Restrictions COVID-19 liées à la flambée des infections invasives à streptocoques du groupe A

Dans une étude récente publiée dans Eurosurveillanceles chercheurs ont cherché à savoir si un changement dans la structure des variantes pourrait être responsable de l’incidence accrue des infections à streptocoques du groupe A (SGA) de types invasifs (iSGA) et non invasifs (nSGA) à l’hiver 2023 ou si cela peut être mieux compris grâce à l’effet des limitations associées à la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) sur la transmission et l’immunité des streptocoques du groupe A dans la population.

Étude: Augmentation des infections invasives à streptocoques du groupe A et émergence d’une nouvelle sous-lignée en expansion rapide du clone virulent de Streptococcus pyogenes M1, Danemark, 2023. Crédit d’image : Jezper/Shutterstock.com

Arrière-plan

Plusieurs pays européens ont signalé une augmentation des infections iGAS et nGAS au cours des mois d’hiver 2022 et 2023. Dès fin 2022, une sous-variante virulente de le Streptococcus pyogenes Le clone M1 se propagera rapidement à travers le Danemark, contribuant à 30,0 % des infections à SGA agressives.

De nouvelles variantes avec une capacité de virulence plus élevée contribuent principalement à la prévalence de l’iSGA. Même les indels ou les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) peuvent avoir un impact sur la virulence des iGAS, soulignant la nécessité de surveiller les tendances génétiques et d’identifier de nouvelles variantes.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont examiné les progrès génétiques actuels et l’effet de l’émergence de nouvelles souches sur l’incidence des infections iSGA en 2023.

Les données de séquençage du génome entier (WGS) ont été examinées pour la surveillance iGAS à l’échelle nationale chez les individus danois en 2018.

Le SGA invasif n’était pas tenu d’être documenté au Danemark, sauf dans les cas de méningite ; néanmoins, les données de test des dix départements de microbiologie clinique (DCM) signalées à la base de données de microbiologie (MiBa) du pays ont été évaluées pour surveiller l’incidence de la maladie.

De plus, l’équipe a analysé les informations publiées par le WGS sur les cas d’infection invasive à SGA détectés en 2022-2023 en Islande, un pays avec une plus grande incidence d’iSGA au début de 2023.

Les chercheurs ont recueilli des rapports de culture cellulaire positifs au GAS à partir de 2018 et les ont regroupés en GAS invasif si l’échantillon provenait de liquide synovial, de sang, de péritoine, de liquide pleural, de liquide céphalo-rachidien ou de tissu stérile, et GAS non invasif si la souche en question avait été de tout autre type d’échantillon ou de tissu non stérile.

Les rapports de tests de laboratoire positifs répétés d’un sujet au cours d’un mois ont été traités comme un seul cas. Les informations WGS de 43 isolats collectés auprès de personnes hospitalisées pour une maladie grave en 2023 ont été évaluées pour caractériser les génomes iGAS en Islande.

L’équipe a recueilli des données sur la mortalité du système d’enregistrement civil du Danemark et des données sur les durées d’hospitalisation et de traitement en unité de soins intensifs (USI) du registre national des patients pour les infections invasives à SGA au Danemark.

Les chercheurs ont analysé les profils génétiques actuels des isolats de GAS invasifs (257 souches) et non invasifs (152 souches) obtenus par DCM chez des patients sélectionnés entre janvier et février 2023.

Résultats

Au total, 1 265,0 infections à SGA ont été identifiées entre 2018 et mai 2023 parmi six millions de Danois.

Pendant la pandémie de COVID-19, la nation danoise a connu des taux d’infection invasive à SGA historiquement bas. Pourtant, les cas ont commencé à augmenter rapidement en novembre 2022, avec un pic en janvier 2023.

L’incidence mensuelle des infections à SGA était de 118,0 cas sur 100 000 personnes (3,5 fois plus élevée que le pic d’incidence entre 2018 et 2019), et celle des infections invasives à SGA était de 1,70 cas sur 100 000 personnes (3,0 fois plus élevée que les taux entre 2018 et 2019). 2019).

Les taux d’incidence d’infection invasive à SGA les plus élevés ont été observés chez les personnes âgées de ≥ 85 ans, avec un pic de 7,40 cas parmi 100 000 personnes chaque mois.

Cependant, la plus forte augmentation par rapport aux limitations pré-pandémiques a été notée chez les enfants de moins de cinq ans, culminant à 3,20 cas parmi 100 000 enfants en mars 2023. Les taux de mortalité étaient comparables à ceux observés les années précédentes à tous les âges, avec 30,0 % chez les personnes plus âgées. personnes âgées de ≥ 85 ans et moins de 5,0 % parmi les moins de cinq ans.

Parmi les Islandais, 46 infections invasives à SGA ont été documentées jusqu’au 7 mai 2023, ce qui est supérieur à la moyenne annuelle de 15,0 cas entre 2010 et 2019. Une augmentation notable a été observée chez les enfants, les moins de cinq ans représentant 17 % (12 sur 69) des infections contre 11 % (47 sur 436) entre 1975 et 2021.

Les personnes âgées de ≥ 60 ans ont contribué à 33,0 % (23 sur 69) des infections, ce qui est inférieur à celui documenté entre 1975 et 2022 (214 sur 434 infections, 49 %).

Des données WGS de haute qualité étaient accessibles pour 839 des 1 019,0 (82 %) infections invasives à SGA identifiées entre janvier 2018 et février 2023, contre 11 % (47 sur 436) infections entre 1975 et 2021.

Les clones M1 ST28/EMM-1 et ST36/EMM-12 ont été identifiés le plus fréquemment comme les agents étiologiques des infections invasives à SGA de l’hiver 2023, responsables de 57% (n=87) et 24% (n=36) des infections, respectivement, de janvier à février 2023.

Chez les Danois, le M1_ROYAUME-UNI était la souche causale la plus prédominante des infections invasives à SGA avant la mise en œuvre des limitations associées au COVID-19. À tous les âges, sauf chez les personnes âgées de 15 à 44 ans, parmi lesquelles les infections à ST36 ont été plus fréquemment signalées.

La récente recrudescence des infections a coïncidé avec le nouveau M1_NSP émergence de souches responsables de 30,0 % des souches de SGA invasives séquencées en 2023.

M1DK était plus fréquent chez les iGAS que chez les nGAS, tandis que ST36 était surreprésenté dans les nGAS. Bien que le roman M1_NSP la lignée était surreprésentée dans les cas invasifs et comportait le risque le plus élevé de nécessiter un traitement en USI, sa virulence était similaire à d’autres variants M1 associés à des infections plus graves.

Le M1_NSP souche a été distinguée de la M1_ROYAUME-UNI et M1_mondial lignées en obtenant un phage portant l’endotoxine speC.

Conclusion

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré une augmentation des infections à SGA au Danemark au cours des mois d’hiver 2023. L’augmentation des infections invasives à SGA pourrait être due à la propagation rapide du M1_NSP lignée et l’évolution vers des variants M1 plus virulents.

L’expansion rapide de M1DK est principalement motivée par les circonstances uniques entourant les restrictions liées au COVID-19. Une faible immunité et une transmission réduite de GAS pendant les confinements peuvent avoir amélioré le développement de lignées individuelles.

Le M1_ROYAUME-UNI est la principale cause d’infections invasives à SGA dans quelques pays européens, ce qui indique que l’augmentation drastique des cas était également due à des facteurs au-delà des développements génomiques.