Il est de plus en plus évident que le monkeypox, comme Covid, peut être détecté de manière fiable dans les eaux usées. Pourtant, les États-Unis ont agi beaucoup trop lentement pour inclure le virus dans leurs analyses régulières des eaux usées pour le coronavirus. Au moment où les Centers for Disease Control and Prevention lanceront un programme dans un mois ou deux pour rechercher le monkeypox, le pire de l’épidémie est probablement passé.
Lorsqu’une personne est infectée par un virus, elle le “déverse” de diverses manières – excréments, urine, salive, sperme ou, s’il y a une éruption cutanée comme dans le cas de la variole du singe, à travers la peau qui se détache sous la douche. Tout cela tombe à l’eau, et avec lui, des preuves du niveau d’infections dans une communauté.
Depuis 2020, des chercheurs recherchent des fragments de SARS-CoV-2, le virus qui cause le Covid, dans les eaux usées. L’idée est que les personnes infectées jettent beaucoup de matériel génétique viral dans les toilettes avant de présenter des symptômes ou que le virus puisse être détecté par une PCR ou un test à domicile.
Cela fait des eaux usées une bonne sentinelle pour une augmentation des cas, permettant aux autorités de santé publique de contrôler l’épidémie en ajustant leurs recommandations sur des choses comme le port de masques ou la distanciation sociale.
Avec le Covid, c’est aussi devenu l’indicateur le plus fiable. L’avènement de tests à domicile faciles à utiliser signifie que beaucoup moins de cas sont officiellement signalés aux autorités de santé publique. Seuls les tests sur les eaux usées ont reflété la véritable propagation du virus dans les ondes delta et omicron.
Les scientifiques ont encore une compréhension limitée de la façon dont les gens excrètent la variole du singe. Pourtant, tout signal dans les eaux usées au cours des derniers mois aurait pu aider à diriger les ressources rares – tests, vaccins et traitements – et à accroître l’éducation dans les endroits où les cas pourraient bouillonner.
Alors pourquoi ne pas tout mettre en œuvre pour étendre immédiatement l’infrastructure existante afin de rechercher le monkeypox ? Ce qui est appris pourrait aider à freiner l’épidémie actuelle d’une maladie parfois douloureuse qui, au 29 août, totalisait plus de 18 100 cas. Et même si les cas diminuent à New York, donnant aux responsables de la santé l’espoir que le virus recule, un meilleur effort de surveillance aiderait le pays à répondre aux futures épidémies, qu’il s’agisse de monkeypox ou d’un autre agent pathogène.
Le problème aux États-Unis est le système fragmentaire de détection des eaux usées. La pandémie de Covid-19 a incité le CDC à mettre en place le système national de surveillance des eaux usées, qui agit comme une sorte de centre d’échange pour les données des différents services de santé. L’agence finance les analyses des eaux usées, qui sont effectuées par un large éventail de groupes allant des universités aux systèmes hospitaliers en passant par les systèmes de santé publique des villes. Et le CDC fait des recommandations sur les méthodes de collecte et d’analyse des échantillons pour Covid, mais pas encore pour le monkeypox.
Mais ce ne sont que des recommandations. Lorsqu’il s’agit de déterminer les agents pathogènes à tester, la décision reste entre les mains des autorités locales, et non du CDC. Cela reflète en partie une culture du CDC mieux adaptée pour fonctionner comme un centre de données et de recherche que comme l’agence de santé publique de première ligne qui répond rapidement à une menace émergente.
Cela signifie que peu d’endroits ont pris la peine de tester les eaux usées pour le monkeypox. Ceux qui ont ajouté le virus à leurs analyses ont été frustrés par l’absence de système au CDC pour collecter et partager officiellement les données.
La beauté des eaux usées est qu’il s’agit d’une lecture impartiale. Un seul échantillon peut refléter des milliers de personnes dans une communauté donnée, qu’elles présentent ou non des symptômes.
Le virus Monkeypox a été détecté pour la première fois dans les eaux usées de la région de la baie de San Francisco fin juin par un groupe de chercheurs de l’Université de Stanford et de l’Université Emory, qui depuis fin 2020 dirigent le Sewer Coronavirus Alert Network, ou SCAN. Ce résultat est survenu à peine un mois après l’identification du premier cas de virus aux États-Unis, et à un moment où les tests cliniques étaient désespérément limités.
À la mi-juillet, l’équipe avait découvert le virus dans sept des 11 sites qu’elle surveille dans la Bay Area. Quelques semaines plus tard, après avoir étendu la surveillance à des sites dans sept autres États, le groupe avait détecté la variole du singe dans les eaux usées en Géorgie, en Idaho, au Michigan et au Texas.
C’est la preuve que les eaux usées peuvent être rapidement déployées pour les infections émergentes. Les scientifiques sont de plus en plus aptes à comprendre comment déterminer la meilleure façon de prélever des échantillons (même si l’estomac tourne mal, il y a un débat sur le test des liquides par rapport aux solides) et à concevoir rapidement des moyens de les analyser avec précision.
Mieux, les travaux du groupe suggèrent que les tests de dépistage du monkeypox dans les eaux usées peuvent être assez sensibles. Au moment où les premiers échantillons d’eaux usées de l’Idaho sont revenus positifs pour le monkeypox, l’État n’avait signalé que sept cas de virus.
L’équipe des eaux usées du CDC commence lentement à s’adapter. L’agence a déclaré qu’elle étendrait temporairement sa collecte de données pour inclure le monkeypox au cours des quatre à six prochaines semaines et qu’au début de 2023, elle demanderait à ses partenaires de rechercher la grippe, le norovirus, un champignon appelé Candida aurus et certains types de bactéries résistantes aux antibiotiques.
Ces progrès sont les bienvenus, mais tardifs. Les États-Unis ne sont peut-être que quelques mois après le début de l’épidémie de monkeypox, mais imaginez si un effort concerté pour le détecter dans les eaux usées s’était matérialisé plus tôt. Les autorités de santé publique auraient eu une meilleure maîtrise de l’étendue de la propagation et auraient pu s’assurer que les communautés vulnérables étaient informées du virus.
Covid, polio, monkeypox – ce ne seront pas les dernières menaces pathogènes. Les États-Unis devraient donner la priorité à un système de détection des eaux usées robuste et bien coordonné qui peut rapidement pivoter et guider notre réponse à toute urgence sanitaire à venir.
Bloomberg
