Même s’il mute, Omicron conserve son statut de principal COVID-19[feminine] une variante. Selon les Centers for Disease Control and Prevention (CDC), la sous-variante BA.5 représente désormais 77,9% des cas aux États-Unis.
Une étude, publiée dans le Journal international des sciences moléculairesa cherché à mieux comprendre le profil de mutation d’Omicron et son impact sur les interactions avec les récepteurs et les anticorps monoclonaux.
« Tout au long de la pandémie, le virus a continué à devenir de plus en plus intelligent », a déclaré le Dr Kamlendra Singh, professeur au Collège de médecine vétérinaire de l’Université du Missouri, chercheur principal du Christopher S. Bond Life Sciences Center et auteur de l’étude. «Même avec les vaccins, il continue de trouver de nouvelles façons de muter et d’échapper aux anticorps existants. Omicron compte maintenant plus de 130 sous-lignées, et elles sont là depuis un bon moment. Nous sommes enfin en mesure de les détecter et de les différencier grâce à cette recherche.
En février 2022, les chercheurs ont analysé 8660 séquences génomiques disponibles pour la prévalence du profil de mutation BA.2. Ils ont effectué des simulations de dynamique moléculaire pour déterminer les structures des complexes pointe/récepteur et pointe/anticorps.
Ils ont analysé les structures disponibles du domaine de liaison au récepteur de pointe (S-RBD) de la souche COVID-19 originale, des souches Wuhan-Hu-1 et Omicron en conjonction avec des anticorps monoclonaux pour comprendre la fonction des mutations à l’interface.
Les chercheurs ont trouvé des différences significatives dans le nombre et la distribution des mutations entre Omicron BA.1 et BA.2. BA.2 a maintenu les contacts critiques avec ACE2 nécessaires à l’entrée virale, mais a évolué pour échapper davantage à la neutralisation par les anticorps monoclonaux. “Une combinaison de ces deux facteurs a fait de BA.2 une variante alarmante qui pourrait avoir un impact sur les stratégies de vaccination actuelles et futures”, ont écrit les auteurs de l’étude.
BA.2 a 50 mutations à prévalence élevée, contre 48 dans BA.1. Il y avait 17 mutations BA.1 non présentes dans BA.2, remplacées par 19 mutations uniques et la mutation signature Delta G142D. BA.2 avait 28 mutations de pointe de signature, tandis que BA.1 en avait 30. C’est parce que BA.2 avait 2 mutations révertantes, S446G et S496G, dans son RBD. Ces mutations révertantes rendent BA.2 quelque peu similaire à Wuhan-Hu-1, bien que le RBD de BA.2 soit plus stable que la souche mère.
Les enquêteurs ont conclu que BA.2 avait évolué avec de nouvelles mutations pour maintenir la liaison au récepteur similaire à la souche COVID-19 d’origine, échapper à la liaison des anticorps avec encore plus de succès que BA.1 et acquérir une mutation similaire à Delta qui peut être la source de haute infectiosité.
Singh a noté que les personnes qui ont été vaccinées ou infectées “naturellement” peuvent avoir généré des anticorps protecteurs contre certaines variantes, mais ceux-ci peuvent être rendus inefficaces car Omicron continue de muter. “Les diverses mutations peuvent sembler être des différences subtiles”, a-t-il déclaré, “mais elles sont très importantes”.
