Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), continue d’évoluer par mutations génomiques. Les variantes émergentes du SRAS-CoV-2 ont été classées en variantes d’intérêt (VOI) et en variantes préoccupantes (VOC) en fonction de leur infectiosité, de leur virulence et de leur capacité à échapper aux réponses immunitaires induites à la fois par une infection naturelle et par la vaccination.
Étude: SARS-CoV-2 BW.1, une variante d’Omicron à croissance rapide du sud-est du Mexique portant des mutations d’échappement pertinentes. Crédit d’image : Ebrahim Lotfi/Shutterstock.com
Arrière plan
À l’heure actuelle, la variante SARS-CoV-2 Omicron circule principalement dans la plupart des pays du monde. Les mutations génomiques continuelles du variant Omicron ont entraîné l’émergence de plusieurs sous-variants, soulignant ainsi l’importance d’une surveillance génomique régulière.
Une nouvelle étude publiée sur le Place de la recherche preprint server* signale la présence de mutations qui facilitent l’évasion immunitaire dans la souche BW.1 (BA.5.6.2.1), qui est une sous-variante d’Omicron descendant de la lignée BA.5.6.2.
Le SARS-CoV-2 BW.1 contient des mutations similaires à la variante BQ.1 et aide à l’évasion immunitaire. BQ.1 est l’une des lignées à transmission la plus rapide et contient plusieurs mutations, telles que S:K444T, S:L452R, S:N460K et S:F486V.
Dans l’étude actuelle, les auteurs soupçonnent que BW.1 pourrait avoir émergé au Mexique début juillet. En octobre, BW.1 était la souche dominante en circulation dans la péninsule du Yucatan.
Le Mexique est un important pays d’Amérique latine qui a largement séquencé les génomes du SRAS-CoV-2. Des études antérieures ont rapporté que la péninsule du Yucatan est l’une des principales voies d’entrée des variantes du SRAS-CoV-2 au Mexique en raison d’un pourcentage significativement élevé d’afflux de touristes et d’activités commerciales.
À propos de l’étude
Les séquences génomiques et les métadonnées associées de BQ.1, BA.5.6.2 et BW.1 ont été obtenues auprès du GISAID. Toutes les séquences génomiques pertinentes, y compris PANGO v.4.1.3 basé sur les informations de lignée, ont été collectées le 7 novembre 2022.
L’alignement génomique et l’analyse de la reconstruction phylogénétique de BW.1 et de sa variante parentale BA.5.6.2 ont été effectués à l’aide d’alignements de séquences multiples (MSA) sous le pipeline par défaut de Nextstrain. L’alignement génomique a aidé à détecter les mutations de BW.1 et la reconstruction phylogénétique a permis de remonter jusqu’à leur origine.
Principales conclusions
Bien que le Mexique connaisse actuellement une phase de faible incidence de COVID-19 après une vague induite par BA.2/BA.5, l’analyse génomique des échantillons prélevés au Yucatan au cours des dernières semaines a montré une forte prévalence de la variante BW.1.
Fait intéressant, les chercheurs ont observé qu’en octobre, la péninsule du Yucatan a connu une augmentation des cas de COVID-19. Au cours de cette période, la variante BW.1 a surpassé les autres variantes du SRAS-CoV-2 présentes dans la région, y compris sa variante parentale.
L’analyse génomique a fortement indiqué que BW.1 pourrait provenir du Mexique au cours de sa cinquième vague épidémiologique et provenir de souches BA.5.6.2 qui circulaient dans l’État du Yucatan au cours de cette période. Fait intéressant, sur un total de 105 séquences génomiques BW.1 collectées à partir de la base de données GISAID, 95 ont été collectées au Mexique.
Deux substitutions synonymes de BW.1 ont été attribuées aux séquences mexicaines des génomes BA.5.6.2. Seules deux mutations ont été détectées qui différenciaient la BA.5.6.2 mexicaine des souches Omicron trouvées dans le reste du monde. La transition nucléotidique, T7666C, qui était présente dans 2 458 séquences dans le monde et 82,48 % de toutes les séquences BA.5.6.2, était absente des génomes mexicains BA.5.6.2, y compris BW.1.
L’analyse des séquences génomiques mexicaines a révélé que les séquences BA.5.6.2 et BW.1 partageaient la substitution synonyme C14599T, qui n’était présente que dans 4 % des séquences BA.5.6.2 dans le reste du monde.
La majorité des séquences génomiques de BW.1 étaient différentes du BA.5.6.2 parental par des mutations en deux points. La présence de la transition nucléotidique G2144A et de la transversion T22942G a été observée dans 98,09 % et 92,38 % du génome de BW.1, respectivement. Notamment, le groupe parental BA.5.6.2 ne contenait pas la mutation T22942G, qui a été détectée pour la première fois dans la souche BW.1 séquencée au Mexique début août.
Bien que la variante BW.1 descende de la lignée Omicron BA.5.6, son génome partage une histoire évolutive commune avec les variantes BQ.x. C’est parce que BW.1 et BQ.x descendent de la lignée BA.5.
Ces deux sous-variantes ont hérité de plus de 54 mutations, dont S:L452R, qui est associée à une infectiosité accrue, conférant une stabilité des pointes et favorisant la fusogénicité virale. Ils contiennent également la mutation S:F486V, qui est associée à une efficacité réduite de plusieurs anticorps monoclonaux.
Les variantes BQ.1 et BW.1 contiennent d’importantes mutations BD supplémentaires, notamment S:K444T et S:N460K, qui améliorent la résistance virale au bebtélovimab et entravent la reconnaissance des anticorps, permettant ainsi l’évasion immunitaire. La présence de la mutation S:N460K améliore la fusogénicité et la résistance à la neutralisation.
conclusion
Les auteurs de l’étude actuelle ont souligné l’importance de la surveillance génomique et du suivi des mutations qui pourraient faire la lumière sur l’identification des souches de SRAS-CoV-2 affectant négativement la population humaine mondiale. Il y a une forte possibilité que la souche BW.1 puisse augmenter les cas de COVID-19 dans le monde.
*Avis important
Research Square publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
