<div data-thumb="https://scx1.b-cdn.net/csz/news/tmb/2022/some-archaea-found-to.jpg" data-src="https://scx2.b-cdn.net/gfx/news/hires/2022/some-archaea-found-to.jpg" data-sub-html="Cassette recruitment (attC × attI recombinaison). (A) Schéma décrivant la configuration expérimentale des tests d’insertion de cassette. La résistance à la kanamycine (KmR) vecteur suicide pJP5603 avec un attC le site est livré au destinataire E. coli Souche UB5201 par conjugaison. La souche receveuse porte une vous1 gène, exprimé à partir du P inductibleMAL promoteur, et un attI1 site, résidant sur la résistance à la carbénicilline (CbR) pBAD24 et résistance au chloramphénicol (CmR) squelettes pACYC184, respectivement. Le vecteur de suicide du donneur ne peut pas se répliquer chez l’hôte receveur et ne peut donc persister qu’après attC × attI recombinaison pour former un co-intégrat plasmidique. (B) Fréquences moyennes de recombinaison (logdix échelle, ±1 SE) entre attI1 et neuf archées attCs (avec les embranchements d’origine étiquetés le long de l’axe des x) et la bactérie paradigmatique attC placer (attCaadA7), utilisé comme contrôle positif. Les fréquences moyennes ont été calculées à la suite de trois tests d’insertion de cassette indépendants (voir Matériels et méthodes pour plus de détails). Aucune différence statistiquement significative dans les fréquences de recombinaison n’a été détectée parmi les attCs (Test de Kruskal-Wallis, n = 27 ; df = 8, P = 0,488). Les fréquences de recombinaison sont indiquées pour attC brins inférieurs uniquement. Voir le tableau S1 pour attC fréquences de recombinaison des brins supérieurs. NS, non significatif. Le crédit: Avancées scientifiques (2022). DOI : 10.1126/sciadv.abq6376″>
Une équipe de chercheurs de l’Université Macquarie, en Australie, a trouvé des preuves montrant que certains Archaea ont des intégrons. Dans leur article publié dans la revue Avancées scientifiquesle groupe décrit comment ils ont utilisé une technique récemment développée appelée génomes assemblés par métagénome (MAG) pour étudier les génomes d’échantillons d’Archaea d’une nouvelle manière, et ce qu’ils ont appris en le faisant.
La vie sur Terre est divisée en trois domaines, Eukarya, Bacteria et Archaea. Le troisième domaine, Archaea, est similaire aux bactéries – ses membres sont souvent appelés Archaebacteria. Comme les bactéries, les archées sont unicellulaires mais contrairement aux bactéries, elles dépendent des lipides dans leurs membranes cellulaires.
Dans ce nouvel effort, les chercheurs examinaient les moyens par lesquels les bactéries et les archées échangeaient des gènes et se demandaient s’il était possible qu’elles aient des intégrons – des systèmes de capture et de diffusion de gènes chez les bactéries qui utilisent des cassettes de gènes pour faire passer les protéines impliquées. Pour le savoir, ils se sont tournés vers MAG, une technique qui permet de rechercher des sites de gène unique et de recombinaison génique appelés AttC qui séquencent le codage de la protéine intégron intégrase (IntI).
En utilisant la technique, ils ont trouvé de nombreuses correspondances. Sur 6 700 génomes scannés, ils ont trouvé 75 correspondances, sur neuf phylums, chaque preuve d’un intégron. Et tous se sont avérés avoir la même structure que les intégrons trouvés dans Bacteria, ce qui a suggéré l’utilisation de cassettes.
Les chercheurs pensaient que cela indiquait que les archées qu’ils avaient identifiées devraient pouvoir échanger des gènes avec des bactéries et vice-versa, aussi facilement que les bactéries échangent des gènes entre elles. Pour prouver que leur idée était correcte, ils ont synthétisé AttC à partir d’un spécimen d’Archaea et l’ont exposé à un spécimen d’E. coli. Les tests ont montré que des cassettes avaient été créées permettant à l’échange de gènes de se produire.
La découverte d’intégrons dans Archaea ouvrira très certainement de nouvelles voies de recherche. L’une d’elles serait d’examiner la possibilité que l’échange de gènes d’Archaea vers des bactéries aide ces dernières à devenir résistantes aux médicaments destinés à les tuer. Les chercheurs notent également qu’il serait utile qu’un génome complet d’Archaea soit mis à disposition.
Plus d’information:
Timothy M. Ghaly et al, Découverte d’intégrons dans Archaea : Plates-formes pour le transfert de gènes inter-domaines, Avancées scientifiques (2022). DOI : 10.1126/sciadv.abq6376
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Citation: Certains Archaea ont des intégrons, permettant le transfert de gènes entre domaines (2022, 26 novembre) récupéré le 26 novembre 2022 sur https://phys.org/news/2022-11-archaea-integrons-cross-domain-gene.html
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