La plupart des développements peuvent être bien mieux interprétés après coup que lorsque nous sommes en plein milieu. Cela s’applique à la plupart des développements sociaux ainsi qu’au développement évolutif du coronavirus. Début 2022 j’ai dans cet article a déjà tenté sérieusement d’interpréter le développement évolutif potentiel du coronavirus. La variante Omikron n’était apparue que récemment et il y avait encore beaucoup d’incertitude quant à l’évolution de la pandémie corona. J’ose maintenant interpréter le développement évolutif du coronavirus et l’évolution future de la pandémie corona avec beaucoup plus de certitude. Alors que j’ai supposé dans l’article cité qu’une nouvelle variante pourrait simplement apparaître et relancer la pandémie, je considère maintenant un tel scénario comme beaucoup plus improbable. Cela a bien sûr tout à voir avec les propriétés relativement douces d’Omikron.
Tendance évolutive vers une propagation plus rapide
Au cours de l’évolution, les nouvelles variantes de virus ont tendance à se propager plus rapidement que les variantes précédentes. Une telle évolution est en fait une condition préalable à la réussite du déplacement de la ou des variantes précédentes. Une propagation plus rapide se résume à (une combinaison de) un risque d’infection plus élevé, un temps d’incubation plus court, une pathogénicité réduite ou un contournement partiel de l’immunité précédemment construite. La variante Omikron semble avoir parcouru ces chemins simultanément pour supplanter les variantes précédentes. Cela a conduit, entre autres, au fait qu’Omikron est nettement moins pathogène que les variantes précédentes.
En principe, l’émergence d’un nouveau variant qui ne présente plus de chevauchement avec les variants précédents en termes de réponse immunitaire, ce nouveau variant n’a plus à concurrencer les variants précédents en termes de vitesse de propagation. Auquel cas il serait levé complètement hors compétition. Essentiellement, dans ce cas, un tout nouveau virus est apparu qui pourrait raviver la pandémie corona. Sur la base de mon analyse ci-dessous, je considère maintenant un tel scénario du “pire des cas” comme beaucoup plus improbable. Dans un sens évolutif, la variante Omikron a clairement emprunté des voies vers une pathogénicité réduite en plus d’un taux de propagation plus élevé. J’ai énuméré ci-dessous les principaux mécanismes qui ont conduit à cela.
Risque d’infection plus élevé
Au fil du temps, des mutations accidentelles ont entraîné des variantes qui s’attachent préférentiellement ou plus catégoriquement à notre épithélium ou tissu pulmonaire supérieur. Cela signifie un risque d’infection plus élevé et donc une propagation et un déplacement plus rapides par rapport aux variantes précédentes. Dans ce cas précis, ce risque d’infection plus élevé entraîne également une pathogénicité réduite. L’infection de l’épithélium pulmonaire supérieur, contrairement à l’infection de l’épithélium pulmonaire inférieur, est moins susceptible de provoquer des troubles ou des difficultés respiratoires graves.
Temps d’incubation plus court
De plus, des mutations accidentelles ont entraîné une réduction de plus ou moins de moitié de la période d’incubation (le temps entre l’infection et l’infectiosité ultérieure) par rapport au virus d’origine. Cela conduit également à une propagation plus rapide et à une éviction par rapport aux variantes précédentes.
Pathogénicité réduite
La pathogénicité réduite des variantes d’Omikron signifie également que les personnes infectées continuent potentiellement d’être infectées plus longtemps. En effet, ils sont parfois à peine conscients de leur contagiosité ou associent le virus à un rhume régulier. Ergo : un spread plus rapide et un évincement par rapport aux variantes précédentes.
Contourner l’immunité précédemment construite
Le contournement partiel des versions d’immunité précédentes permet aux variantes d’Omikron de rivaliser plus efficacement avec les variantes précédentes, ce qui entraîne une propagation et une éviction plus rapides par rapport aux variantes précédentes.
Autres mécanismes qui augmentent le taux de propagation
Les mutations qui, de toute autre manière, conduisent à un taux de propagation plus élevé – par exemple en raison de la libération de plus de particules virales, d’une survie plus longue sur les surfaces, etc. – conduisent également à déplacer avec succès les variantes précédentes.
Les variantes corona actuelles se sont adaptées à leur hôte humain
C’est précisément ce potentiel de déplacement évolutif de diffusion plus rapide qui conduit à une pression de sélection naturelle par laquelle les mutations aléatoires ayant les conséquences susmentionnées sont sélectionnées par rapport aux mutations à effet neutre ou opposé. Les variants actuels se sont ainsi adaptés à leur hôte humain et ont progressivement développé une configuration génique garantissant une propagation plus rapide vis-à-vis de cet hôte humain.
