Le coronavirus s’est installé chez les animaux. Pourquoi cela augmente le risque pour les gens

La pandémie de COVID-19 recule rapidement dans notre mémoire collective. Mais le virus qui l’a causé vit dans nos égouts, nos arrière-cours et peut-être même recroquevillé dans un endroit ensoleillé sur le sol du salon.

Le coronavirus qui a poussé plus de 750 millions d’infections chez les humains et près de 7 millions de décès se sont également propagés aux créatures grandes et petites. Les lions et les tigres l’ont attrapé. Ayez donc des chiens et des chats de compagnie. Les scientifiques ont même trouvé le SARS-CoV-2 chez les tatous, les fourmiliers, les loutres et les lamantins, entre autres.

Au moins 32 espèces animales dans 39 pays ont eu des infections à coronavirus confirmées. Pour la plupart, les animaux ne tombent pas très malades. Pourtant, certains sont capables de transmettre le virus à d’autres membres de leur espèce, tout comme les humains asymptomatiques qui sont devenus des «diffuseurs silencieux».

La capacité du coronavirus à infecter autant d’animaux différents et à se propager au sein de certaines de ces populations est une nouvelle inquiétante : cela signifie qu’il n’y a pratiquement aucune chance que le monde soit un jour débarrassé de ce coronavirus particulièrement destructeur, ont déclaré les scientifiques.

Et ce n’est même pas le pire : tant que le SRAS-CoV-2 se propage chez les animaux, le virus a la possibilité d’acquérir de nouvelles mutations qui pourraient le rendre plus dangereux pour les humains. Si les circonstances s’alignent, le résultat serait une pandémie 2.0.

Les scientifiques ne disent pas que ce scénario est probable. Mais ce n’est pas si farfelu.

En fait, cette séquence d’événements – un virus qui passe des animaux aux humains et capitalise sur les lacunes de notre immunité – est à l’origine de la plupart des épidémies “zoonotiques”. Cela reste l’explication la plus probable de la façon dont un coronavirus circulant chez les chauves-souris en fer à cheval en Chine est venu infecter les humains en premier lieu.

Lorsqu’un virus qui a rendu les humains malades recule mais continue de circuler au sein d’une population d’animaux, ces créatures deviennent ce que les scientifiques appellent un réservoir. Au sein d’un troupeau, d’un troupeau, d’un troupeau, d’une meute ou d’un groupe, il préserve tranquillement son potentiel de réinfecter les humains et de raviver les épidémies.

Le virus peut s’adapter à son hôte animal en retournant quelques commutateurs génétiques. Le résultat pourrait être un agent pathogène que le système immunitaire humain ne reconnaît plus ou qui cause une maladie plus grave que la dernière fois.

Pour faire de vrais dégâts, les réservoirs animaux doivent être en contact régulier avec les humains. Il peut s’agir de bétail dans des fermes, d’animaux de compagnie ou de voisins fauniques qui laissent leur salive ou leurs excréments dans nos cours ou sur des sentiers de randonnée.

La question de savoir si une espèce particulière peut être considérée comme un réservoir pour le SRAS-CoV-2 est une question vivement débattue parmi les scientifiques en ce moment, a déclaré Dr Angela Bosco-Lauthun vétérinaire de l’Université de l’État du Colorado qui étudie les maladies zoonotiques.

Jusqu’à présent, aucune espèce n’a coché toutes les cases, “ce qui ne veut pas dire que nous devrions l’appeler et arrêter de chercher”, a-t-elle déclaré. « C’est difficile à prévoir. Mais nous savons que si nous ne cherchons pas, nous ne le trouverons pas.

EJ Isaac, un biologiste des poissons et de la faune du Minnesota, place un échantillon d’écouvillon dans un flacon tout en effectuant un test de coronavirus sur un cerf.

(Laura Ungar/Associated Press)

Des virologues, des immunologistes et des scientifiques de la faune ont montré que quelques espèces possèdent certaines des capacités nécessaires pour devenir un réservoir.

