous le nom de SRAS-CoV-2, s’était largement répandu sur le marché au moment où les écouvillons ont été collectés au début de 2020.

“De la même manière, nous ne devrions pas lire grand-chose sur le fait qu’il y a un tas de SRAS-CoV-2 mélangés à des échantillons d’achigan à grande bouche et de poisson-chat, nous ne devrions pas non plus lire grand-chose sur le fait qu’il y a un échantillon de chien viverrin avec une lecture du SRAS-CoV-2 », a déclaré le Dr Bloom.

Mais des experts extérieurs ont déclaré que diverses caractéristiques des échantillons pourraient perturber les efforts visant à corréler le matériel animal et viral. Les scientifiques internationaux ont déclaré dans leur rapport qu’ils avaient envisagé de mener une analyse similaire, mais qu’elle risquait de produire des résultats trompeurs. Le Dr Bloom a reconnu que “c’est une question ouverte de savoir si c’est une chose informative à calculer du tout.”

Le matériel génétique du virus se dégrade rapidement, a déclaré Christopher Mason, spécialiste de l’échantillonnage environnemental chez Weill Cornell Medicine. Fondamentalement, le matériel viral peut se décomposer à un rythme différent de celui du matériel provenant d’animaux, ce qui rend difficile leur comparaison dans des échantillons collectés au cours des semaines suivant la fermeture du marché.

Il se pourrait que les poissons aient été plus étroitement associés au virus simplement parce que les poissons étaient susceptibles d’avoir été congelés ou réfrigérés, ralentissant la décomposition du matériel viral dans ces échantillons, a déclaré Tom Wenseleers, biologiste de l’évolution à la KU Leuven en Belgique.

La dernière analyse “confirme que l’examen de ces types de corrélations ne vous dit presque rien quant à l’espèce hôte qui aurait pu être une source plausible de la pandémie”, a déclaré le Dr Wenseleers. Cela laisse les scientifiques dans la même situation qu’auparavant, a-t-il déclaré, avec des données de marché qui n’offrent aucune preuve concluante d’un scénario d’origine particulier.

La nouvelle étude a également examiné de près un écouvillon d’un chariot sur le marché dans lequel l’équipe internationale avait trouvé une trace du virus aux côtés des signatures génétiques de chiens viverrins, mais aucun matériel génétique détectable chez l’homme.

Le Dr Bloom a écrit que l’écouvillon ne contenait qu’une infime quantité de matériel viral et qu’il n’était pas clair pourquoi les chercheurs chinois avaient classé l’écouvillon comme Covid-positif. Son étude a révélé que l’écouvillon était le seul à contenir des quantités substantielles de matériel génétique de chien viverrin avec des traces du virus.

Certains scientifiques, cependant, ont déclaré que l’analyse du Dr Bloom risquait de rejeter d’autres écouvillons positifs pour Covid en fixant une barre trop élevée pour la quantité de matériel génétique animal dans un échantillon.

Le Dr Bushman, de l’Université de Pennsylvanie, a déclaré que le seuil utilisé dans l’analyse était “agressif” et qu’il était préférable de comparer les résultats obtenus à partir d’une série de seuils différents.

En utilisant un seuil plus sensible, l’équipe internationale de scientifiques a identifié plusieurs échantillons positifs pour Covid contenant du matériel génétique de chien viverrin, ainsi que d’autres avec des signatures génétiques de différents animaux que l’on pense être sensibles au virus.

Alexander Crits-Christoph, un biologiste informatique anciennement à l’Université Johns Hopkins qui a aidé à diriger l’analyse de l’équipe internationale, a déclaré que l’équipe a également examiné de près si les chercheurs chinois avaient eu raison de décrire l’écouvillon du chariot comme positif pour le virus.

Il a noté qu’un certain nombre d’autres écouvillons de la même stalle étaient clairement positifs pour le virus. Il a déclaré que les résultats d’échantillonnage ailleurs sur le marché indiquaient également que contrairement à l’écouvillon du chariot, la plupart des écouvillons vraiment négatifs ne contenaient aucune trace du virus.

“Il s’agit d’un échantillonnage environnemental d’un virus qui est une minuscule aiguille dans une botte de foin”, a déclaré le Dr Crits-Christoph.