Néanmoins, il ne peut être exclu que des mutations surviennent qui lèvent complètement le coronavirus de la compétition en contournant complètement l’immunité existante. Cependant, plus le coronavirus s’est adapté à son hôte humain, plus il est peu probable qu’il conduise à une autre pandémie. Après tout, les chemins déjà empruntés ont déjà permis à la maladie de devenir beaucoup moins grave, avec laquelle le virus se développe apparemment en un rhume régulier. D’une part, en raison de la pathogénicité réduite en soi et, d’autre part, en raison de l’infection typique de l’épithélium pulmonaire supérieur, qui contribue également à une pathogénicité réduite.
Même si une variante émerge qui contourne complètement l’immunité existante, cette variante portera toujours une partie importante des caractéristiques qui ont fait d’Omikron la variante dominante. Les propriétés existantes ne peuvent pas simplement être annulées sur la base de mutations accidentelles. De plus, ces traits existants serviront et bénéficieront également à la nouvelle variante, tout comme ils le font pour les variantes Omikron actuelles.
Presque tous les virus humains ont commencé comme des zoonoses
La principale différence entre Omikron et le virus original de Wuhan est que la variante originale est passée directement du monde animal à l’humanité. Ces soi-disant zoonoses se sont adaptées à leur hôte animal, mais pas encore à l’humanité. Cela signifie que le virus saute avec un ensemble de traits plus ou moins optimisés pour l’infection et la transmission chez l’animal hôte. D’une part, cela peut conduire à ce que le virus n’ait pas ou pas suffisamment de possibilités d’infection et de transmission ultérieure à son nouvel hôte humain. Dans ce cas, la propagation supplémentaire s’arrêtera brutalement et elle ne se propagera pas ou à peine plus loin au sein de la population humaine.
Si, en revanche, le virus animal a des possibilités suffisantes d’infection et de transmission ultérieure à son nouvel hôte humain, on parle d’une véritable zoonose à propagation. Bien qu’un virus ne profite généralement pas du fait de rendre son hôte gravement malade – après tout, cela entrave finalement sa propagation – les caractéristiques de chaque zoonose sont totalement imprévisibles. Après tout, le virus s’est adapté à son hôte animal et il est impossible de dire à l’avance comment ces propriétés se rapportent au sein d’un hôte humain. C’est pourquoi les zoonoses se déplacent sur un spectre allant de potentiellement complètement inoffensif à extrêmement écoeurant ou mortel.
Les virus endémiques sont souvent relativement bénins
Les virus que l’humanité porte depuis longtemps (en l’occurrence les virus endémiques), ont généralement déjà évolué vers une apparence relativement bénigne en raison des cinq voies de développement potentielles décrites précédemment. Par exemple, pensez à la rougeole, la varicelle, la rubéole, la scarlatine, les oreillons, divers rhumes, etc. Infections relativement bénignes (toujours sauf exceptions individuelles) avec un risque infectieux extrêmement élevé sans exception. Cela est dû au fait que ces virus circulent depuis longtemps au sein de la population humaine et se sont donc adaptés à nos caractéristiques physiques en termes de vitesse de propagation optimale et de pathogénicité réduite généralement associée.
Quelque chose de similaire semble maintenant être le cas avec le coronavirus. En soi, il est remarquable que ce processus se soit largement déroulé en deux ans. Cela donne une toute autre vision de l’endémie des zoonoses. Auparavant, les virologues étaient convaincus que de tels processus prendraient au moins des décennies. En général, les infections virales semblent s’adapter plus fortement à nos caractéristiques physiques que les infections bactériennes. Cela est sans doute dû au fait que les infections virales dépendent directement de notre biologie (génétique), contrairement aux infections bactériennes, qui (peuvent) être beaucoup plus indépendantes de notre biologie (génétique). Ceci est bien sûr encore plus vrai pour les infections parasitaires.
Si des maladies potentiellement pandémiques comme Ebola, Marburg, le VIH, etc. se manifestent si sévèrement, c’est en grande partie parce qu’elles ne survivent pas ou peu ou pas encore assez longtemps pour s’adapter suffisamment à leur nouvel hôte humain. Ou dans le cas où un virus est incapable de s’adapter suffisamment à son nouvel hôte humain pour des raisons génétiques typiques, l’hôte humain ne s’est pas encore suffisamment adapté au virus par la sélection naturelle (c’est-à-dire la mort et l’infertilité). À gauche ou à droite, l’impact des zoonoses sur de plus longues périodes au sein d’une population d’hôtes diminuera généralement fortement car la pathogénicité relative du virus diminue avec le temps. C’est simplement ainsi que fonctionne la sélection naturelle !
Pourquoi la grippe ne fait pas exception à cela
Le fait que la grippe ne semble pas suivre cette évolution vers des formes plus bénignes a tout à voir avec le fait que les pandémies graves de grippe sont simplement le résultat des virus de la grippe qui se propagent sans cesse à partir des hôtes d’origine (c’est-à-dire la volaille, la volaille, cochons) à l’humanité. Les virus de la grippe peuvent donc, dans une certaine mesure, être considérés comme des zoonoses distinctes qui refont régulièrement la transition vers l’humanité.
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