Des chercheurs de l’Université de Californie à Berkeley et de l’Université Johns Hopkins ont découvert, dans une étude publiée le 30 juillet 2026 dans la revue Science, que l’ADN de tous les humains modernes contient des traces génétiques de deux lignées d’hominines disparues, ouvrant une nouvelle ère pour l’étude de notre évolution sans nécessiter de fossiles.
L’histoire de notre évolution ressemble de moins en moins à un arbre généalogique aux branches bien distinctes et de plus en plus à un réseau complexe d’échanges et de métissages. C’est ce que démontrent des travaux récents menés par des généticiens, qui révèlent que la quasi-totalité des populations humaines actuelles porte en elle les empreintes génétiques d’ancêtres d’un genre mystérieux laissées par des groupes humains disparus. Jusqu’à présent, les chercheurs savaient que les Néandertaliens et les Dénisoviens avaient croisé le chemin de nos ancêtres, mais cette nouvelle recherche démontre que d’autres rencontres, restées invisibles dans les registres fossiles, ont profondément façonné notre génome.
Une méthode mathématique inédite pour lire l’ADN contemporain
Pour contourner l’absence totale de fossiles et d’ADN bien conservé en Afrique subsaharienne — où les conditions climatiques chaudes et humides détruisent rapidement le matériel génétique —, une équipe internationale a développé un nouveau type de modèle mathématique. Baptisée TRACE (pour Tracking Archaic Contributions via ARG Estimation), cette technique permet d’analyser exclusivement les génomes de sujets humains vivant aujourd’hui pour remonter le fil du temps.
L’étude, menée par Yulin Zhang, biologiste computationnel à l’Université de Californie à Berkeley, et Arjun Biddanda, généticien alors à l’Université Johns Hopkins, s’appuie sur la reconstitution de milliers d’arbres généalogiques microscopiques enfouis dans nos chromosomes. Chaque génération brasse et recombine de courts segments de notre code génétique. En analysant 503 génomes contemporains provenant du monde entier, les scientifiques ont pu repérer des sections dont l’ancêtre commun est bien plus ancien que celui du reste du génome humain.
Le mystère des ancêtres fantômes et super-archaïques
Les résultats de cette modélisation révèlent deux contributions majeures de populations inconnues jusqu’alors. D’une part, les génomes non africains contiennent environ 2 pour cent d’ADN archaïque, dont une moitié environ provient des Néandertaliens et une fraction mineure des Dénisoviens. Mais le reste — soit entre 0,5 et 1 pour cent du génome selon les populations — ne correspond à aucun échantillon connu de fossiles séquencés. Cette lignée dite « fantôme » se retrouve pourtant chez tous les humains modernes de la planète, y compris en Afrique.
Selon l’analyse, ce groupe humain mystérieux s’est séparé de notre propre lignée il y a environ 800 000 ans, au même moment où les ancêtres des Néandertaliens et des Dénisoviens divergeaient. L’introgression génétique avec nos ancêtres directs s’est quant à elle produite en Afrique avant la grande migration hors du continent intervenue il y a environ 50 000 ans.
Des traces inattendues près de gènes liés au langage
Plus surprenant encore pour les chercheurs, ces segments d’ADN fantôme apparaissent précisément dans des régions du génome que l’on pensait dépourvues d’influences néandertaliennes ou dénisoviennes. Priya Moorjani, généticienne des populations à Berkeley et co-auteure des travaux, indique que l’équipe a été particulièrement surprise de découvrir cette ascendance cachée autour du gène FOXP2, une région étroitement associée aux capacités de langage chez l’humain.
Parallèlement, la méthode a permis de caractériser un second groupe, qualifié de « super-archaïque », descendant d’une lignée vieille de 1,8 million d’années. Cet ancêtre a d’abord interbrédé avec les Dénisoviens en Eurasie il y a plus de 200 000 ans, avant que ces derniers ne transmettent à leur tour une partie de ce patrimoine génétique aux premiers Homo sapiens. Pour les scientifiques, ces correspondances temporelles suggèrent des proximités avec des groupes du Pléistocène moyen en Afrique et avec Homo erectus en Eurasie.
Vers un nouveau paradigme de la recherche anthropologique
Si la communauté scientifique salue l’ingéniosité de cette approche computationnelle, des chercheurs extérieurs rappellent la nécessité de valider ces conclusions par d’autres prismes analytiques. Patrick F. Reilly, biologiste computationnel à l’Université Yale qui n’a pas participé à l’étude, observe que toute méthode mathématique comporte un risque de faux positifs et que de futures vérifications devront comparer la similarité de ces séquences fantômes avec les profils déjà connus des Dénisoviens et des Néandertaliens.
Malgré ces précautions méthodologiques, la portée de ces travaux redéfinit la manière d’appréhender notre passé biologique. Les chercheurs disposent désormais d’un outil puissant pour explorer les pans entiers de l’histoire humaine restés inaccessibles en raison de l’absence de restes fossilisés dans les régions tropicales ou équatoriales.
We no longer have to wait for extraordinary fossil preservation to learn about extinct human populations, Instead, the genomes of living people contain traces of these ancient ancestors, and genealogical methods allow us to recover some of that hidden history. Yulin Zhang, UC Berkeley
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