Importance de la surveillance des eaux usées du SRAS-CoV-2

SARS-CoV-2/COVID-19 dans les eaux usées
Prochaine étape dans la surveillance des eaux usées du SARS-CoV-2/COVID-19
Les références
Lectures complémentaires

Bien que l’inhalation de gouttelettes/aérosols et le contact de personne à personne puissent être considérés comme les principaux modes de transmission de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), des études récentes ont révélé que l’ARN du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) peut également être détecté dans les eaux usées.

La communauté scientifique prend de nouvelles mesures pour étudier les eaux usées en tant que source potentielle de risques pour la santé humaine et les données épidémiologiques en tant que système d’alerte précoce pour le COVID-19.

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SARS-CoV-2/COVID-19 dans les eaux usées

Le SARS‐CoV‐2, qui a conduit à la crise pandémique du COVID-19, représente le troisième coronavirus zoonotique, après les épidémies de SARS-CoV et de MERS-CoV. La surveillance des eaux usées ou de l’environnement est une méthode prometteuse pour la surveillance ou le dépistage de masse, qui peut aider à générer des données utiles pour les systèmes d’alerte précoce contre les agents pathogènes émergents, tels que le SRAS-CoV-2.

Des rapports récents ont révélé que le SRAS-CoV-2 circulait dans les fosses septiques, les eaux usées et les eaux usées médicales. La surveillance des eaux usées permet des fermetures et des réouvertures correctement planifiées et ciblées dans certaines zones géographiques densément peuplées qui disposent de faibles ressources.

Pour augmenter la sensibilité des tests de détection, des méthodes de concentration virale telles que la floculation modifiée du lait écrémé, le système de filtration à sac, l’ultrafiltration via une concentration de filtration millipore et la précipitation au polyéthylène glycol doivent être utilisées.

Le monde vise désormais à faire des études de surveillance épidémiologique économique et à disposer de protocoles idéaux pour détecter et quantifier le SRAS-CoV-2. Même si des campagnes massives de tests RT‐PCR sont menées dans le monde entier pour suivre le COVID-19, cela ne peut malheureusement pas être considéré pendant longtemps comme un outil de surveillance crédible pour la population générale.

Des rapports récents ont révélé que le SRAS-CoV-2 est détecté dans les selles de patients infectés par le COVID-19, et que le SRAS-CoV-2 infectieux a été signalé dans les selles de patients atteints de COVID-19 sévère. Le SARS-CoV-2 pourrait encore être détecté dans les selles, même lorsque les voies respiratoires deviennent indemnes ou négatives du SARS-CoV-2, soulevant de nombreuses questions sur l’importance des eaux usées et de leur traitement contre le SARS-CoV-2.

Le SRAS-CoV-2 peut provoquer des infections asymptomatiques ou paucisymptomatiques, ce qui pourrait ajouter plus de limitations pour déterminer le degré réel de SRAS-CoV-2 en circulation dans la communauté.

Il n’y a pas d’image claire de l’étendue de la contamination environnementale et du mode de transmission. Ong et al. ont rapporté qu’un patient présentant une atteinte des voies respiratoires supérieures sans signes cliniques de pneumonie avait deux échantillons de selles positifs pour le SRAS-CoV-2 sans symptômes diarrhéiques, ce qui implique que l’excrétion du SRAS-CoV-2 dans les selles pourrait être une voie de transmission possible.

Par conséquent, il est essentiel de disposer de plus de données sur le mode de transmission du COVID-19 dans les égouts et les eaux usées pour évaluer le risque possible pour les travailleurs des égouts et la population en général et évaluer si la surveillance des eaux usées est considérée comme une méthode idéale pour surveiller le COVID-19. 19 dans la communauté.

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Prochaine étape dans la surveillance des eaux usées du SARS-CoV-2/COVID-19

Pendant ce temps, la surveillance des eaux usées représente une méthode moins biaisée pour estimer la propagation de l’infection dans différentes zones, en particulier dans les pays en développement disposant de ressources limitées pour la surveillance et le diagnostic clinique. La détection actuelle du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées est principalement basée sur la RT-PCR, qui est laborieuse, coûteuse, chronophage et à forte intensité de main-d’œuvre.

Amplification isotherme médiée par une boucle de transcription inverse (RT-LAMP) est désormais largement utilisé comme alternative idéale à la RT-PCR car la RT-LAMP est un test rapide, bon marché, spécifique, sensible et facile à utiliser. RT-LAMP peut détecter le SRAS-CoV-2 directement à partir d’échantillons cliniques sans nécessiter d’extraction d’ARN viral. RT-LAMP est actuellement utilisé pour la détection du SRAS-CoV-2 dans les échantillons d’eaux usées.

RT-LAMP présente de nombreux autres avantages, tels que l’exclusion d’un thermocycleur, la sensibilité, la vitesse et la robustesse à l’inhibiteur d’échantillon, ce qui en fait une alternative idéale à la RT-PCR. L’amplification isotherme en boucle prend moins d’une heure pour amplifier le matériel génétique de l’agent pathogène, avec quatre à six amorces garantissant une haute spécificité.

La microfluidique est une technologie émergente, jetable et rentable pour diagnostiquer rapidement les infections virales. La technologie microfluidique représente une alternative aux analyses de laboratoire chronophages et laborieuses.

Les technologies microélectroniques et les systèmes microélectromécaniques jouent un rôle central dans le développement de puces microfluidiques, capables de manipuler d’infimes quantités de fluides et d’en extraire des informations, offrant ainsi la possibilité d’acquérir rapidement des informations à partir d’un volume infime d’échantillons. Donia et ses collègues ont intégré la RT-LAMP et la technologie microfluidique pour détecter le SRAS-CoV-2 dans les eaux usées.

Les références

• Donia, A.; Hassan, S.-u.; Zhang, X.; Al-Madboly, L.; Bokhari, H. La crise du COVID-19 crée une opportunité pour la surveillance et la surveillance mondiales. Agents pathogènes. 2021, dix256
• Kitajima, M., et al., SARS-CoV-2 dans les eaux usées : état des connaissances et besoins de recherche. Science de l’environnement total, 2020. 739 : p. 139076.
• Oran, DP et EJ Topol, Prévalence de l’infection asymptomatique par le SRAS-CoV-2. Annales de médecine interne2021. 174(2) : p. 286-287.
• Al Huraimel, K., et al., SARS-CoV-2 dans l’environnement : Modes de transmission, détection précoce et rôle potentiel des pollutions. Science de l’environnement total, 2020 : p. 140946.
• Ong, Sean Wei Xiang, Yian Kim Tan, Po Ying Chia, Tau Hong Lee, Oon Tek Ng, Michelle Su Yen Wong et Kalisvar Marimuthu. “Contamination de l’air, de l’environnement de surface et des équipements de protection individuelle par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) d’un patient symptomatique.” JAMA 323, non. 16 (2020): 1610-1612
• est ce que je: 10.1001/jama.2020.3227
• Donia, Ahmed, et al. “Intégration de RT-LAMP et de la technologie microfluidique pour la détection du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées en tant que plate-forme avancée au point de service.” bioRxiv (2021).

Lectures complémentaires