Une population animale — cerf de Virginie – continue de transmettre le SRAS-CoV-2 entre eux. Un autre – Vison d’Amérique — peut non seulement être infecté mais réinfecté avec le virus pandémique, ce qui laisse entrevoir la possibilité qu’il puisse vivre indéfiniment. Dans les deux cas, des études ont montré que le coronavirus mute activement pour s’adapter à une nouvelle espèce hôte.

Il y a aussi le phénomène documenté d’élevage vison au Danemark et animalerie hamsters à Hong Kong transmettant le virus aux humains.

Le nombre d’espèces sauvages susceptibles d’héberger le virus est important. Un groupe dirigé par des généticiens de l’UC Davis a découvert qu’en plus des humains, 46 espèces de mammifères ont des récepteurs sur leurs cellules qui suggèrent qu’ils sont vulnérables à l’infection par le SRAS-CoV-2.

L’Organisation mondiale de la santé craint tellement que les animaux ne deviennent des sanctuaires pour le virus pandémique qu’elle appelé tous les pays membres d’exercer une surveillance active de leur faune. Cervidés – la famille d’animaux qui comprend les cerfs – existent sous diverses formes partout dans le monde et sont considérées comme des candidats de choix pour fournir un réservoir de coronavirus. Les autres principaux prétendants sont les singes et les «primates de l’Ancien Monde» – macaques, babouins, gorilles et chimpanzés – dont la similitude génétique avec les humains les rend susceptibles à l’infection, et dont l’exposition aux humains dans le monde est importante.

Un visiteur masqué observe un orang-outan dans un enclos du zoo de Schoenbrunn à Vienne, en Autriche.

(Ronald Zak / Associated Press)

La seule espèce pour laquelle les scientifiques ont documenté la propagation continue du virus pandémique est le cerf de Virginie, le grand mammifère le plus abondant en Amérique du Nord et un habitant des arrière-cours et des zones boisées dans une grande partie du pays. Dans les endroits aux États-Unis où les animaux sont densément concentrés, au moins un tiers auraient été infectés par le virus à un moment donné de la pandémie. (Il a été démontré que les cerfs-mulets, qui sont plus courants dans l’Ouest, entretiennent et transmettent également des infections à coronavirus.)

UN étude publié en janvier a révélé que les cerfs de Virginie continuaient d’héberger les variantes de coronavirus Alpha, Delta et Gamma longtemps après qu’ils aient cessé de circuler dans la population américaine. Le fait que les populations de cerfs puissent maintenir ces variantes en vie et s’épanouir même après avoir quitté l’homme est considéré comme un signe fort que les cerfs pourraient bien servir de réservoirs pour le virus pandémique.

Les cerfs abattus par des chasseurs dans tout l’État de New York ont ​​​​réservé d’autres surprises : lorsque le virus traversait les troupeaux, il a pris de nouvelles mutationsdont plusieurs dans la protéine de pointe qu’il utilise comme clé pour entrer et infecter les cellules.

Jeff Bowmanun scientifique de la faune de la province de l’Ontario, au Canada, est l’auteur principal de recherche qui a documenté la découverte chez le cerf sauvage non seulement d’un virus avec un nombre record de 76 mutations, mais aussi d’une transmission « par ricochet » d’une autre souche d’un cerf à un humain. Pourtant, il a reconnu que si les cerfs étaient devenus un réservoir pour le virus SARS-CoV-2 “reste une question ouverte pour le moment.”

Dans les populations humaines, le virus pandémique a souvent inversé les commutateurs génétiques, principalement de manière neutre ou qui le rendait moins menaçant. Mais à mesure qu’il s’installe parmi de nouvelles populations hôtes, il peut très bien évoluer de différentes manières.

“Quand ils entrent, ils ne sont pas subtils”, a déclaré le virologue moléculaire de l’Université de l’État de Washington Michel Letko, qui a étudié comment les membres de la famille des coronavirus s’adaptent aux nouveaux hôtes. “Ils échappent aux réponses immunitaires et essaient de survivre.”

Naphisa, une femelle léopard des neiges de 3 ans au zoo de San Diego, a attrapé une toux due à une infection à coronavirus en juillet 2021.

