Aperçus génomiques et évolutifs des souches toxigènes australiennes de Vibrio cholerae O1

Vibrio cholerae O1 est l’agent causal du choléra, une maladie diarrhéique grave qui peut entraîner la mort si elle n’est pas traitée. Dans cette étude, une collection d’isolats cliniques et environnementaux de V. cholerae du sérogroupe O1 d’Australie (1977 à 1987) (provenant de cas locaux et de cas acquis lors de voyages internationaux) et d’isolats internationaux accessibles au public a été caractérisée pour ses caractéristiques génotypiques (gènes de virulence, éléments [MGEs], et profils des gènes de résistance aux antimicrobiens). Le séquençage du génome entier (WGS) a été utilisé pour étudier et comparer la parenté génétique entre les 44 isolats australiens et les neuf isolats associés aux voyages et les 60 séquences internationales de V. cholerae accessibles au public représentant des isolats pré-septième pandémique (pré-7PET) et différents vagues d’isolats 7PET. Dans cette étude, 36 (81 %) isolats cliniques et aquatiques australiens abritaient les gènes producteurs de toxine cholérique situés dans la région du bactériophage CTX. Tous les isolats environnementaux et cliniques australiens étaient dépourvus des îlots génomiques associés à la virulence de la septième pandémie (VSP-I et -II). In silico le typage de séquences multilocus (MLST) a classé les neuf isolats acquis à l’échelle internationale en tant que type de séquence 69 (ST69), 36 isolats cliniques et aquatiques en tant que ST70 et huit isolats d’Australie en tant que ST71. La plupart des isolats cliniques et aquatiques non toxigènes de ST71 présentaient diverses variations génétiques par rapport aux souches australiennes de ST70. Les gènes associés à la résistance aux antimicrobiens gyra, parcet rogner n’avait aucune mutation dans tous les isolats environnementaux et cliniques d’Australie. L’élément génétique SXT et les séquences du gène de l’intégron de classe 1 n’ont pas été détectés dans les souches australiennes. De plus, dans cette étude, une étude évolutive bayésienne suggère que deux lignées distinctes de souches ST71 (nouvel ensemble de souches) et ST70 étaient répandues à peu près à des moments similaires en Australie, en ~ 1973 et 1969. IMPORTANCE L’Australie possède ses propres souches indigènes de V. cholerae, à la fois toxigènes et non toxigènes, qui sont associées à la maladie. Des souches exotiques sont également détectées chez des patients australiens revenant de voyages à l’étranger. Les isolats cliniques et aquatiques positifs pour le gène de la toxine O1 de V. cholerae d’Australie responsables de cas de 1977 à 1987 étaient liés à l’acquisition dans les voies navigables du Queensland, mais n’avaient jusqu’à présent pas été caractérisés génétiquement. Il est important de déterminer la parenté génétique des souches australiennes avec les souches internationales pour aider à comprendre leur origine. Il s’agit de la première étude approfondie à fournir des séquences et une analyse génomique axées sur les souches cliniques et environnementales toxigéniques de V. cholerae O1 d’Australie et sa possible relation évolutive avec d’autres souches de V. cholerae pré-7PET et 7PET accessibles au public. Il est important de comprendre la génétique de la population de V. cholerae australien du point de vue de la santé publique pour aider à concevoir des mesures de contrôle et des plans de gestion pour réduire l’exposition à V. cholerae en Australie, compte tenu des grappes de maladies australiennes précédentes.