(Alliance de la faune du zoo de San Diego)

Cela exerce une pression énorme sur le mécanisme de verrouillage du virus – sa protéine de pointe – pour adopter toutes les mutations qui l’aident à faire le travail. Que ces mutations rendent également le virus plus virulent n’est “que la chance du tirage au sort”, a déclaré Letko. “C’est l’inconnu qui rend les choses un peu délicates.”

Le gouvernement canadien a onglets gardés sur le virus chez ses cerfs et d’autres populations d’animaux sauvages en adossant sa surveillance à un programme existant pour détecter la maladie débilitante chronique et la rage. Des chasseurs et des trappeurs ont été enrôlés pour apporter leurs récoltes aux chercheurs à des fins de test, et des équipes de la faune ramassent des carcasses d’animaux dans les bois et raclent les victimes de la route pour compléter le tableau.

Aux États-Unis, le ministère de l’Agriculture Services d’inspection zoosanitaire et phytosanitaire échantillonne des cerfs de Virginie dans la nature depuis novembre 2021 et devrait bientôt publier de nouvelles découvertes.

Jusqu’à présent, rien ne prouve que les mutations détectées après le séjour du virus chez les cerfs de Virginie à New York l’aient rendu plus dangereux de quelque manière que ce soit. Mais l’effet de tout changement pourrait ne pas devenir évident jusqu’à ce qu’un cerf infecté le transmette à un humain.

Finlay Maguireépidémiologiste génomique des maladies infectieuses à l’Université Dalhousie à Halifax, en Nouvelle-Écosse, est l’un des chercheurs canadiens surveillance la propagation du SRAS-CoV-2 chez le cerf de Virginie là-bas, et il n’a pas détecté de changements génétiques inquiétants – jusqu’à présent.

“Nous n’avons pas vu de signes de forte pression sélective qui rendraient [the virus] mieux adapté aux humains », a-t-il déclaré.

Il existe également d’autres recherches rassurantes : les chercheurs n’ont trouvé aucune raison de croire que les oiseaux peuvent attraper le coronavirus. C’est important parce que les oiseaux affluent, volent et migrent, et sont également élevés comme bétail. Tous ces attributs en font des propagateurs exceptionnellement prolifiques d’agents pathogènes capables d’infecter les humains. (Exemple : grippe.)

Les chercheurs ont également exclu la capacité des porcs, des bovins, des moutons, des chèvres, des alpagas, des lapins et des chevaux à supporter une infection par le SRAS-CoV-2 – un soulagement étant donné que ces animaux d’élevage sont en contact régulier avec des soignants humains.

Bosco-Lauth, de l’État du Colorado, a déclaré que les animaux qui vivent le plus près des humains – les chiens et les chats – peuvent être infectés, mais il est peu probable qu’ils servent de réservoirs efficaces pour le virus. Les chiens peuvent lécher nos visages et les chats éternuent volontiers dedans. Mais ni l’un ni l’autre n’a montré qu’il est capable de transmettre efficacement le virus, que ce soit à leurs colocataires humains ou à d’autres de leur espèce.

Elle a ajouté que les chercheurs n’ont pas encore trouvé d’espèce qui, lorsqu’elle est infectée, excrète beaucoup de virus vivants dans ses excréments. On a beaucoup parlé de la découverte de rats infectés vivant près des égouts de New York. Mais s’ils ne peuvent pas transmettre l’agent pathogène par leurs excréments, les rats et autres animaux sauvages ne sont pas susceptibles d’infecter les humains de manière très efficace.

“Il n’y a pas beaucoup d’espèces sauvages qui m’inquiètent vraiment”, a déclaré Bosco-Lauth.

Il y a une espèce, cependant, qui continue de susciter des inquiétudes parmi les scientifiques : un homme sage.

“COVID-19 circule toujours dans la population humaine, et les gens sont infectés et réinfectés à plusieurs reprises”, a déclaré Graham Belham, un virologue de l’Université de Copenhague qui a étudié la propagation du virus pandémique chez les visons d’élevage au Danemark. “Le virus n’a pas disparu, donc les gens sont probablement la plus grande menace pour les autres pour les années à venir.”